Special

GgaINT1012651 @ galGal4

Intron Retention

Description
eyes shut homolog (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:21555]
Coordinates
chr3:84795509-84840985:+
Coord C1 exon
chr3:84795509-84795742
Coord A exon
chr3:84795743-84840820
Coord C2 exon
chr3:84840821-84840985
Length
45078 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACT
5' ss Score
9.01
3' ss Seq
CTTTCTGTTCTTCATTGCAGACG
3' ss Score
11.56
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACGTAACTCTGTTTATTCCATCCTTCAATGGGAATTCTTATTTGGAACTTCCTTCTCTAACATCTGTATCTCAGATGAGGACTGCATCTGGGCAGGAAACAAGCAATCTGACAACTCTGTACTTGACAGTGAAAACAACTGCTCCAAGTGGCACTATTCTTTACA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000016263:ENSGALT00000026224:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]