GgaINT0124227 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000927 | ANGPTL2
Description
NA
Coordinates
chr17:11033167-11041236:-
Coord C1 exon
chr17:11040423-11041236
Coord A exon
chr17:11033361-11040422
Coord C2 exon
chr17:11033167-11033360
Length
7062 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CTCTTACTGTTTTGACACAGGAC
3' ss Score
8.53
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGATCATGATGACAACAAGATTCATCTGTTTAATGCTTATAGCTGCTGTAGGAACTGCTGCTAGCAAAACACAAGAATTTGAAGACAATGATGAGGAAAGAGAACAAGAGTTCATTTATATGAACAGATACAAGCGTTCCAGTGATCCACAGGACAAATGCACTTACACCTTTATTGTACCTCAACAGAGAGTGACAGGTGCCATTTGTGTGAATTCTAAAGAACCTGAGGTTCTCCTCGAAAACAGGGTAAATAAACAAGAATTACAGTTACTTAACAATGAACTCCTTAAACAAAAGAGACAAATAGAAACTCTCCAGCAACTGGTAGAGGTAGATGGTGGGATTGTTAATGAGGTCAAGCTCTTAAGAAAAGAGAGCAGAAATATGAACTCTCGTGTCACACAACTCTATATGCAGTTATTACATGAAATTATCCGAAAACGGGACAATGCCTTGGAACTTTCCCAACTTGAGAATAAGATCTTGAATCAAACTGCAGACATGCTGCAGCTTGCAAACAAATACAAAGACTTAGAGTACAAGTATCAACATTTGATGTCAATTGCAAATAATCAGTCAATAATAATTAACCAGCTAGAAGAATACTGTCAAAGAATGCCATCCATAAAGCCTCTGCCACAAACTCCACAACCGCCAAGCAAAGTGTACCAGCCTCCTACTTACAATCGTATGATTAATCAGATATCTACTAATGAGATTCAGAGTGATCAGAACTTAAAGGTTCTGCCACCTACCTTACCAACCATGCCTGCCGTTACTAGTATTCCCACTTCAACCAATAAACCATCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACCCTGGAGAGATTGTCTACAAGCATTAGAAGATGGCCATGACACAAGCTCCATCTATCTTGTAAAACCAGAAAACACAAATCGACTTATGCAAGTCTGGTGTGATCAGCGGCACGACCCCGGTGGCTGGACAGTCATTCAAAGACGGCTGGATGGTTCTGTCAACTTTTTCAGAAACTGGGAGACATACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000927:ENSGALT00000001362:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.202 A=NA C2=0.123
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0014213=Fer4_NifH=WD(100=46.0)
A:
NA
C2:
PF0014713=Fibrinogen_C=PU(29.3=96.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]