GgaINT1001533 @ galGal4
Intron Retention
Description
Uncharacterized protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:F1NSM0]
Coordinates
chr7:18897338-18908712:-
Coord C1 exon
chr7:18908565-18908712
Coord A exon
chr7:18897496-18908564
Coord C2 exon
chr7:18897338-18897495
Length
11069 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGC
5' ss Score
5.61
3' ss Seq
ATGTCTCTTTGTATTTGCAGTGG
3' ss Score
8.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGCAGAACATGAGAGAAGTTCACTTTCATCAACATTGAAGAGTCATCCTGGAAGCCAATCTGACATCTTGAATGAGTCCAGTGTGAAAAGGGGGAGAGCAATCTTTGAGAAGATGTCATCAGGAAATGGACAGAACAACCTTGAAG
Seq A exon
GTTAGCTTTACCACTTTGATCTGATTTCCTCTTTCAGTAGTCTACAGTAGTGGTCTCCAAACATTTCTGACAGCACACCCGTACCCCTACCAGTAACACACTTCTGAGCATGCCCTCCCAGTATACGTATATATTTTTTAAATTATATACATGTACTATTCTATGAGTACCAATATACTATGTACACAAAAACAGGTATTAAAAAAGATGAAAGATGAAATAAACAATTTAAAATGTTAAATTGTAAAATAAACGTTAAAATATACTAGTATAAAAATAGTTTCTTCCTGCAGCTCAGTTGTCTTGTGCAGATCCTGGGGTACACACACCTTACTCTGAAGACCACACTACAGTGTAAGACAGCATATGTACCTGTGCTTTGGTTTACTAGAGAAACAATATTGATTATACACTACTTGGTTCCAATGTCAAATATCTGTTATACAGTACACTAACATGCAAACATATTTGAGATTTCTCAATTGCATACTTTTGGTTGTATTTATATAGTAAATGCATGCTATGTATCACCATGCTAGTGCAAAACCAGCTCTCAATCTCCCCCTTCCATTTATTCCTCCTATTCTCTCAAGTCTATGCTGGTAACATCAGAGAGAATAGTGCAGTTAATTCCTTTATACATAAATTAAACAATTTACTTCATCACAGAAGTGGCAATGGACAATCACAGTCAATCAGAGCAGCTTCGAATGAGGGAATGTGACATGCTTATCGATGCAAACAGCTTTCTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGATGAGTGCCATAAGTCCATTAAGTAATTTTTCAATAAAAGATAATAGAATGGACTCCTATGTTTTGAGAATGTATTTCATATAATTTTCATTTATGAATGTTTTCAAATGTTTTTGAAATCTTCAAAGCTCAGTAATTTAAAGTTTACTCTTCACATAATTTTTGATGAAGACAACCCAAATCTACAAATAAGTTATCAAAAATATGGACAGCATTCATCTATTACGAAAAAGCAGTAACTTCATTTTCTATTTTGGTGGACATAGTTTGGATTTGGCATTGTGTTGTTTTTATAATATGTTAACATTTAATTGTGGCTTTCCGCTTGTTAATTTTACATTTCGTATCAGCTGTAATGTGTCATATCTAGGCAGAACTTGAAAGAATATTTAGTACTGAAGAATTCAGTTCAGTAGAACGCTCATTAACCAAATACAGTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATAGGACAGAGCTAGAATAGCAGGAGAATAAGGATCTTTGGATAAAAGGCAAGATGATAAAATTTACTTGGTCATTAGTCTTGTAATCCGAGTATTCACACTCTTTGATGAGTTCAGAGCAAATCTTGACTTAATTTTAATGAGCTCAGCCTCACTCTCAGGTGAGTGCAGTACCATAACAGATACATACAGCTTAGCCTAATACACTACCTCATTTGGGTAAAACACATATAATAACTTCGAGACCGTAAACACCATGCTGTGCCAGCAAGCTGTACCATTCCAGTTAGTTCTGTTACTATAACAAGTATAACATAGTTACACAACACGGAATGACTCTGAAGCCCAAGGTGTTTCACCTTCCTAACTTGTGGTCCACGTTTACCATAGATAAACCACAGGTTGGCTCTGGGTTGTTACGAAATGTAACTCTTCTTACAAATGCATCAAATTTAACATCAAAACAAAACACCTTAAACATCTGCACAGATAAAGGTAGGTTTAAATACTATTCTGAAGAAAGCTAAAATGATTAAGTATATTGAATCTGCAGAAACACTTTTTTTTTTTTCCCTCTCATGGTCAATGCACAAAAAGCATGGGCTGGGGTCTGAACCAAGCCTATATGATAGATTTACAGATCCTACTGAATTGCCACACCCTTTCCCCCTACCAAAGCTTTTCTCACATTTTAGAAAGACAGAAGAGATATTCAAAGAGGCACCTCTCCTCAAAAGCTTTGGAGAAACTGTTTGCAGCTTCAGGCAGAGATTAGGAGGCAAATAACAGAGTTCCCTTTAAAGGTGGGTCACAGGAAAAATACTTTCGTAAACATAGCTCTGATGTTCCCAGTAACTAGCCCTGTAGTATATCACTACCAATTTCCCTCCTCCGTGGAGATTTCAATGACATACTTCAAACATCAACCTCCCTTTGTTTTTCAGATTCTAAACCACTAAAACTAGGGTAGTAATTCACACTGACATATGTAACAGAGATGTTTCTTTTTTTTTATCTACCCATGAATACTACTGAACACTTACATCCATTATTGGAGACTTGTAATGCTGTAGTTGAATGCAGTTTTTAAACAGGATCAGCTCAGGAATGAAGAACACTCGTACCATCAGCATTATGTCATTAATACTGCAGAAAGAAAAGAATGAAGATGTCACACAGATCAACTGAAATTCATTGGGCTCAGGCAGTTTTTTCCACCACAGTGAAAGCTCTAGTAATAAGATCAATATTTTACTCAACTTTCCTTAAGTCACATACCATATATATTTTATGACTTGAATAAAAGTTTCATCTTGGTGAAATGAAGTGGCATGAGGGAAGAGCATCTGATACTTGTTTGAAACTAGTCCCAGGCACACAGCAACTTACAGTTATAGTCGCTTAGAGCAGGTTCCATAATGCCATTTGGAGACTGTTTGGAAGCTCAGGCTGAGGTAGATTTACTGTTCTGAGAATGAGAAGCCCTTTCCAGCATATTTATGTTTACCACAAGGTAAACCATAAATCTGCATTTTGTAACACCATAAGAGACTCCTACGTAAGAAGTTAACACTCAGGCTAAACATTCCCTGTTACTTACCTAGTTATTCAGTTATATTGCAATATAAACTTACAGCATCAGTTGATAGTAAAGACACAACTGAAGAGTATTTTTTTCTAATACCTTAGAGTGAAACATTTATAATCACATGGCTAAGTAGACATAATGCCTGTTTACCCACATCATAAATATATTATTCAGGTATTATTTTATTATGACAGAAACAATTATTTCCTTTCAAAGGGAGAAGGAAAAAACGAATGTGAATCAGAAGAACCCTTGTGGCTGGTTTTTCATGGCCTGCATGTTTAGCAATTCCAGACTCAAGTAGACCAAAAGGAAAAGTAAATCTCAATGAGCAAGACCTCTTTTAGCTAAGGCTGACATTACCTGCTTTATCTATAAACTACTGTGATAATTATTTAAATCTCTCTCCTGCAATGTTTTGAAGGACGAGTGATCATTTCTTTGGTAATCAGCATTATTTATCAGTTAAAGTCATTACTGTAAAAGTGGATTTATTTTTAAAAATATCCTCTACATATGGTGTTTGGAGAGCTATATTTATTGACTTCCAGTGACTTAAAAACATAACTTTGACTCTTATTTTTGAACTAGCTATTCTCTTCACATGTTAGACTATCAAACTTGTCGTCATTAACAGCCAAGATTATTTTCTGTTGTAGACATTACTACCTGTTTCCCTAGCCTTACCTTCTTTTATCTTTTTAACATTTTTTTTTTTTAACCCCAATAACTTTATTTTCTCCACAGACATATGAGTAACAGGAAACCTGCCCAAGTTTTGGCTGATAACAACATTGAGAGACAGAAGCCAGTTTTGTGGCTTTGACAAAACTAGAAAGTCTTTTGTTACAAAAGACAGTTGATTAGATTTTCTAGCAAAGAAGAGGAAGAATATGTGTAACACATTTCCCCATTTATAATCCATTAAATTTATAATGAACTGCATTCTACAATCCAGAGAGAAATTAATTTGAGGCAAGAGCAAAAAATTGCTCTTAGTAGGAAATCACTTTTTACACATCTTTGGCAATGCTGGTTTAAAGAGTCTCATTCCCTTGTTTTCTCACATTTAACCCTGTCACCGCACTGAATGACAGCGCCTCTCATTTGTGCTGCCAAATCAGTCAGAACACATTGTGATCCAGATCTAAGAACTGATACAGATAGGTAAAGCAAGAAGATAAACAAAACAATCAAAATAGAAGAAGATCTTACTTCAATTTGGATTATTTCACTCAAGGCCGCTGGTTTGATTTACTGTGTAGGTTCTTAAACAGTTGTACCATCACAAGTAATAGGAATGGTGTACTGCAGCCAAAGAAGGAGAGTGAGAATGAAGAATTCTGAAGGTATCACTACTGCACTAACACCAATGTTGTGAAACCTCTCCCTGTTCTCAGAGGCAACAAGTTGCAGCTTCAGCAAAAGTTGTTAAACAGCTTTGAAGTGACAAAGCTTTACTAATTATATTTAGGTCTGTATCTGAAGTAGAAACACACCTCTGGACAAAGGGACTCTCACCAAATGACTGACACAACTGAAGAAATCTTAGCATTTAAGCTCTTCAAAAATAGAAATTATTTCAATGAACTAACGCCACCTTTCAACGACCTATGGATGTATTATCAGCTTTTAATGATGAGTGCACTTAGCATAGAACTGAGGCTATAGCATGAATTTTATTTATAACTAAACCAAGCAAAGCTTGGTTTGGGGAGTAAGCAAGTACTAGCAGTTGCACAGGCAACTCAGTGTTGCTAGGTTCTGTATAGGTTTAACTGCTCTGTGCATCTTCCATAATAAGATTCCTCTGAGTATCTACTATGAACTGAAAAAAATCCACTGTGCTTAACTCAGGTTCTATCTTCAAAAAAAAAAAATATGTAAAAACATTGACAATAGCATGCTTTATGAATGATTATTTACAACTGATTGTAAAATTATCTACAGGAGAGAGTGATCGTAGTTGGTAGGGTTTTCTCTGAAGAATGAAGTGCAGGTTAATTAGGTTTCTCATTTGTTTTTGGTATAAACATTGTTTTCTGCAAATAATTGTCAAGTTGAAACTATCAGCTGAATTAGTCAGTATGTAGGTAACACACGAGATTCTTTGCAAACATATCTGCTACCTACGAACTGTAGGCATTTGGACACGACAAAGTGACAGAAGAAT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Seq C2 exon
TGGGTCATCGCAAACGTGTGAGAGGATTACCAGAAGAGAGTACTCCCAAGGCTGGGAACACATTGATGGACTTTGATGAGACCATCTCCTTGAAAGAAAAATTGGCTCTGTATCAGGCCGCTGTGTCCAAGGCAGAGAGCAGCAACTCCTCTTCTAGT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010933:ENSGALT00000017786:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.290
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]