GgaINT0125249 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000003683 | MED27
Description
mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001264204]
Coordinates
chr17:6363488-6387828:-
Coord C1 exon
chr17:6387698-6387828
Coord A exon
chr17:6363582-6387697
Coord C2 exon
chr17:6363488-6363581
Length
24116 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
ACTGTCGTGTTGTTTGGCAGATA
3' ss Score
9.93
Exon sequences
Seq C1 exon
CTGCAGTACCATGCCGGGCTAGCATCTGGCCTTTTGAATCAGCAGTCTTTGAAACGCTCGGCCAACCAGATGGGGGTATCTGCAAAACGCAGACCGAAAGCCCAGCCAACAACTCTCGTCTTACCTCCTCA
Seq A exon
GTAAGTAATGGAATCTTGTGAATATTTTGAAGAGTTTGCACAGTGGGGTGGGGATTATTTTGGATTTTTAATAAAATAAATACACTACAAAGTCAATAGTCATAAAAACTTTGCGCTTGTGTTTTTGTTTCATGCCAAGTGAACTATTCTTGTTGGGTGGTTGGGATATTCAATGGAAGCAATCTTTTGTTTCCCCTCCTGGAAGAGGAAGCGCTCTGATAACAGAAAAGTTGCAAGGATTCTTGTTAGTAGTAGCAGGTCATAGACATTTTTGCAACACAGAATTGTCATTGAGGAATGACGTTCCCTTGATTAGTATGACTTGGAGCTTCAAGAAGGACTTCTCTGAAGGTCCTGAAAGGCAGAAGCCAAGCCTTTTTTGGTGTGAGTACTTTCTTGACAAATATCTGTTCTGAGTCCATCTGTTCACCATATGTTAATTTTGCATTGGATCTAGACCTCTTTTACAGGTGACAAGCAATTACGAGGACACTTAGAAACTGTTTGAGGACATGGAGTATCAACACTTCAGGCAGTCTGTGTGCTGATGCCAAAAACAGAGAGGCTAACAACTAAGCTTATGAATTAATAAACTGCTTAAAATATTTAGTTACATATAAGAAAGTGATTATTATGTAGAAAATGAAATGCTAAGCAATTATTCATTGTACTGAGCATCTTTGTGGAAGCTGTGTGCTTTTTTCACAGAACAAGAGTCACTGATGTATAAACACCATGCTACTAAAAATGTCACGGTTGTAATAATAACAGTCCCTCTTGTCACCAGACTCCACAGGCCCAAGCTCATGAAGGAAGCAAAAGAAGTTTAGATTTGTTTTCTATATGACCTGAGAATGGGTGGCAGTAAGCAGGACATTCCCCACGTATATTAACTTTAAAGGATTGCTAATGCAAGAATCCATACAGTGTTCGATTGCGGTAGTGAGGCATCGCTCAAAGAAAAGTGGCTAGGACAGCAGCTGTAACAGAGCCACCAGTTTGAAAAGCAGATGCTTTTTGTAGTGTATTTGTGGAAAAACACAGGTATGTTATGATGGACTTTGGCTCAGTGTTTTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTGTTGGACCATTGAGTTTTGAGCTGAAAATTGATGTTGTCAACTGACATCAATAAAGCTGAGCACTATCATGCTAGTTGTAATGATTTGTATTCAGAGGCCTTAAAATCATGGCTTCTCCAGTTACTAGCATTGCTTTAGTCACAGAGAAAGAGCTGTTGTAACATTCTTTCATAGAAGAGGCTGTACCTGTATATTCTGCGTCAAATGGAAGGGAAAAAACATTGCAGCAGTATAAATCTTTACTCAGAGTGTGCAATATACAAATTAACCTAACAGTACTGATGTCTTTTTTTTATCTGCAGGTGATTATTCCTTTTCATTTAATGATACTTTTATGTAAAATTTGCAGATAGGTACCATGTTAAAATTTAATTACGAAGTTTAGCTAGTCTTGGAATTATATTCTGATATTTTATTACTGCTTCCAGCACTATTCACAGTCAAAACACGTTTGTACTGTGCTGGCTCTTTATCCTCTTTATTTTTTCCTCTCTGACTTCTTTGCCCTTTCAGATTTTGTTACTTGCTATCTTGGTGTGTTTTAAGAAGAGAATAATGGTTATATTAAATGAAATCAAATACCTGTTGAGCTCGATGTCGCCTATCCAATACAAGGCAGAGGCAGGTTATTAAAAGACATAAAAATAGACTTTTGAAAAGTGTGTTTAGAAAAAAAAAAGGTGTGTCAAATGGAATTTTAATATCTTGATTTTTGTTGCAGTTTCATGCAAATAATGATGAATAATTCTGTTGTTTTCATTCTTCAGTCTCTTTAAGTGCAAAGGAGGAAAGCATCCGGGTGCAAAATCATGCATCTCCTTGAAAGGACATTTTAGGAAAAAGACTCTTTTAGTTTCAATACAAATTTTCCAGTGGCACTTCAGAGATTTTTAAAATATTATTATTATTTATTTATTTTAGATTTATTGATTAGTTGGGAAAGGAGTAACTATTCTTTGTCTTTTTTTTTCTGCTTTGATTTATGTTATGAAAATAAAGTTCTGTGGCAGGTCTTTGGGCTGAGTAACAGTGTGATGAGTCAAGCATATATTACATATTGCTCAGAACAACTACGTTACCTACTGCTTTTCTTAAACCTGAGCAAGAACAACTGCTTATGTGCCAAACTGTCATTTTAGGATATCAAACCAGAGCAAGCAGTGGCACTGCAGGGATTCTTTTCAGCCTGCAAAGGGATGCAGGAAACAGTCTTGATTGGGACTTTGTATAGATACTGATTTGGACAAAAAATCTTCTAAAAATATTTATTTTAATGCTTACTTTGATATTAAAATTATAATTTGAGTTGCAGGTAGCATTGTTGAATCTTTATTAATTTCCCTGTGTTTTAAAGGAACTTTTGCAGTTGTTATTCATATGTTATATTCTTAATAGCAATGCTCAGCATTTCATCCTACCTTCTGCTCTCAGAAGGAGCTGGAGAAGGGGTTTAATGGCCAAGCTGTTGCTTGGTAGTCCCACTCATTTGTCCCTTGCTGGCCTTAGCCTTTTGGTTTGCCCTGGTTGGGAAGTGAGAAGTTTTAGACTGACAATAGTAGCTATTAGAAACTTCAGCAGCAATTTTTAATTAAAAAAAAAAATGTTTTCTAAAATGGAAAACTTCTGTCTTATGCAAGCAGTGTCAGTAAAATTTTCATTTTCTCCCTGTTTTTATTATCATAGGGCTCCTAAGGATGCTGAATAGAGACAGAGAACTTGGCATGTCAGGTGGCATCTCTCACCTGATTTCACTGTATCTCAGTTTTGGAGGGAGGCCTTTTGGTGTTCATTTGCTTTTTGGTTTTGGTTTTCACTGACTCTGAAAGTGCAGAATACAAGCTTGATATGTGTCTCATTTCTAGCCAAGCATATCTTTATGGGAAAGTGACTAACTGCTGGCTGCTTTCTCTGCTTGCTTTGTCCCTCCTTCTGTCTTCTATTAACAAGACATCTCCCTGTACTTGCTAATAGATGCGTTCCCTCACATGCTTCTCATCTGGCTGCTGCTTCCTTCCTTCTGTTAAAGAATCTCAGAGCAGCGTTTGCTGAAGTGCTGAAAGCTGTCAGCTCCTTCCATGTGACCAGGAAAGTGTACTCGTGCAATGCTTCTGAAAATCAGAATGACTTATTTTGTTTATGCTTTTCAATGTTATTAGTAATAAGAAGTCTGTTAGGTTTAGGTