Special

GgaINT1023387 @ galGal4

Intron Retention

Gene
Description
RAS protein activator like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9874]
Coordinates
chr8:6511682-6533346:-
Coord C1 exon
chr8:6531889-6533346
Coord A exon
chr8:6511810-6531888
Coord C2 exon
chr8:6511682-6511809
Length
20079 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAATG
5' ss Score
9.43
3' ss Seq
TCCCCATTCTGTGTTCACAGATG
3' ss Score
10.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTGCCCTCTATCATGTTCTGTTGGCTGGAGGCTAATGCCTCAAGGCTTTCCCAACCTCTGCTTCAGTGCATGATGGATGAAGTCCCACCCACCCTCTGCTCTTTCTCCTCCCCTTTACTTATTTGCCTTTGGTGTATTTACACTCTCACTATATTAAGTTGCAGCATTCCTTCTCCATACTTCATTCCTTGCCTTTACTCTGTGAAGCTTCCAGCACCCAATTGTGATGACTCTGAGTATTTTACTCCTCTCTGAAAGGAAACTCTGGGGTGATGCGAGGTACTTGTGGTAAATATAAACCCTAAGGATTGCCTTTATGTTGTGTCTTGCTCTATTTGGTTTACATTACTACTTAACTGAAGAACATAATGTGCATGCTCCTCAGCAGAACATGGCAATTTTAACACATCTTGGAGACGTTGCTGGGACTCTAGAGCTATGACTCTACTTTCACATTCTTTTTTTTCCTTTGTTTAACCAAATCTTTAATGTCTACCCCAAAAAAAAGTGAAGTGTGATTGGTGCAGAGCACCACTGTGGGTTTTCATGGCTGAGCTCTTTTAGTCATTTCCTGAGAGCTCGGTGCAGAGCTGCGACAATGCAGGAAGCGGCAGCAGGCATAGCGAGGCTGAGCGTGTTGTTGGAGAGCGGCTTGCTGTAGGTGAGGGCTTGTCCTCCTTGCTGAGATGTAGGAATTGCTGGGATTGATGCTCAGGCTCTTCAGGAAGAACCTCTGCTGTTCTTCAGTCACGGCAGTGAAGATGGTGTGGGCATTAAAATGCTGAGCCAGGAACTACAGCTACGTGACTTCTGAGTGATGAGGGGTGCAAGTTAAAATCTGACATTCAAGAGCTGGAAGATGAGTGCTTTTAAAAAGTATTACAGTCTCTCTCCCAGGACCTTTAGGAGGTCTTTGTCGGAGCAAGATGCTGGCACCGCTGCCTTAAAGGACTATAATTGGTACCACCAAATGAGAAGCAAGAAGGGGAGCAAACAAACAGCTTTGGACCGAGAGAAAGCACTCGGAGCGTACAGGTGGCAAACACATCCCCGTCTTCCCTGGAGGACAAGCAGAAGAGCACACTCTTGGAGCCTCAGAGGGGAAGGTAATGATTCGAGTCTTGTCAAAAGTTCTGCAAGCATGGATGCTACCAGCGCCGACGATCTCCACCAAGACTCAACGGAGATGCTCTTCCAGGCAAGGACCAGATCACCGCGGGTTCCCTTCAACCGCTCCCTGTCTGAACCTGTGCCGCACTCTGCAAACAGGAATGCCAAGCCCTTTCTGCAGGCGGTGCGCTCTGTGGATTGTGAGCAGCACAGCTATTTTGTCCGTGGCATCTTCTCAACTCTCTCAAGTGGCTTTTCAAAGATAATAAATCGAAGGGGTGAGCAGCCCCCCACTGAGCCACTGGAGGAGTGGAAACCAGCCGGTAGTCAAATTGACCCGTGCCCAG
