GgaINT0124172 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001157 | DENND1A
Description
NA
Coordinates
chr17:9738063-9747181:-
Coord C1 exon
chr17:9747093-9747181
Coord A exon
chr17:9738319-9747092
Coord C2 exon
chr17:9738063-9738318
Length
8774 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
TTTGTTTTCCTGTCTTGCAGGCC
3' ss Score
12.14
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCGTCCTCCAAGACCTCATATTGTTAAGAGACCCAAGAGCAACATTGCTGTGGAAGCAAGAAGGACTTCCATTTCCAGTCCAGAACA
Seq A exon
GTAAGTACTTTGCAGCTCTACTGCTCTGCTTCTCTTTAGTTGTGTGGATGTTAGCAGACTGTATATTCAAAGTTAACAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAGAAAAAAACAACTACAAATCCACAATGATCTACAATCCGAAGTTTTAAATTTTTAGAGCATTTTAGAGGAGGAGTGAGAAAGCATGCAGTAGCACTTTCCAGCTCTCCAGCATTGTGACAGTATGCTCTTGCTTCAGGAAATCACACTGGAACTGGACTCGGGGTGACAAGATGGTTGCACTGATCTGAACTGTCACAGAGATTTCCTTGTCAGTCATCTCTTAACTGCAGCACAAATTGCATATGTCATGGCTACCTGGAATTGCTTGCTTATTTTATTGCTTGTTCCAGTCTGTGGTGGCTTTATTCTCAGTAAAGTGAAATGCTTTAGCTTATGCCCAAGATTCTAAGGTATTTGCTGTATCTGAAGAGAAGAAAATCCCATAAAAAGAAAAGTGGTTGATTTCTTTAAGCACTCCTTTTCCCACATGGATACCACTGCTGGCACCGTTGTTCATAAGGAGAGGAGAGTTGGAGGTTGGGTTTTTTCCCCTCCCACAGCCCTCTTCCAAGTTATATGCTTGGAGCTTTTTTTCCAGTCATCTTAGAATGGAGTGGAATTCTGACTTTTGGCTAGAAATGAATGGTAACTTTAAATTCTACAGCATCATTTGTTCATTTTATAGTGGAATTTGGTTGCCCTCTTGTGGAGTAGATTGCAAATTCTGCTGAAGGGCGGTTACGGGGTGGTAGCTGTCTGCACAAAAATCATTGGAATTTAAAAAAAAAAGTTTTTTCCTTAATATTTAATATGACTCACTGCATGGTTGGTATACCAGGTGGAAGATAATTGAGTCAATTTAATCACTGTGTATGTTTCTCATGAAGTATTATGCATGTTTCGATTCAGAACCTGCTTGACATTCCATTGTGAATTCGTGATAACATTTATTTTCAGTTCCTGGCAGTGTCAGAAGTAAAATAAAGAAGCATGAATGACGGGTATATTATTTATGCTAATGCTAGTAATATGCTAAATTACAAATATTATTTTTCTTGATTTTAATTGATAGCTGTTAATTTCAGCTGTTTTCACACATTTTGTATTTTTTTTGAGTGGAAATTATTGGTGGTAATCTACCAGAGATAATGATGGTTCTCTGTAGCTATAAAGCTGATGTATTTTTCTCTATGATCATTTTAGTACTGAGAGATTTTTCCATCTTATCAATGTGAAAGAAAAGCAAGTAATGTTCCTAGAACCACTGACGCTTGCTGTGTTTTACCAGGACTTGGTCTTTTCCTTGCCTGCCACAGCTTCAGTATTTTCTGGTTCAAATTCAGTGGCACAGCAGCTACTGATGTGTTTTCATCCTTTCCTTTCATCAGCTTCAGGTGACAAAACAAATGTGTACAAAACTCCTTCCAGGCAGTTAACTGTAGAATATCGCAGCCAACCAGGTATCCTGTAATGTGCGTGGTTAGTTTTAATAAAAACAAGTTAGAAGGGCAGGAGGACAAGAACTACGATTCGGGACGTACAAGTGGAAGAAATACAACCTTCAAGGCATTGACAGATAGAGATCTTCAACACAGAAGGTAGTATATGAGACTTCGAATTTCTGCAGTTGGCAAAATCACAAGCCAGCCTGAATTAGTTGTGATGGCAGAAATATCTGAAGGATCGTAAGTGGCTTGTAGTGCATTTGAGATAGGGAAAGAACCACTTATCGACCTTCTTCCTTACTGTTTACCTCAAAATGATATTTTGAATATACAAAATGTATTTTTTAAAAAGCAATTAAAGATTATAATGACATTTTCCACAAACATTTTTTTCTATCCCTTTACAAAATAGTTTTCATTTATTGTTCTAAACTAAAATTATAACACCAGTTCTATCTTTAAAAAACTTGCCTTATTTTTCTCCCTCTTGGATAATACTGTAATGAATGAAAAGACTACAATTTGTATTTTTGCTGTTGTAGCTTGGTAGCATTCAAGTACCCATACTGTAGATCAGAGGAGATTTCGTGAAAGCTGCGGCAGCACTGAGAGAGTGCTTTTCTTGACCTGAACTTAACCAAAATATTTAGCTTAATTGCATTGGTTCCAAAGCTAATTATTAGCCAGTTATGATTAGGAGCTCGTATGTAGGATCTGCTTGTGCAGAGAAGCATCTGCTCCGGGAGAAATGTCTTTTTTATATTTAAAAGTAGCACTACATTTTTGGTCTTGATTGATCATCTGAAAGCTTCTGAGCCGTTTCCCAGGCAGTGTGATCACCACTCAGACTGGCACTTGCATCCTGCTCCTGGCTGCTGGGGACGGGGTCCTGGCACTGTGGCACAGATCACAAGTAAGCTTGTTTCAGTGCAGCCTCCTTTCCTTCTGTGATGGTGCCTGTTGCCTCTGAACAGTAAACCATCACATAGATGTCCTTTCAACTGTTAGATTTATTAATGCATTTCTTACAATATTAGAGAATTTGTATCTTAAGTTATAGGTGTCAGTGTTTTAAATCTGCACAAAATAATATTATTGGGGCATATATGTGCTCATTTTCTAACCAGTCTTCAATTAAAACGCAGGAGGGGGGGAGGTCTTGTTAAACCTTCACACTGAGAAGAGCTGGTGGAAGAATTATTTTTCCCCCATCACAATTTTCAGTGATTTTCTTCCACTTTTAATAGAAAAATGGTGTTTTTGCTTTGTTTTGCAATTAGATAAAAAAGCAAAATTTATGATGTACAAAGATACCTCCAAATTGCCATTAAATCTAAAATGTATTGTTAAAAAATATATTATTAAGTTATAAGATAGCAGGAAGAACCCAAGAGCTCAGAAAACACAGGATTACTATTTGAGGCAATACTAAACATGTGGGACAAATCTCCTTAAACACAAATTAGCTGTTCACTGAAATAAGGTGTTGCATTTTTAACAGATAAGCAGTTTTTCAAGAGCTCTCTTTTACACCACAGCAAGATTTCCTATTAAGCATAGAATAGGCTTCCAGAGAGCTCTAGGATCTGTTCTCTAAGTACTGGCTTACTGAGGAGCTGGCATCTAGGGCATGCAGAGTGGGAGGAAATTAAAATAGGAAATCAGAGGGTCAGGCTCACAATTAACAGCATGTCAAAAGGGTCTTGGGCTGGCTAAACCCGTGTCAGTGCTGCAGCAGTTCATTATGACTTTCCAGAACTCATGTAGGACTTAGAGAAGCTAATGGTTTTCTCTTATATCATATGAATGAAATTAGGCTGCAGTGCAATAGTAGGTTATTACACTGAATTTAGCGTGAAGTCAGCATGATGGCTGTGTTAAATGATACAGGCTCAAAAAGCCCATTAACTTCCAGTTGTTGTAACCAGGCTCTCGAAGCTCTGCCACACAGAATTTGTGTACTGTAAAGGTTTTTTATGGCGTCACTTCAAGCAAGGGTCTCTGCTTAGGAAGAAGCTAAACCCATAAGTACTCATTTGAACAAGGTTGGCTGGAATCCAAAGGACAATCCTGTAGACTGTAGCAGATAGACTGGTTGCAATGGCTTTGATTCTTCTGCCACGAGGAAATTGATTTATAAAAAGCTACATTCAATAAAGGTGGTGCCAAGAATGCAGATGGCCCAGCAAAAGGACAGCAAGGGTGGAAGATGCATACTGAGAGCAGTCGTGCTCTTTGTACATGGCCAAGCAAGAACCTTTGGGAGCCTTCCCAGATTCCTTTCTGTCTCTCCCACCTTTCCAGTAGGATATTTTGCAAGAAACAGTTCTGGTGCTTATTTCTACTGTCTACCTACCAAATGTATGCATCTTGCCTTTGTAAAGAGAGACGGCTATGATATCTGTAGGGGAAATTGGTGAATGTGTACTTATTATTGAGAAATAGGATGAAAATGTGAGATGGCTTTGTAGAATCTTGCATCTAGATCTGTCAGAGCAGGCAGAGGTGTCATCCGGCTTGTTCCCACTTTAAATCTTTTGTTCCTTTTTCCAACTTTGTAGAAAATGCATAGAAAGTTGAGTCAAACTCTGAAACAGTTACCTGCCCTTACTGCTCATAGTGATCACAGCTTATTTGTTATCTAATTGGATTACTCATGATATAATTTTTTTAATACTTGAACTTAAAAATATGCTTTATGCTAATATTTTAATTTTTCTTGAACTGTTCTCCTTCTATGAAAGTTCACAGCATGCAAAGTGTCACTTTAAAAAATAAAATATTTTACTGTTTCTATTAGCTCACATTCAGGTGTGCTGAGCGCTTAGAATATGCAGGAAGGAATTCCAGGGACAGGTCTGTGCTTTGTTCATAGTGAAGAGTTACGGGTTAATCCCCTCAGTCCCAAATCTCTTATTTCATACTCGCAAGAAAAAGCCAATGCGTCCAAAACCCTCATTCTTTCCGTTTTAATGTCTAAGAGGGACAAACTCCTTAATTCCCTGGAGTGGTGGCACAGCTATTCTTTAAAAGAATAAATCCTTCCTCAAATTTGGGAAGCCCTTTTCAGGAGAACAATGACATCAAGTCCAACATTACTCCATTGTATCATCATCTCTGTAATCAGGAAAAAGCAAAACAGTTGATAAAATACACAAATTTGTTTTTTTCATAACTGAACTATCTTTTAAAATTATTACAGAATTCTCCTTATTAATGCCCAAATCAAAATCCTGTACTCTCATTTTCAGTATGTATTTTTCCTATCTCAAGTACATTTAGGTGTCAATTAAATTTGAAATATCTACATTTGTCAGCATTTCATTTTTGGCCAGTGTGATGTGCTGCTGATTTGTCCATGCATCCTGACACATGAAAAAAGCTCCTGAGATGCAGATCTTCCTCATTAAAAAAGAAACCCATACTATCATAATGGTACGCAGAGCCATGGAGCGCATCCCCAGCTTTATTGCACTGTGTTTCTGACATGATATTTAAAAAGGAACAGCCAC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Seq C2 exon
GCCGCAGCCATACCGGGCTCTGAAAGAATCTGATAGTGCTGATGGAGAAGAGGCTGTCAGTCCAGAAAAGGCAAAAGAGCCTCTGCCTCCAAGCCCTCTTCTCTTGAGCAACGCCACAGAAATCAACCTCCTTGAAGACATTTTCCCTAACTTAGAAGTAGAAACACAGCCTCAGCCTCTCAGCCAGGCTAAAAGCCTGGAAGACCTGCGGACTCCAAAAGAAGAGACAGATCAGCGATGCACGTTTGATTACCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001157:ENSGALT00000001740:20
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.953 A=NA C2=0.898
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]