GgaINT0096703 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012799 | RREB1
Description
NA
Coordinates
chr2:65898145-65954776:-
Coord C1 exon
chr2:65954587-65954776
Coord A exon
chr2:65898265-65954586
Coord C2 exon
chr2:65898145-65898264
Length
56322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACCG
5' ss Score
10.05
3' ss Seq
TTCCTATCTTCCTTGCATAGTGC
3' ss Score
7.99
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TGCTAGAGGGTGCTACTGAAGAAGAGGCTGAAGAGCCTGATGCTACAAAACCTACTACACTAAGTGAGGAGACCAGCAAGCAAGAAGAGAGCCTCAGTCAATCAGGGGATAGCAATGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012799:ENSGALT00000037239:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]