Seq A exon
GTAATGGACTCTGTTCTGTTTGTGTTACAGGTGTGTATAGATATTTTATGGGTTGTATCGTAGTTGTTTGAACCGGTTTGGAACTTTGCAGTTGTTAACGTAAGATTTGCAACCTTCTGTTGTTCTGCCTTAATTAAAAAAAAAAAAAAACTGGGGGGGGGGGGGGAAAGGGCCTTTCCTGATAGAGAAGTGGTGTGATGTTTTGGCATGCGCTTAAAAACGTGAAGGTCCCTTTAAAACAGATGTCTCTGGAGGAAGCAGAAGCATTTCTCTCCAAAATGAACTGCGCGTGTGGTGCAAACAGTCCTGTGAGCACAGCTGCCTCAGAGGGGCTGTTGTGCACTGATGGATATATCAAGCCTGCTACCGTAGATGAAGTACTAGGAAAAGAGAGAGAGAGAGAAATAAAGCAGTCTTTTAGCTAGTGTGCAAGGCAGTGGAATGGATCTAGTTCCTCGTACCAGATTCGCAGTTTTGCAGTCAATCAGCTAAATTGATGTCTGCTCTCTGTTAGATGCCAAGGACGGCAGTGTTACAGAGGTTTAGCCAGTTGGGATTGAGGTCAGCAAGATGCCAGTCTGAGATTCCATTTAAATCTGCCCTGCTGTTAACAACACCCATCAAGCCGGGGAAAAAAAAAATGGGAGAAAGGGAGAAATTTGCCTTCTGGTCTCTTGGTCTTTGGTGGACCTTTCTAGTAGGACACCCAGATCTGAGTGGCTGAGGAGGCGTTAGGGGGAGGGGAGCTAAGTTTGAATTTATAATTAAAAACCAACAGAAACCTTCCTTCTCTCCAAAACCTCAGTGCTTTCCAGAGCCCTTCAGATTATCATATTAAAACCTGGTAACATCTGGACCTACTTGAGACCGTTGGACAAGCCATCCCTATTCAAAACAACACAAAAAAATCAGCTTGCTGTTGTTATTATTTGTCCACACAGGTAGTGGGTCTGAGTGATGGTGGATTGTCACTTACAGGCTTATGTGTGCCACTGGGAGCAGCCTCAGTGGTTTAAAATGCAAAACAAGCAGCCATAGAGAAGCAGTGATGAAGAAGGACCATCTCCCTCAGCTTCCCAGGGTTTGTGGCTGCATATGTTCACTGCTTTGAATTCCTCCAAAACCTTGCTCAGGTGGAATTTGGCTTGACAGTACGTGTTAAATGGAGTGAAATACATGGGGGGGAAAAAATGAAGAGGCAGAGCTACTTTGTTTCTGAACACATCTTGTTAAGAAGTTGGTTTGGTTCCTGCTGTTGTTGAGACCTCCTGAGAAGCTGTTATTACTGCAGGCTGGTCTGTTGCTTTGGACAGTTGGTTTGGTCTCTGCCACCCTGTTTATGTCAGCTGGCTATTTTGGGAAGGTGTTCTATATGACACAAGCATTTTGGATTAAACATTTGCCATCTCTAAAGGGCAGAGCACGCTGTAGTTCCTTTTTCACACTGTTCTGGTGCTCTTTTGGAACAAGTGGTTCTCTAATAATTCCTAAATGCTGCTGGTCAGCTAGGTTGTTGGGGTGCTCATGGAAAGTAAAGGGCAGGAAAGGGTTATCTGTGAGAAGCCACCGCACTGTAAATATGTTGGTCACAGGATGAGGACGGAGCCTTTTGGCTTTCGGAGCCCAAATCCTCTGTCTGAGCTAACCCAAAGTGGTTTTACAGTGGGGCTCTCAGCTCAGGAACTGAGAAACAACAATGGGACTCGAGATTAAAAGTCAGGCTGTCTCAGGGGAGGAAGTCATAGCCAGGAAGGTGCTTGGGGAAACAAGGTGATGCTGTCGTCACCTGCAGTGCTGCCTGAAACAGGCCCTGCTCTCAGGAGGGTTGGCCTCTGTTCTTCAAGCAAACAGCAGCTGAGGTTTAAGAGAACTCGTTCACCCTGTAACACATGCTGCTGTGTGGGTTGTATAGTCATGGGACAGCTAACCCCTGTCACGGGCTGCATTCTTCCTGAAGGAAGCTCGAGTTAGTGGGGCCTGTGGGCTCAGCCGCCCTGAGGCCTGGTGGCAAACTGGGGAGCTCCAGGGGCTCAGGGATGGCTCTGAAGGGAGAACCTGAAGGCAGAAGCAGGGAGAGCAGTGTAACCTGTGTGCCATGTTCTTCACCTGCAGCCTGGGTGCTCACAAGTACTGAGCTCTTCTACCAAATACCACACAGGCTGAGTTCTATGGGGCAAATTGTCCTCGAGCAGCTGTGGTGCTTGGGTGGGCTGAAGGCGTCTTCCCATGCCTGCAGTCCTGTGTACTGTGAAAGGAAAAATGCAAGAAAACTGATGGCTTTCCTATGTGAGAGGCAGAATCTGGGAATCCTTGGGCTGACAAAACCTGCAGTCTGCCCAGACTTGTGACTTGCCATCAGATAGTGTGAGACATGGGGCTTCTCCAAAGCATGCAATCAGCTTAGCCTGGAAGAGCTCGATCAAAAGTCTCCCAGGAAACATGTTTGGACAGAATTTCTCCTTCTCAAGGAGAACCCTTCATGTGCTGTCGAATGCCCAGTCCGAGAGGCATGCTTTGGAGTTGAACCAGAAGAACCTGGAGGCATGCTTTCTGTCCAAGCCCTTTAATTACTCACTTCATTACAGGCATTTCTACTTTCCTCTGAAATAGTTACAGATTATCAACTCTTTAAAAAAAATAAAAAGCTTCCTTTTGAAGCGTGCCTGTCCTCTTGCATCCTGCTTTAGCTCTGTGCCAGAACTGCAGGGGCTGGGACCTCTGCATGGCTTTGGGTAGCAGCTGCTTTGCTTCTGACCTCCGTAAACCTGGGGAATAGCAGCTCCCGAAAGGGGACCAGTTGCTTTTTTGGCAGCTTGAGCAGGGAAGTGGGATTAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAATCTGGATAAATATTTTCCACTTGGTCTCACAGTCTAGGAAGCGTGTTCAGACACTGCTTCATCTCTTCTTGGCTGCACATTCCCCTCCTGGGGAATGAAAGGATGCTGAACCTGGGGAGAGCTGCTCCTCAGAGCTTTGCTGTGGCATAGGGAGCCCTGCTGCCCATCTTGTAGAAACTGTGTAGGGAAGGAGCTACACAGACAGCTCAGAGCCTTGGACCTGAGGGTTGTCAGTGAGCTGCTGCTCTTTATTTTATTCCTGTGTATTGCCAATGACCCTTTAATGACCCTAGATGCTGTTAAGAGTGGATTTGTGAGCAACTTCACAGATAACATTTATTTCAACGTTCCTTCTTATCTGAATCTTAGGGCAGTGCAAGTTTAATTGGAGGTTGATGACAAAATGATTCCTCAGTAGAATCAATTATCTGTATCTCAGCTTGCGGGAGGGAGAGAGTAAACACTGGTTTCTTGTATTTGATGTGCGTTTGGCTGCCCATGGGCGCTCTATTGTTCAGATTTTTATAATGGCACTTCCTGCAGAATTATTTCCTTCACTTTTTGCACTTGCATGATGATGTGTTTCTTCAGTCTTATCGCTTTGACGTCATGCTTTGATTCATTTTAGGGGTGTTCTTGTGCCTCGAGTCAGAGCGTAGTCCATATCCTTGCCTTTCTGCAATTGTGAGTTATAAAAAAAGAACAAGAGTTACTCAAGCTTGGTGCTCTTTGTTAATATCTCTACAGTCCAGAGTCATTAAATTCTATGTTTTTATCTTTCCTTATAAACTGATTTAGAGAGAACCTGTATTTTCACGCTTGTAACTTGGTTTAAAGCCAAGCTGTTCCATTTCAGCAGTGATTCCCAAAATGCAAAGCTACATGAAATGGGAATTCAGTATTTATTGCTCACTGGGGCAGCTTTTCTGTTTGCAAGTTTTTAGAAGCACTTTCTCATTTTAGAAGTGCTTCTACTGACTCATATGCCTCCACCTCTGAATGTCATTCTCTATTAAGTAGTTTATTTTGGTGGGGATTTTATTAGGGACCTTTTACACAATTAAGCTTATGCTGTAATACGTCCATTTAAGTGCCGTGTAAATGTCAGTTTATCTGTGTTCCCATGTGTTTTGTTGCGTGGTTTAGTCTTAACGTCTAAAGTCATTAACCATTAATTGGCAGAAGAGATTCAGAACATCACAGGGGGGCGAGGCACACAAGGGAGCATTCCTGGCACTTTGCAGCTTTGAACACTACTTCTCCACTGTTCCCAAGTGGTTTTGATCTCGACCCAAGCCTGGTTCATCGCGAGCACGGCATCGTTTACTGTGGGTGATAGGCTAATGCTGTGCAGATGAATGTTCGTGGTCACAACGGAAAATAATTAGCAGCGATATCTGAGGCTAATAGAATTTCTCATCTGGTGCTAATTATGCTTAACAAAGGGTGTCTCTAAGCAGGTAGCTGTGCTCATTTCAGCTTGGACTGTTGATTTTTTTCATTCTTCTTAATGCCAGACCATTTTTTCTGAAGCCAAAACTTAACGTCCACCAGGATGAATGAGGACATTTGTATTTGTGGGAGCTATTTTCTGACTCATGAAATCATGACGGGGGAATGGCAGAGTCTCACATTCCAGGTTGCTTTTTGTTGCTTTTGTGGTCTGTGTCTGTGGGACTGCCAGGATGTTGTAGGTTTTGTGCAGAGCAGGCTGACAGCTGGCGCTTGCAGTATTATCTCAGATTGCCTTGATAATCAGAAATTATCGCATGGGAATTAATTATCTGTGGAAAGGGTAATTGTGTCCTAGAGACATCTAGTCCTCTGCATTTCCTTTTCAGGGAGGTAGGGCTTGCTTGCTTAGAAGCAGTCAAGGAGTGATAGTATGGGGATTAGGAGAAAGAGCTCTCAGTGAAGTTAAGGGTTTGGTGGGAGAAGCTTTTCCTTTGATAACAGGACAGACAGGGCCTTGAGGACGCGGCTGGAAGAGGAAGAACTCTGCTTTCCAGAGGAGGAGTTGTCTGGAGAGCAGTTGGGGTTGGAATCTTCAGCAAAACTTTGTTTCACCCACTGATTCTCTGGGAAGAGAAACGCCGGCCTGGGGCAGGAACAGCTCGCAGGTCAGCACCCACCCCAGCCCCAGCAG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GCTGCAGAGCCACGGAGCTGAAGGAGGGCAGCTAATGAGACAGGCTAATGATGCTAGGATCCCCATTCTGTGTTCACAG
Seq C2 exon
ATGTAAAAGGACCACCTACGCACAGGCTGTCCTGCGGCCAGTCCCCCTACACCGAGACGACAACATGGGAGAGGAAGTACTGCATCCTGACTGACAGCCAGCTGGTGCTGCTCAACAGGGAGAAGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000004323:ENSGALT00000006891:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.485 A=NA C2=0.488
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0016924=PH=PU(12.9=67.4)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]