GgaINT0113135 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006606 | KIAA1324L
Description
NA
Coordinates
chr1:8065106-8086159:+
Coord C1 exon
chr1:8065106-8065235
Coord A exon
chr1:8065236-8085963
Coord C2 exon
chr1:8085964-8086159
Length
20728 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCAGTATGT
5' ss Score
5.57
3' ss Seq
GGAAATGATTGTCTCCCTAGCTT
3' ss Score
3.8
Exon sequences
Seq C1 exon
TGCTTGCAGACAGATTACCACTTCGAGTACACGGAGTGTGACAGCAGTGGCTCCAGATGGAGGGTGGCTGTCCCGAATCCGTCGGCGGAGTGCTCTGGACTACCTGACCCCGTGAAAGGGAAGGAATGCA
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTTTCTCCTGTGCCTCTGGCGAGTACTTGGAGATGAAGAACCAGGTGTGCAGCAAATGTGCTGAGGGGACATACTCGCTGGGCAGTGGGATCAAGTTTGATGAATGGGATGAGCTGCCAGCAGGATTTTCCAATGTGGCGACATTCATGGACACAGCAGTGGGCTCAGTTGAGAATAAAGCCAACAGCTGCAACAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006606:ENSGALT00000010664:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]