GgaINT1017225 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000028759 | LYPD6B
Description
LY6/PLAUR domain containing 6B [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27018]
Coordinates
chr7:34342481-34354813:+
Coord C1 exon
chr7:34342481-34342558
Coord A exon
chr7:34342559-34354665
Coord C2 exon
chr7:34354666-34354813
Length
12107 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TGCCTTTCTATTTGTTCTAGATG
3' ss Score
10.28
Exon sequences
Seq C1 exon
CACCGCGGTGATGGAGGAGTTAAGCTCGAAATCCCCACGCCTACCCTGAGTGACAGAGGCTGCAAACTGGCGCCGGAG
Seq A exon
GTAGGAGCAGTGCTTGGTTTACATCTGTGTGTTTGCTCTGAGCGTTCCCCACACCGGCAGAAGAAAAGCCAGCTGAAAAACGCGCTGTCCCCGGTGGTGTGCGGGCCGTTGGCGTGGCAGTCACCTCTTGTAATACTGCCCCGGTGGTGCACCTTTGGGCTTCCATCTGCGAAGGCTTTAAAGAAGGAGGAAACAGTTTGTATCCGAAGAACAGCGTGGCCTTCCAGCTCTGAGGATTTTGGAGCTGGGAGGAACGGGCTGCCGTCGTGCGCGGCTCATAATCTCAGGTCTGCAGGGCTGCCTCTGGCAGCGGTGAATAACAGCGCTTCGGGGAAGACTAATATCCCCTATTATGCACCTCGCCAATTGGGCAACGTCAGGAAGGGAGAGATGGGAGGGAGATTATCTCCTGACCCCTGCGGATCGTGCCCTGCAGTGTGGTGATTACCCTTCCCGCAGTCTAAACATGCATAAGTGCAGGTGGTAGAAGTTACAGTCATCTAATCCTTTTGGGGAAAAAAAATGCTGCCCCAGCTTTGTCTCGATGTGAATAAACCTGTTGCGGCAAATTGCGCTCGTTCAGAGCTCAGCTTAATTTGCAGAAATGGAGCTAACAGCTTGTGAAATCGATGGGGCTGTGCGGACGTGGCTGTTGTATGGCTGGGCTCGCTCAGCGGGCGGCGTTCTGCGCATCCCCTCGCTGCTGAAAATCTTGTTTGCTGGTCTTGCTTTTGCCTTACAGCCCGATTTACTTGAGGCCAGGGACAAGAATATGGTGTCCACATAGGCGTGAGATGTTAAATGCGAGCTTAAGTGTCGGTGCGAGCTTCCTTCCTTTTCTCAGCTGGTAACAAGCTAAGAAAGTGTGTTTGGGCTGTAATTTCCTATGGGTGGGTTTCCCTTAGCCTGTAGCTTTGGTGGGTGCTGTCTCAGTGCTGTTCTCTCACCGGGGCCATCTTTTTGCCCAAAAGCCCGCTGTCTCCATCTGTTGTGTCTGGCTCAAGTAACGCAACACCTTCCCCAGACTCATCACTGCAGTGCTTTCTGTAGCGTCTGGCTCCTGGTGGCTGCAGGACTGCTTGGGGTTATCCTCTGATGGACGTTCCATCTGAGAGTGGCAGGATGGAGGACATTATCGGACGCCTGATCTTAGCTCTGCAGCAGTGCGGCTGCTCCGAGATCTGTCTGCTCAGAGTTGGGTCCTGTGTCCAGGGCTTTAAAGCTATAAAGTGAAGTCAAGCATTAAACAAAATGCAGATCACCTCAGTTCTTGCCAGACGCCGGTGTGCTGGGAATTACCGAATACACGAGGAGTTTTGTTTTACTCCAGGTACCTGGAGACGTGACCGCTTCCTGCAGTTCTTTTCAGTACGTGTCTCTTTAACGTTGTGTATTTGTGGAGTGCAAGTGGAATCGCACCCCGTGGATTGCCATGGCACAGCTGCACAGGGAGTGGGGGTCACCGTCCCTGGGGGTGTCCCAGAGCTGTGGGGATGTGGCACTGAGGGATGTGGGCAGTGGGCGTGGGGGGTGGGTGGGGTTGGATGAGGGTATCTTAGAGGTCTTCAACTGGAACGGTTCTGTGTTCCTGTTGTGTGATTCCCGCCTGCCTCTGTTGATTCAGTACCGTTCTTTTGCGGGATGGATTGGTGACACGATCCGGATTCAAAACAGTCCAACTCAGAAACGAAGTTGCATTCTTTCCCAACCCTTGCTGTAAATAAGTGAATGTTTGCAGAGGTGAGCAGATTTACAGGACTACAGCTAAAAAGAATACAAATAGTCTCGTGTGGACAAACTTAAAATGGGCGTTCAAAACACTACTGAGATACTAGCTGCAGATTTACAGCTAATCCGCATGGACTTGAAAATTTCTCTTTGTCTGTGAAGTAGCAGCATGAAGTTAATAATTACAGTATAATTAGACAAGAAGAAAGATGTGTCAAGTGAGGTAGGATTTCTGCCTCATTAGCTGTAGGAAATGAGAGATTCAGCGTGCAGAACTGATACTTGCCTTTTCTGAAGAGCTGTGTTTGCAGCTAAAGGTTTTGCTGGAGCTGCGTATGGTAACACAACGAGGTCAGGAGCTCAGCAGGTTGCAGTTCTAAGATAACCAAGATACCGATCTGCTGCCGTGTCGCTGTGAGTCGTGCTGAGTGTTTCGTGGTGGCATGTCCTCCCTCAGTGATGCTTTCTGTCTATGGCCACTCCTGGCTGTAACCACTGGAGTGAGACTCTGCAAACATGCTCTCTTCCAGTGTAGGATTTATTCTTCCCACCTGCTCGAGTGGGCTCAGGACATCAGTTCTCTCAGCAGTTCCTCAGCTATTGTGACCATCCCAAGAGCAGCACAGCAGACATTGCTCCCCTCCTGGCCGGTGCTGACTGGAGCAGCACCCCGCAGGTTTGACAGATAAATGTTGGGCTGACCGCAACGATTGTTTGCTGTGGTTCAAAGCCAGATTGCAGGGGTGCAGAAGGATATTTCAGTAGGAATTAATGGAGGGGAAGAACTGCCTTTGCTCGTGCAGCATCGAGGCCTTCTGCCTTGTCACCGTGGCCCAGCCCTGAGCTGCTCGCAGGCTGCTCCTTGCTGCGTGGGTCATGCCCATACGTTGCCTTCAGCGTGAGATTTGTCTCCCTTGTGCTCTTCCAGTTTTTGCCCCTATTCCAGTGAGTGTTGTGTCGCAGGCTGAGGTCAGTCAGCCACAGGGCTGAGGGAGGATGGAACGAAGAGAGATGACAGGACCCAACCTTCACCTTATTTTCACTTTTAAATAATGTACAGGGCAAGCAGCAGCCCTCCTGGGGCCTTCAGAGAATTGTAGAATCACAGAATGGCCTGAGTTGGAAAGGACCACAATGCTCATCAGTTCCAACCCCTTGCTATGTGCAGGGTCGCCAGCCACCTGACCAGGCTGCCCAGAGCCACATCCAGCCTTCATGCAGTGTCAAACTCTTGAAAAGCGATGTGTTTTTAACAGAGATCAGCTGTTGACGTCAGATCTTCTGAGAAATCCTTACGGAAATAAAACAACAGCAGGTACAGAGAATCAACAAGTAGATGGGCCACTTCTAGTTGTTTTTAAGGGTTACTTGGTCTTGAAAAAATGCCCCATGGTGTCCAACCGCCTGAAAATATCGTTAGGCACGTGAATATGTTTATGAACCTTCTTTGTATCTGACTGTCATGCTAGAGTAAGTGCAATTACAAGTTGGTCCTGGGACTTGGAGGGCTGAGTGAACAACTGTGTGCAATCTTGGTAGTTAACAGAGATGCAGTGATTTCAGGCAGTGCAGAAGGAGAAGGAAGTGTTTCCTTTCCTTTCTTTGCTCTGGGCAGCACTGCATTATTTCTGAGGACAGCTCTGACTGAAGGAGGAATGTCCTCTGGGTCCGTTTCAGCTGCTTACCAGGGAAATAGGAACGTGGCTATTATTATGCTTGCCTGTTTGGCTTTTTGGGCTGTCGGTGCAGTTTGACCATGGTGAAGTAACTACGTGGTAGATGGTTTTAAGAACCATATGTCATTGCAGAAGTGTTTGCTCGTACTCTCAGATGCCAAAGTGGAGGGAATTGAGATCTCTTAACTAGTTAAATCCATGTCGCCTGTGGTTAACCATCACTAGATAAGATCGTGGGCCCTCTCATGTGAATGCTAACATGTAATGGAGTGATGATACGATTCACATTTAAATTACTTTTCCTTGTGCTTTATTTTTTCTCTATTGTCTTTGGCTTTGGAGAGGAGCCGTCTGTGTTGTGAGGAATGTTATCAGTTTATTAAGTGGCTGCTTCTTACAATAATCTATTGTAGCTGGGAGGGCAATGATTGGCACTCAGTAATCTTACACGGTGCTGTTTTCCTGCATTGCTTCCATGTAAGAGGCCTTCGTGGTTGTGATAATGTGCTAAATCATGTGCCTGGACATATGCAAGATGGGACTTGAAACTTGGCAGTATGTACGCTTCTAAGTCAACACAGCTTAAAGGCAGGCACAGTGCATCGATTTAATTGTTGTTCCTGTTTCTTAGTTATTACAGAAGTGCAAAGTTCTGCCCTAATCTGAGCCTTAGTCCCAGCTGTCATCATACATCTTCAATTTTCACTCATGTTTATCAGCTAAAAGCAGTGCTTCAGCATTTGGGGTATGTCACCTAGCTTGTTGTGCTTTCATACTGATTATGTTACCAGAGAAATGAGTGTTTGTATGTATGTAGATGCATGTTAATATACACGAAGAATTGTTAAGAAGTGCATTGATAGTATTCAGCCGAATTGGGCAGGCAGATGAGTAGGTTGTCCTCCCATAGACCAGAGCTTGCTGCAGGATGGTTCTGCAGAACCAGGTTTTTAGAATGATCTCTGTAGGTGAGTTTCCAGTCTTTTGTGGAGCACAGTTCTTGTGTATATCCCTTTCAAGCAGGACATTTAGGTAAAGGATTTTGTTATGAGCACACTGAGCATTTAATTATTCCCCTAAAGCCATGGCCGGGACAGGAATTGTGTGAACTGTGGCAAGCATCTTTCATTTTTGTCTGTTTATTTGGCTATAGCTTGTTTGATCATTTCTTTATAGAACCACAGAATGGTTGGGTTGGAAGGGACCTCAGAGACCATGGAACCATGGATTGGTTGGGTTGGAAGGGACCTCAAAGGCCATAGGACCATGGAATGGTTGGGTTGGAAGGGACCTCAAAGGCCATAGAACCATGGATTGGTTGGGTTGGAAGGGACCTCAAAGGCCATAGAACCATGGAATGGTTGGGTTGGAAGGGACCTCAAAGGCCATAGAGCCATAGAACAATGTACCTCACAGCCCCCAGCCCCACCCCTGCCGTGGGTGGCTGCCCCCTGGCTCAGGCTGCTCAGGGTCCATCCATGGCCTTGGGTACCTCCAAGGATTGGGGAACCACAGCTCTGGGCAGTGCCAGGGCCTCACTGCCTCTGGGTAAAGAATTCCCTCCTTATATGTAATGTACATCTATTTGTGCTGGGA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Seq C2 exon
ATGGTATGGATGGAGTTCAGAGGAGGTGAACAAGAACGACCGAAGCAGAAGATACCTTTTGTAAGACAATCTTGGAAGGGCTAACTGTGAGGATCACAACCAAACTATAACCAAAGAGGGAGCACAGTGTGCTTTTTTCAAATAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000028759:ENSGALT00000045072:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]