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTTTTTTCCATCCTTGTGAAACAAAGTCATTGACTTATTTAGTTTACTTGCATTATTTTGTTTGCCACCGCATCTCTGAAGCGAATTGTGATGTTGGCTTCCAGACCCCCAGAGCTGAGTGCTGTGCCCTAGGTGGGCTGGCAGGGCTGGGAGCTGTGAGCCCAGGGGTCCCAACCAGCCACGAGACCCAGCAGGCTCTGCTGCAGCACCGTGCTGCTGAGAAATGGCAGCAGGAGCCACTGTGAGATGGCAAGGCAGAAAGAAAAGAGGAAACACAGGATTGACTTCATATTCATGCAGCTGTATTCCTTGGCACACACAGGAGGGTCAGTTAGTATTAATGGGAATTTTTAGGGGTCTCAGCTGAAAACCCTTGGACTTGGATAGCTCTGTGGCACGGGGCTTGCTCAGTGCTCCCAAGTGAACCATCTGTCTTCTCTGCCTGGAAGGAAATTGCCAGAACAAGAACTTGCTCACCACTGTAAGCACTGAGACTCTTGCTCTTTATGGTGCTTTTTAGGGTCGTTTGTTGTGACATTTGTAGTTTTGCAGAAATAAGCAGGCTATAAACAATAAGGAATGGGGAGTCTGGTTCTGGTTTGACAACTTCAGGCTCAATAGATACAAAGGCTTGAGTAAAAATGAGTCCAATTTTGTATTTTTGGGTTCCTCAACTTGTCTTGTAAATCTCTTGTGCTCTGATGTATTCCCTAACCTGACAAAGAAAACATTTTAATAGATGGAGGAAAAATCTTTGTGAATTTAAGCTGTGTTGCTAGGAGCAGACCAGCAAAATTACTTTTCCTTTATTAAGAAATAAAAAAACAAAGATGTGCTGCCTATAATACTGCTGTAGATAAATGAGGAACAAAAAGCTATGAAGATGATTTTTCTTTCAGAAGAGAATAAGGACTTGAGGATAGGAGTGCTGGGTGGAGACTCAAGAGAGCTGCTTTTTTTTTAAGTGGGCATGAGACCATTTTGTTGTGCTGTATGAGTGCCGTGTAACAAAACTCTGTTCCAACACCATGTTCCAACATCCCCAGAATGCAGAGCTATAAGCACTTCTTCCATCTATCTGCCTGTTTAAGTGACTGGTTTATAATAAATCTGCTGTCAGAATTGCTTCCTTAGTTTATTGTACAAAACTTCCATCATCTCATCTGCTTTCTTTTTCTAGAGGAGAAAGTGATATTGACAAGAAGTGCACACTTGTCTCCATGCTTTGGAGTTACTTTACCAAAAGCAGCCCTTCAGTGAGCAGTCTCCTTTAAGAGCTTTTTACTGGGTCAGCAGACACATGTTCATCTGGATTTGGAAAATAAATTCACACATATCTCAATCTTTGTTTGTGGAGCTTGGTTCAATACCAGCATTGTCAAAGCGTTGATGTTTTTTCATCGTGCTTCTGCCCTAACAGATTTAAGGGTTCTGTCATACAAGCAGTATTACAGAGTTCTATTGGACACAGCAGCTGAGTGTTGAGGAAGAAATTCAATTTAAAATAATTACACAGTAATAAAAACAAAAACGCTGTTTTAAACAGCTGAAAGGTATGTGTGTATATGTGTGTCTAAACGATATACCCAGACATTAGATGTGCCAGAATAAATTATTTGGAACTGGTATAAATTACCGTTTCTATATTAAGTAGAATCCTGATGAGCCCTTTGCCAAGAGTTTGGGAAGAAAAAGGTTTTCTTCA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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
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Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]