GgaINT0096723 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012954 | MYO10
Description
myosin X [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7593]
Coordinates
chr2:75544608-75560587:+
Coord C1 exon
chr2:75544608-75544766
Coord A exon
chr2:75544767-75560399
Coord C2 exon
chr2:75560400-75560587
Length
15633 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TATGTAAGT
5' ss Score
6.69
3' ss Seq
TCTGGTTTGTGTGCTTGCAGACA
3' ss Score
8.73
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012954:ENSGALT00000021128:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.119 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=PU(80.0=52.8)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(66.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]