GgaINT1020807 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000000972 | PBX3
Description
pre-B-cell leukemia transcription factor 3 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001025849]
Coordinates
chr17:9728781-9749423:+
Coord C1 exon
chr17:9728781-9728981
Coord A exon
chr17:9728982-9749402
Coord C2 exon
chr17:9749403-9749423
Length
20421 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGTCG
5' ss Score
-5.74
3' ss Seq
GGTGCGTAGATCGCACTGAGCAC
3' ss Score
-17.88
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGACGAGCAGTCCCGCATGCTGCAGACCCTGGCGGGCGTCAACCTGGCGGGGCACTCCGTGCAGGGGGGCATGGCCCTGCCGCCTCCCCACGGACACGACGGGGCCGACGGCGACGGCAGGAAGCAGGACATCGGGGACATCCTGCACCAGATCATGACCATCACCGACCAAAGCCTGGACGAGGCGCAAGCAAAGTTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CACTGCCTGCTCTTCCATAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000000972:ENSGALT00000001436:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.478 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF037928=PBC=PU(15.2=44.8)
A:
NA
C2:
PF037928=PBC=FE(3.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]