GgaINT0091846 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010910 | RAPGEF5
Description
Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16862]
Coordinates
chr2:30869172-30875215:-
Coord C1 exon
chr2:30875047-30875215
Coord A exon
chr2:30869239-30875046
Coord C2 exon
chr2:30869172-30869238
Length
5808 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCTGTAAGT
5' ss Score
7.96
3' ss Seq
ATCTTATTTTTGTTTTTAAGGCC
3' ss Score
9.21
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGACCGAGAACTCTATTTTCGAGACACTTATACTTTCTACCAGTTCTCAGCGGATGAATGTACCTACCTTTTCTGTGAATTTGAGAAAGAGGGAGGTTGGAAGAATGCTGTAAAGCTCCTACTTCAGCTACTGCCGTTGTCTCCTCCGAGGATCGACGTGTGCAATCT
Seq A exon
GTAAGTAGACATCTACATTTGTTTTAAACTTAGGACTGCTTTGTAAACAGCTGACTTGTCAGTGACACTATTTACCACCAAACGACTGTGCAAATGAGCCAGTTTTTACTACTCAGGGTTGGGAAGCTTTGTAGAGATGGGCTTCTCTATGATCTGCACTGTGACTAGCATCTGAGAAAATCATTGGTGCTAGATAAATGGCAGCACTCTTGGTGCTGTTTAGATGCTGTGGTTCTTTTATATTACCTTGCTGACTGTTGCTTGCTATACTATCCACACAAGCTGCTTTATTTTTTGGAGGTGTCTCCTCCTGCATTTGGAAGTTTGACACTAATTTGGCAGCAGGCATGCTGTGGAGCTGATTGACTAGCAGCTCAGATGCCCTTGTCCTGGGTCAGGTTCAGCTAGCAGGTGGATAGAGTGGATGAGTAGGAATGTGGTAGCTTCAGTCATCTGTTTTTAGTTTGCTACTGTATGTTTGTCTGAGCTCTGTTGTCTCATGTTTTTATCTCTCATATACTCCACTTAAGAGTTTCCCTTTCTGTTTCTTCTCTTCCACCTGACTCATGGGTGTGTATGGGGTTTTCATGACAGGGATTTGGTAGTGGGAGAGATGCAGGGATGGCCTCTGAGTGGAGCCCAGAAATTCCCCATGTCAGCTCAGAGCCAGTTCCAATTGCTCCAAAAGAGGGACCTGCTGCTGACTAGGGCTGAGCCATGAACAATGTTCATTGCACATGTTTAAAAAATAGTGAATGCTGCACTGCAGTTGTAGGAATGGAGTGAGAAATGTGAGAGAAACAGCCCTGCAGCCACCAGGGTCAGTAAAGAAAGAGGGCAGGAGGTGCTCCAGGCACAGAGCAGAAGTTCCCTGCAGCCCAAGGAGAGACCTCTTCTGTCCACAGTGCAGCAGTGGATATGGCTGAAGGAGCTGCGGCCCATGGGTACCCACCACAGGAGCGTTACTGAGGTGTTACTGATTGCAGCCTTCATTCCCCAGTCTCCTTTGCTGCCAGGGTGAGGAAGTAGACGTGAGTGGATGAGGGGAAGGTGGTTTTGGTTTGCTTTTAGTTCTCACTGCTCTAGCCTGTTATTAATAGGCAATAAATTTTATGACTCTCCTTGTGCTGAGTCTGTTTTGCCTTTGGTGGTAACTGATGAGTGACTTCCTGGTCCATATCTCAATCCTCAAGCCCTTTTCCACCTTGTTTTCTTCCTCTCTTCCTTTGAGGAGGGGTAGTGGGAGAGTTCAGCAAGCCTGGAAATCACCATGGGATGTTAACATACCTTCTGTGCTAAAGCATCTGCATGCTAAATGTTGTCTATTTACAGCAGCTAGAAAGAACCATACTTGTTTGTGTCCCAGTGAGAGGCCAAAATACAGAAAAAGGCGTCAGTGAGAGGTCTGGAGGCTCATGACCCCTCATGCCTTGGCAGAGCTGCAGGAGCTGGCCAGAGTAGATGAGTTGGGTTAAATTCTTTCATTGTCCCTAGTGTGATGAAGCCTCAAACATGATACTTAAGCTGTGGAGAATTCTTACTTTGGCAGCTGAATGATTTTCTTTTCTCTTTAATGCCAGATACAAAACTTTTTTTTGTAACAAAATGTTCCTTCTCTATGTAGTGGATACTAAAAATGCACTCTCTCAAATAAATACCTAACAGAAATAATTTAGAAGAGCATAAAGTGCAAAGTGCCTGGAAATGTCTCAAGCCCAGTTTCTTAAATTCAGGCATTCCATCTGTGTCTTAAATGTGGTGAGCTGATTGCAGAATAACTCAATAACTTCTGTGTATGGCTCAAGGCAGAATCTTGATCACTGCTCCTGTTGCTGACTGCCCTCATGACCAGAAACTGACAGTTCTAGAGTGAGGCTTCCTCTGAAAATGCATTTATTTGGTCAGCTTGAGTGAGCACTGACAGGGGATTAAGCCCATAAATTGGCTAAAGTAGGGGTTGAGTGTGATCTTCTAAGCAGATGACTCATGTGGAACAAAACCTTTGAATAGTTTTGGAAACAGAAATTCTTGTCATCCGGTCTACTTGAGTAGTAAACAGTTTGGCTGTTCCTTAAACAATCAGGGCTATTTCATCTTAATTTCAGTGGGAATTGTGGTTTTCCTCATTATCACTGCAAATGAGGCCACATGTCACGGTTCATGACTACTTGTAGAAAGGCTTTGACTCAAAAAGGCAAACCAGATACTTTGTACTGACATGTTACGTGAAGGATGCTGGGTAAAAGAATGGGTTTGAGACTTTTCAGGTTCAAGTTAAAAATGTGCCACACATGCTGACCTTGGCCAGAGTTCCTCTGTTTTACTGCCAGCTTTGCTCTTTCATCATTTCAGTGTAACTGGCATTTCTTGTGGAGGATGCTCCCTGTCACGAAAATTGAACAATTATTCTTTAATGTACCTTTCTAGCTTCTTCCTGCTCACATTATTCAAATTTTAGTCAAAGCTGGATTCCTTTTGGGAGTGTTGTCACTGAAGAGTTATTTTCTGGAGATTTTACCTGTCAGATTGAAGAGGTGCTTTTTTTTTTTTAAAGTACATATTGAAGGAGCTGAATGTTAAGTAGTGTTACAGTCTCTAGGGAAGGTGATACTAAAAGGGAAAGGTGGGTTTTCCAGTTTCAAAATTCTCCACGCCTGATGCACATAATAAACTGCTAAAACACAATCTGAAAGTGAATGGATGTGATGAGGTCTGTGTTAAAGTCATCCCACCAACTTAAATGAACTGATGCCTTTCTTTTAATGAAGAAAGGCAATTCTAAAAACATTTTCTGGCAGTGAGTGTTTATCTTATCAAATACACATGTAGTTGTTTTTGATACCATTAGCACTGTCTTTTTGTACCTTAATTTTTTGTATTAATTTTTCTGTTATTTTTTCTCATAGTCTGTATTATTTGTTTTCCCTGTGTTTACAGAGAGAGAGCCATTCTTACTGTGTTAATTATATTCCTTGCTTTTGATGAAATAAGCAGTGACCTCCTGCTTATGCACCAGGAGACAATACTGAGCTTCTTGCATCGTGCCCAGGTGCTCAATGAGCTCTATCTCTGCAGAGCTGATGGGCAGCAAAGGTACTGTGCTTGCCTGGGTTGCCAGGTATGCTGGTGGTGCCAGGAGCACCACAGAGCTGCTCACCCAGCAACATGCTGTTGCATGTATTCTCAGTGTTGAGCCACTGTAGATGTTGCCAGATGAAGTGGGACTGATGTTGAAGCCTCTTGGGGTCATTAAACACACGGTGTTAATCATGGCCAAGTTCTACTTGAATAGAAAATAAGTGAATGTTGGCTTAACCTGGGAACAAAAGATTTATATTCAGGGCTCTGCCATGGACTTCCTTGCAGCCTTGAGCAGTCACTTAGGTTCTCATTCAGTGCCTCCTGAATTCTTTTCCAGTGACTGCAGTGGCATTGTATCAGACATTTAATCTTTATGTGCTTCTACTTCCTTCTTTGCAAATGGAGATGTTTATAACGACACCTAATTCCCAGTGCCAGTGGGACATTTCTAGAACGCATTGGATGCCTTGGACTATTGGAACCAACAGCACTTCTGTAATTATTTGAAGGAATAATTAGAAATGGGATTTTTCCCCTTTATATTGTTTTTTATTTTATTTTCATAAGTTTTATACTATATTCTGTATCTTCTGTCAAAAAATAATATACATTTTATTAACTTTGAAAAAGCAGTCCCTCGTATGAGTGAATTGGTTTTAATGCAGATATCCAGGATGGGTTATCCATTTAGTCAGTGCCTTTGGGGGTTCCTGGAAAGCTTTTGCTGAATGGAGACAGCTCTCAGGTATCCCTGGGTCTTTTGTTTGCATTGTAGGTGGATTGTACAGCCAGCATACAGCGTAGGTTGTGGCTCTACATTGGATATTTGAGGTACTGTCCAGGCATGGGATCACAGGCACAGCTGTATCCTCTGTCAGCAGCTTTAGAAGCAATGCATTTGCTTCCAGGTGGTGCACAGTAGTGATTGTGCAAATCCGACCTGCCTGCCTGCAGGTCTGGGGCAAGCATCCCTATGTTTTGCTCTGTTCAAGTATGCCAAGACTGGGCAGCATAATCATTAGACTTGTTTATATGAGTTTTGTGGTGTCTGTTCAGTACCAGCCCTACTATTCTTTCATTAGCTTCGGTATCAAAATGCAGCCTTCCTCTCAGATCCTGGGAATCTGGCTACAATTTTTAGTGCATTAATGTTTTCATAAGAATTTGAAGCTCATGTGTAGATGAATAGAGGGGGCATTTTAAAATAGAAGATGAAGAAATAAAAAACCCGAAATGGAAATAACTGTGTTAGGTGCTTTTCTGATGAACTGTATCTGGGGTTGTGTATAGAGCTGCTGTCTTTTGCCTCCCATCTAGAAGAACCTCATCCTGTCCTGGTTGTGGGGTGATCAGAAAAGATCAGATGTGCAGAGAAATGTAGGCATAGACAGTGGTCAGATATTTTCATCTCATCCCAAATTAGGAAGAGATAGACTGAATAAATCAGTAAATGCAAACTTCTAAAATTTATTTTGGGCTGTTTATAACACTTAAAACATTAAATCACATTTTTTCTTTGTATGGGAAAGGCAGTTGTGATGGTGGTGCTTTCTAATCCAGATTACCGTTTTGATTTGAGTATGCTCATCAGAGAATGAATGCATGTGTCATCCAGTGCTTTCTGACCTTTATTTTTTTTAATTAGGGAAAGAAATTTTCGGACGTGGGCTGTAAGAACCACAAATTCTCCATCTGCGTATTCCAGACATCTTGTCAGTAATCTCTCTAAACACATCAAGGCATGTGAGCAATTAAATAATTTAGCCAAAGACAGAAGGAACTGCTAATACCTGTGATTTATGTTTAGTACAGCAGCTGCAGTTTTGCATATCTGCTCAACTCGCTGACATGCCATGCTTCTTGAAAACTGTCAAAAGTAAAAGATGTCCTTTTCTTCTTCCCATAGATACTAATATGAT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Seq C2 exon
GCCTGATCAAAAAATAGAAGATACAGCAGAAACCAATGCTGAAATTCTTGCCCGTCTCACTTCTGCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010910:ENSGALT00000017745:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.076
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0061016=DEP=PD(21.7=26.3)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]