GgaINT0124824 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000001419 | DAB2IP
Description
DAB2 interacting protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17294]
Coordinates
chr17:8490013-8505648:+
Coord C1 exon
chr17:8490013-8490448
Coord A exon
chr17:8490449-8505544
Coord C2 exon
chr17:8505545-8505648
Length
15096 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGGGTAATT
5' ss Score
5.8
3' ss Seq
GTCTCCTCTGCCATCCACAGAGT
3' ss Score
9.29
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCAGCACGCTTATCTTTTTGGGGGCAGGAATTGTTAGTACAGTCTATCTCGCTTGCTGCAAGTCCTCCCTCTGCTGAGACATGTACTCTGGTGCCGCGTTCCTTTATTTTTTTTTTTCTCTCTGTCTTTTTTATGTTTTCTTCCTGTTGTTTTTCTTCTTAAATGTGTAAAGTGAGGAGTTCCTCTTCCCCCCTCTCCCTTTCCACTGCACAGAACAACCTCCCGTTGATTACACGCTGGAACTGTTGCTACTTTGCCAGAGGGGAGAGTGAACCTGTGCCTGCATGTGTGTATGTGTAAAATAGACAGAAAAATGTCAATGAACAGCAGGAAAAGTTCTGGGAGACCGTCTTACTACTATCGTCTGCTCCGGAGGTCACGACTTCAGAGACAGCGAAGCAGATCCCGGAGCCGGAACAGGCCGCTTAGTAGGG
Seq A exon
GTAATTGCAACGAGTTGTGTTTAATTGGCAGTGCAAAGACGTGCTGATGCTTACAGGTAGCTGCGTTGCTGTGCGTAAGAGTGACCTGTGTGAGTGTTACGTGCCTGCTCCCCGTGCAGTGTGTGTTGGGCTTTGCAAAAGGTCATTGCTTGTGCTGCAGGGATGTGAGGGGAGGGAGAGCTGCTGAATGGAGGAGCTGAGCCGGGCAGCCTGGCTGTAACTCCTCGTGTAACTGTAACTAATCCTATCTCCTCAATGTGTATAATTAAGGTAACCATGTTTTTCTAGCGAACTGAGATGTTTGGAGGCCTAATTGATGGTTATAGATATTTGAATATCCTTGATGAAGAGATGGTATCTGAGTGCCAAGATGAATTGCTGGAACTTGTTCTCCGCGGGCTGAGTGTCACCACGGGTTTAAGCTGAGTACAGCTGAAGGGCAGAATTTTTAGACAGAGCCTGCAGGTTGTGCTCCCGGGGCACCGGGGACACCTCTGGGCCTTGTATTCCCAAATCACTTTGTGCTTCTAAAGCTTCTGCCCTGAAAGGGCCTATTTGTCCTCATCAGCAGGAGTGAGGCCCGCTGGGTCACGTTTCTGTAGGGCGCACTCACTCACGCAGCCCGTTTATTCTGCTCGAGGCAGCCTCTGACCCAGATGCATTCTGAAAAATAAGCGATTCCGGCTCAGTGTTGCAGTGTGAGATGCACGTCTGGTGGTGCTTGAGCCTGTTGGTAAAGCAGTCAAAGGGATGGGTGGCTCTGAGCCGTTCTGCGCTGAGCTGTCTTTGCAGAAAGGAGGGACGAGGGCTGAGTTTGGCCCCCAGTGTGACAATGCTGTCATATTTATAAAGCCCCAAGCTCAATCAAAACCATGAATTAACTTTGTAGTTGTCATTCTTGTGTGAATTAATAGTTATAGCAAAGAGTGCAATAGTAGTACCTTGTGCTCCATCAGGTGTGTGTGCAAATCCAGGCTCGTACTTGTGTCCCTGGGGTTAATGGGGTGTACCCAGCAGACTGCAGAGCAGACCCCAGGAGTGCCAGGTTTAACTGCACAGTGTGCTCTTCCTCCCCTGACTTACAGCACTTTTTCTGGATGTGGAATCATTACTGGGAAAACAATAGGAAGCTAAATCAGTCCCCGAGCCTCATCCTTTCCTATAAGCAAAACAGAGTTTTTCTTTCCATGGTTTTTTTTTCTGCTCTGCCTGTCAGAGAGCAGTGTTTGTAGACCCACAAGTGTGTAGCAGTTCCTTTTCCCCCTTTATTCGTATAACTGCTCAAAAGCAAAATATTTTACTGGCATTTCAGTTACTGAGACAAACAAAATGTGTTTGTTTCTTTTAGGTAACCCAGTATGAACTTATGTTATGAGCATAAATTGTCATGAGCACAAGGAATATGCAAGCAGATTTGATTGAAATGGAAATGAGCACTAATGTTTGGAAGAAATTGGATTAGAACCAAATGAAATCTTCTTGCTGTTGATCCCTCCCTGAGTATTTTGTGTTTGTCACACGTATGCAGGGTTCCTTCCTGCTAGGAGATCATAATGCTCTGCACTCATTCAGCTCTTCTCATCTGTAGATCTTACGGGATTTGCAAAATCTGAACAAGAATTTTCTATTTGACCATTTTTTTGTATGTAAGAGACATAGAAAGCAAGTTAAGCAAGTTGTGGAGGAATGGTGTTGGGCTGCAAGGTCCTGGGGTGTGTGGGGCCCAGACTGGAGGCGGTCTCGGCAGAGTGAAGGAAGAACAGAATGCAGATTTTTTGCCAGTGGACAGTTAATGTGTGGGAGGTGGTAGGGCTGCAGGAGCAATGGAGAATGCGGGCACCAGAATGAGTCTGTAGGCTTTCTGGTTTTGATGTAAGTTAATTCCCAAAGCCTGCAAGCCTGAACAAGGAGGGAACTGAGGGTCACCTTCTCAAGTACTCATCTGTGGTGCCATTTGCCATTGCTAGCTAAGATGTTCAAAGACCAGATATTCTTAACGGAAAGTTATCATGAACTCATGAGCACTGCAGTGCTTTCACAGGAATTGGCTGTGGTCTGTCCTGCCACTTGCTTGTTTCCAGGCTGTTCCCTGAGCAAGTCTTTCTCTCCCCTTTGCCACAACCCACACAGAGCACACGCGGATGCAGACGGAGGTGCAGCAGTGGGGCCCGCAGGCGGAGCTTCTCCACGCGGTGCCGCCCCGCAGGCCGGCAGCAAGCTCTGGGCCAGGGGGCTTGCTGGGTGTCAAGCAGCTGTTACACATTTACCAGGAGGAGGAGATCTCTGCTGACACGCGTCCTCTCCGGCATCTGGAGCCGCTCGCAGTACCGCACCAATCGCGGATGCGGCTCCCGGGAGGTGCAGGTGCTGCCATCTGCTGCCAGCACCGCTCCGTGCCGCTGCGCTGCAGCACCGGGCCGCTGGGAGCCCACCCGGTTGCTGTCTGCCGGGTTCTCTGAGTAAGGAAGAGGTTGTGTTGAAACGCACGTGTTTATATTCTGCCGCTTCCCACTGCCAGCCCGTCAGGGGCAGAGGCGGATCCCCCCCCGCGGAGAGTGGCTGCGGGATGCGGCTCAGCCGAGGACGGCAGGGCCGGACTGCGCCCATCGCCTGCCCGGCTGCGTCCACCAGCGGTGGTGCTGACTGCTGGGGAGGTGGGCCTTACTGCGGGGGGACCAAGAGATGGCCGCTGCCTCAGGAAAGCGTGCTGCAGTGCATGTTAGATAAGCAAAGCGGGCAGAATTTGCATTTTCTATGCAAGTCTCCAAAGCAAGTCGGGGACTGCTTTCTGTTGGGACTCCAGATGGACACGATCTGATGTAGTGTGCAGAAAAATCTGTCACACCTTCAGCTGTTTTCGGTGACAGACAGCTTATTTGATATCTCATATGATGTTATCCTCTATTCATGGAGTTCACAGTTCTCTGGCCAGTCCTGCTGCTTAGGGCACGTCCATCTCGTGTTCATGTGCCCAGACCCAGAACAGCCGAAGAGGGCTGAAACTGATGGGGTGGCAAACCAGGCCAGAACAGGCAGGCATGCTGCTGGGAGGCTCCAGCACACAGAAATTCCTGCAGTCGGATGGTGGATAGCAGGACAGGTTTCACTGCACTGTTATTTTTTGTTACAATGATGATAATGTTGGAAATCTCCCGGCTCTGCCTTCCACAGGGATTTGGGCCATGCTACAGGTACATCAGTTAGAAAGACCTATAAAATCCCCATCTCTGCCCATGACCATCTGTTCAGCTCGGAGATGTGTGTAAATACATGAGGAATCATGGCTGTAATTATGATTACTACCAGGTGATCCATCCAATATAGCAGAAGGCGTTGGGAGGCAGAGAGGGCAGAAGGAAAATACCCGACAGAAGCATCAGCTGCCTCTGCCCGCCGTGTGCTGCTCTGCAGCCCTTTTGTGCTATCTCTGCCACTTCTTCATTACGGCCATAATGAAGGAGCGGGGCTCAGGGGCAGCTGTTCTGAAAATCCACTTTCCTCATGGAAACTGCTGAGGGTGCTCCATTCACCGGCCCTGGATCCAGCTGCTCTGCAGGCTGCGTGCTCTGGAAGCACAGTATTTTATGAGTGTGAGGTTATGTTTCTGATAATTTACAAGTAAACAGCTTAATTATTGAATCATTTGTTTAAAAACTGGAAGCTTTGACATGTTTTTCTTTATGGTAATAATAGTTTTTGTTCCAACGTGCAACAGAATGACATGAGGAGGCTACACCCAGGCTTGCTTTCTAACTAAACCACGCTGAAAATTCATGCATCCTTCTCTCATCTTGTCATAAATGGAAATGTGTTGTACACTATATTTGCATATTCTCTAAAAAGAAATGCTGTGGAAATAAGGAACTTCTTCATCTCTTATTTTTCTCATTTGTTCTAAGTGATTTTTTTGCCCATGATTAACCATCTCCCCTACGAAACCGCCTTCTGTTGCTAATTTGTCTCAGTGGGACCCAGGCAGGAGGCTGTCTGAATTCTTAGTAAGAAGAATTAGTGATTTGAAACAGTGATTTGAATCGAATGCAGCTTCGGCTGCAGCTCCTTCTTCTGTAGAACTCTGTAGGCGATCAGTTGTCATCATACTGCTAAGAATTCAATAACAGTTTGATTTCCTGATATAGAAGGTTTAATGTTTCTTCTCAGATACAGAATCATACAGTCACAGAATCATACAATCATTACAACTGGGAAAGGCCACTAAGACCATCCAGTCCAACCATCACCCACCACCACAGCCGCTGGTGTTCTAGAAAGCATCCGAAAAGCAACTGCTTTCATGTGAGAGCTGGGAGTGCTGAGTGCAGGTTATCAACGTGTGATGGGATTTTGTAAGCTGTACTGTTGGTAAGAAATATCCACTGTCAGCCCTTCTATTTTTAGCAGTAGTGCTCCAACTGAGACATTGCTGTATTTGCTCACAGAATGAAAGGAGCCTCAGGTAGCTGCGTTCTCATCTAACCAGAAGGTGTCCAGGGACTGCAGTGGGAGTCCCGCAGGTGGTCAGTGACAGTGATGGCACCAGCTGCAGGAGCTCTGCATTCTTCTCTGAGACCCCAACATAGCAAGAGAATGTGGGAGTTTTGCTCCTGTGAAATCCTAACCACAGTTCCTACCTGTAAGTCCCACTGTCCCAGAAACGGCGTCTGTAAGAGAGAACCAGAAACAGCAGAAGTCCGGATGAAGTTGTGAGGGTTGTCAGTCCTGCTTAAGAGTAACTTAGGAATTCACTTTCCAAGGAACAGCCCATTCAGTGAATGCCGTGGCAGAAATTTGGGGATTTTCAAGCACTTTTCAGGCAACTTGAAGTCCGACCGCTGTCTATTTTTGCTCACCTTCTGCTTATCTCTTTTCCACGTCCTTTCCTTCTGGTAGGAACCTCCCTTTCCCCTGGCAGTGTTGCTAGGAGGCGCTCATTGCTCCAAAAGGAAACAAGCAGAGGAGTTGCTCCCAAGCAGTGCAGAGTGAATTTTTATCTAACAGCC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Seq C2 exon
AGTCCCCCCCCGAGAGGTGTGGGCAGAGGCGCAGTATGCCCAGCGGGGTCGCAGAGCGGAACCCCACCATGGAGCCTGCAGCCACAACGCCCTTCCGCGTCACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000001419:ENSGALT00000002162:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.250
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]