GgaINT0097646 @ galGal3
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr2:133697091-133732524:-
Coord C1 exon
chr2:133732429-133732524
Coord A exon
chr2:133697292-133732428
Coord C2 exon
chr2:133697091-133697291
Length
35137 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTAAGT
5' ss Score
8.07
3' ss Seq
AGCACTGTTCTTGTTTACAGAAA
3' ss Score
7.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAGATCCGGGAACTGCAGTCTAGAACTTCGCTTCACCGAAGAAAAAAAAAAAATTTAAACATGGAAAAACTATTAAATATTGAGAAAAACATTGCAAAATATAAAATGAATAAAAAAAGGAAAGGAAACTTTGAAGCTAATGTACAGAGCAATGCCGGGGCTAGTGAAACAAATGCTAGTCCTAGATTACTTATTGATTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000014484:ENSGALT00000023332:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.900 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0065813=PABP=PD(9.7=22.6)
A:
NA
C2:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]