GgaINT0138357 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000007314 | DSCAML1
Description
Down syndrome cell adhesion molecule like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:14656]
Coordinates
chr24:5338982-5384402:-
Coord C1 exon
chr24:5384256-5384402
Coord A exon
chr24:5339129-5384255
Coord C2 exon
chr24:5338982-5339128
Length
45127 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TTTCCTCTTTGTGTCTCCAGAAA
3' ss Score
11.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AAAATAGGTTTTTTATTACTTCTTACGGAGGTTTGTACATATCGGACGTGCAGAAGGAAGATGCCTTGTCCACCTACAGGTGTATCACCAAGCACAAGTACAGTGGGGAGACGCGGCAGAGCAACGGGGCCAGGCTGTCAGTGTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000007314:ENSGALT00000011835:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.200
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]