GgaINT0124476 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007113 | TNC
Description
NA
Coordinates
chr17:3048805-3057102:-
Coord C1 exon
chr17:3056830-3057102
Coord A exon
chr17:3049078-3056829
Coord C2 exon
chr17:3048805-3049077
Length
7752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAT
5' ss Score
7.88
3' ss Seq
GCTATCTTCTCCTTTTTTAGAGG
3' ss Score
8.86
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCACACCCTGAAGTTGGTGAGCTAACCGTTTCCGACATTACTCCTGAAAGCTTCAACCTTTCTTGGACGACCACCAGCGGGGACTTTGACGCCTTTACTATTGAAATTATTGATTCTAACAGGTTGCTGGAGCCCATGGAGTTCAACATCTCAGGCAATTCAAGAACAGCTCATATCTCAGGGCTTTCCCCCAGCACTGATTTTATTGTCTACCTCTATGGGATCTCTCATGGTTTCCGCACACAGGCAATAAGTGCTGCGGCTACAACAG
Seq A exon
GTATATAAAACCTACCTCAGTGCTAACTCTCCTTTCTTCTAACTCTTCCTTGCAGGTTGTGCCCATTTCCCTGCCCTCAGATACCCCATCAGTCTGCCCACTGCCAAATTCTCTACCTCACTGTTTGACACCTTCTAAAGAAGACCTGCTGCAGACATTTTGAGCTGTGAATGTTAAGCCACCGTCCCATCCAGCAAAGTCAGTCAATCACAATGTGATGTAATTTCATTCACATAATAATGTGTTAGCACTTGTTCAAACATTAAGGTAGGGACAATCTCTGAGACCTATGAGAAGCAAAACAATTTTCCCAAGAAACGAGTGGGAGATGATTCATTATGTTAGCTTTGCAGTATGTGCTGTGCAGCACTGAAGACACACTCCTTCTTTCAGATAAGCCAATTTATAGATCATTTTTTATCCTGATTCTCTAAATGGGTTTCAGGCAAATTTCAGTCTGTCAGCAGATTCCTACAAGGCCAATACATTGCTTGAATTCAGCTTCAGACTTCAGTTTTGATTTGATGTTGGTAAATGAAATAGGTAGGCATTTAGCTGTTGGCACGTTGTACATCCTGAGGTTTTACTGTTGATAGCGTGTCCAGAAAAGGCTCTCAAAGAGAGGGAAGTGTCAAATGTGCTTTAGCCAATTATGGTGTGGAAGTGGAACAGGAGAGGGCTAGGTTACAGAAGCAGAAGGTGCTTCTCACAGCAGACAGATAATAGCCCATGTTGTGATCACTTAACATCTCTACCAATTTTCACCTGCTGGCATGATCTCAGGGAAAGTTGTCATAGCAATTTGTCATAGCAGGAGATTAAGGCAGTCAATGGCATCAAGTTTAATATCAAATATCAGCAGTCAAGATAATACAGAGTTGCATTTTCTAGCATCAGTGAATTGTGAATCTCATTGAATCATGGCAAAGTGACCACTGAGGTCATGGTATGAAAAACATCAAGAAGTATATGACTAGATGGTCTTTATGATCTGTGGCTCATGTAAATTCAAACTTTTGTTTTATTTTATTGCTTTGGGTTTTAATAATTGCAACGCATTTCCATTTGTTTTTCTTCCCATAGTAGAGGAACCTCTCCTTAGCAAACTCACTGTATCAAATGCTACCTCAGACTCCATGTTGCTCATGTGGGAAGCACAGGACAATGCCTTTGACCATTTTATTCTAGAAGTCAGAAACTCTGACTCCCCTTTGGACTCCCTGGTGCAGATAGTGCCAGGGGCCTCCCGGCACTATGTAGTCACCAACCTCAAAGCTGCCACTAATTACACTGTCCAGCTCCATGGTGTAGTTGATGGGCAAGGTGGTCAGACCTTGACAGCACTGGCAACCACAGGTATTTCATTGTTTCTCCTTCTAGGTTTGCTTTTTTCTCTTCTTTCTTTTTCTGTTCACCAAGCCGCTCTGAAACGTGGCTCTTACTCATCATCTTTATACTTTATACTTTGATAAAGTATTGGAAGATCACCGTGAGGGAAGGCTGAAATAAACTGACCTTGTGAGTGCTTGGAAAGAGAGATATCCGAGACAATGGAAAAGGCTGGAAAAGTGCCCCCAGCATTAAGGGAGCCAGTTGTAAACCATGACTGGTTTCATTATATATACACTTACCAGCAAGTACTGTGTATATAGCTGACATGCTCCAGATGGTTAATGTTTTTCACAGAATATCTTTGCACTTGATCTGAGTGATGTGCCTGTTCATCCCATCCTCACTTGCTTCCTTGTGGGTGGGAGGGCTTCGTAGCTTTGTCAGCCAGAAAGGCACTGCATGTCATTTTGGTTCTTTGTTCTTAAAAACCAAATGTCTTCCAAGACATTTGGATCTCTTTTGGGAGTTTCGTGCAGCATGCTCAATGACCAGCCAAAATTGCATGGAGTGGTCTAGCCACCTTCTGCTGGTTCTGGCATTCTTCTCTGCCCAGCATTTATAAGCATCCTCAGCAGAAAACTGGGCTTAAATAGGAAGTCGACCCTTTCTTGATGGTCAGCCCACCACACTGTCACTTGCATTGCTGTCTTTCAGTCCTTAAGACCTGTCTGGTTTCACTGTGTGTCAGAGCTTTTCCTATGGTGATGGTGATTCCAAGAGCTCTTTGAGACTCTCCTGAAGAGAGAATTCCAACTCGTTTTGCATGTAGTACTCTTTGGAGTCTGGGTGTCGTGTCATGAGCCTGCCTGACTGGATGCAAATGGCATGTGAAGGAATGCAGCCGTGTTTAGAACCAGACTGGAAAGGATCGGTTTTGTCACCTCTGAGCTGCATGCGGGGCTGATGGCTCCATGCTCGGTCTCACTGAGTTCTCCACCCAAGCCTGTCTGCATTGTGGAATATTATCTCCTTCCATCTTTAGAAGTACTGTGCTTACATGGTGACGTCTTCACTGTCAGCCATGAGGGCATTGAATGGCAGCATGACAGTGGCATGTGTCCTTAATCGGGGCCACTTGGATTCACCTCTTCCAAGACTTCCATGGAGGGAGGTCAGCTATTAATTAAAAGTAAATGGGGACAGCTGGTAAAAATTGGAACATCTTGCAGCAGTTCTTGTTTTAGTTAACAAAAGGATTTCATTCTTTCACGCTTCTTGGTCAGTGTGATACATCCTTCTTGCTTTTCTCCCAGCATGTATCACTTGTACGGTTATTCCCCTGCATCACGCTAGCTGCATTTCCCAAGGTGTTCTTGGTTTATAATCAATTGGCAAGAGAAAAAGAGAAATTCAGCCCTGAGAGCAGACAGGATTCCCAGGCCACCTGACTGCAGGGTCTTGTTTGTGGTCTTTCTGGGCTGTAATCCTTAATGTTTTTACATTAGATGGTACAGATTAAAATAGGAATGATCCTCCTTCTATAGCATGAAGGCCAAGTTTCTGTGTGGGAAGGAAGAGGGTGAGCAAGAGCATTGCTTGGTTGTTTTTAGTCCAGTCCATTAGATGTTCTTTGACTTTGCCTAATCAGGGGACAAGGAACACCTTAGCCACTGAGTCCAGACAGGTTTTGGCCTGAGATTAGTGCTGAGATGTTCGTTGCCACGACTAAAACCCCAGTAAACTTCTGGGTCCTAAAATATGAGGATCTACAATGTTAGGCAACAAGAACACTAAGCAGAAGCTGAAGTCAGTATTCAAGGATGTCTGTTTTGATCCTAATTTCTGCCTGAATCCTACTTCAGAATTGCTGTGAGTCTGGATAGTCCTGTTAAATTTCCAGGGCTGAGTTACTGCAGTTTCTATGGTTTTACCATGGGGCTGTTTGCTATTGGTGCTTCTGTAAATCAAACCCACATTTCAGTAAGAAAATTTTGAGCATTTAAGAAAAATGAATGGAAAAAAACTTAAAAATCAGCACTAATTTCACTGGATTCCTTCCAAAACCTTACAAAATAGATGTTACGGTGCTCCTCCTTTCCTCAACTCCTGCAAAACAAGGCTAAACCCTTCAGCTTTAGCTTTAAGTCTCTCTAACCCCACTACGGCTAATTTTTACACCCCCCTCCTCCCAAAGTAATGCTCTCTCTTCACCTGTGTTCCTCTCTCCTTCAGAGGCTGAGCCACAGCTGGGCACGCTCACACTCACAAATGTCACCCCCGACAGCTTCAACCTCTCGTGGACCACAAGAGATGGGCCTTTTGCCAAGTTTGTCATACACGTTAGAGATTCCTTTGCAGCACACGAACCCCAGGAGCTTACGGTGTCGGGAGGTGCTCGCAGCGCTCACATCTCAGGCCTGCTAGATTACACTGGCTATGACATTAACATTAAGGGCACCACCGATGCAGGTGTTCACACAGAGCCCCTCACTGCTTTTGTCATGACAGGTACCTGCTGAAAGGTTTGCAGTATGTTTATCAGTTGATAATATACATATATTCCTGCATGAATGGAAGTGTGGACTACAGCACTGAGTACCTGTCCAGCATTGATGCTTTCATCTGAAGCTTAACGCAAGCATGGGTTGCAGCAGGCATGTTGACCTTAAAAAAATTTTAGGAGGAATAATAGTTTAAAGTTATTCAAGAGCTCTCTGGAGTCTTTCTCTCATGTGTAATGATCCTTTCTAACTCCTGATGATTAAGGGAGAAATTTGTCAGTACTCCCACCTATACATCCCTTGTACATCCCTACACCTATACATCCCTGGAGGCATTCAAGGCCAAGCTGGATGTGGCTCTGGGCAGCCTGGTCTGGTGGTTGGTAACCCTGCACATAGCAGGGGAGTTGAAACTAGATGATCATTGTGGTCCTTTTCAACCCAGGCCATTCTATGAACTCATCTATGTATGAATAATTTGGCCAGGTTTTAGCTGGGATTAGTGAACATCACATGCTGATATAGTCAAATAAATACTACAGTGTTCACATTCTGTGTATGACATGGCCAGTGTGCACTGCTAGGGCTTGTCACACAGACCTATGGAAGCCTAAGTAGGATTAAAGCAGAAATTGAGGCCTTTTCTTTTTCTTCCTCACTTCATTAACACACAGTGGGAGCACTCCTTGAAGGAGCAGCATCCCTCACGGCAATGGGGCCAGCGCTTTCTTAGCAAATCAGTGACCATGATCCCTTCCATTAGGGAACATGATTCCTTTTTCCACAAGCTTTGACCTGCCACCTGATTAATGTTGTTACAAGTCAGGAAGTGTTTGCTTCCAAAACTCTTCCATTTTAATAACAAACCATGGGCATTGGTGTTTTGAGAGGAAGCTTCCCACAGCAAGGTAAACACGTGGCATCCACACCACAGTTGGATGTGCCAGCAGTTTGCAGAAACCTCCTGGGTTTAATATACTGGTGTCACTTCACACCTATCCCAGGGATGCTCAAACAGAGTGTCAATGTCATCAGCTGTGAAAAGTCAAAAAACAAACCTAAAACTCTTAGCCAAAGAAAATTTGGCATTTAACTGACTTGTTCTCTTAATTGAGTGGAATTTGAGTGATGGAAGATTGGCTGAGTTACTTCCTAGACCAACACAAT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Seq C2 exon
AGGCAGAACCCGAGGTGGACAACCTTCTGGTTTCAGATGCTACCCCTGACGGCTTCCGTCTGTCCTGGACTGCAGATGATGGGGTTTTCGACAGTTTTGTTCTAAAAATCAGGGATACCAAAAGGAAATCTGATCCACTGGAACTCATAGTACCAGGCCATGAGCGCACCCATGATATAACAGGGCTGAAAGAGGGCACTGAGTATGAAATTGAGCTCTATGGAGTTAGCAGTGGACGGCGCTCCCAACCCATAAATTCAGTAGCAACCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007113:ENSGALT00000011523:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.083 A=NA C2=0.272
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0004116=fn3=WD(100=87.0)
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=WD(100=88.0)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]