GgaINT1028760 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000010538 | TTC27
Description
tetratricopeptide repeat protein 27 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012585]
Coordinates
chr3:30770959-30791639:-
Coord C1 exon
chr3:30791573-30791639
Coord A exon
chr3:30771073-30791572
Coord C2 exon
chr3:30770959-30771072
Length
20500 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
AACGACTATTTTCTCTACAGTGT
3' ss Score
7.29
Exon sequences
Seq C1 exon
TATAGACTTCCAAAAGAACAATCCAATACACAAATTAACTGAAGAGGAACTTTTGGCTTTTACTTCA
Seq A exon
GTAAGTAACTTATCTGAAGCTTTCTACTAAACATGTTTTCATTGCTTACTAAGTTACGTACCAAGCAGTAATTTGACCATCACATTAATCATGAAACCATGAAGCAAATTTGTTTTAGTATTCAATTGTTTTGATTTTGTTTTTCTTCTTTCAAGAATCTAAAGAGGTGTTAAAGTTCTACTCCATTTTGAGTCATCCTCTCATAGGGCAAGACTGACATCTCAAAACTTGATCTCTTCCTTTAACAGTGTTTTGTAAGGGGAGTTCAAAAGAAGCTGTAGATTTCTTCTACTAGATTTATTCACTTTAAGAATCAAATGTTTCACACAAACATATTTCTTCCCAGATCAATGGCTAATTTGCCTGTTGCTGCAGAACAATTCTGTAACTTCCAAAGAAGACTTGAGATTTCTAGCTCCCTATTTTTAAAATGTATTTTTTTGGGTCAAGACAAAATACAGTGTGCCTTCTTTCTCCATGTCTTCCATTTTTCTGGATTTTTCAACAGCAATTTAATTGAGAGACAGAGGGAAAAAGGCTAGTAATTTTATTGCTGTTGTTTGCTTTCTTTGTGCTGTGTTAGACTTCAGCTTTTGTACAACATATGGTGCTTGTCCTATCCAGATCTTGAAGTCTTATACTTTTTTCCACAGAAGTGCCATCTGAAAAAGTAAGTTCTTGTTAGAGTTGGCAAGTAGGATCTCAACAAAAATCCAATAGATTTCAATTGAGTTAGAATTTTATCACTAGAAATTGTAGTTATTTTAGTGGCCTTAATCCTTTTATATAAGTTTAACCATGTTACTGTTTTTGTGGTCCTACAATTAAGTCTGAAATAAATCCTATCTTTTTATTAGGTTGATTTTTTAAATTAATGCTCGTTTAGGGGTGCGCATACTAATATAGAACATGTAAAATCAGAATGAGGAAACAAAGTGGATGTAAACAGTTTGGCTTGTATTATTTCACTATTTTTTCCTACGATAATTATGATGTTTGCTGATCATATCCTTATACTTTCTGATATGTTTTATTTTTAAACCATTTTGTTTTACTTTCTAGAAAGATGAAAATAGCTGGAAAAAATTAGATAAGGAAATGCACAGAAAAGACTGCGAGTGAAGAAAACTGGTTAACCTATGATTGCAAATTTTTGAAAAAATTGAAACAGTTTTTTTTTTTTACAAAAATAAGGTTGTACGGATGCATACGTTTTCCAAATGTGCGTATTATTTTGTTAAGAAAATCCTTGCTGATTTCTCTTTTATTAATATATGGTTTTAGTTGAGGGTCAGTCATACGTGAAAACTGAGAATTTTACTTCTGACTCTTTATTTCCTGCCAAACTCTCTAGAGTTATTATATATTCTCTGCTTCATTCTTCGCACTACGTAACTGCCTAACTCTTGAGTAGAAAAGTGGCCACGAAACACTTAAGTACTAAATTAACTTCTCCACATAATCTATCCTTTTAATGGTAAATGGGGTGTTACTTAACACTTGAGTTTTCAAACTTTTAAAACACTCTTCAGGTTTTACAGCAGAGGAGAGAAGTCAAGGTAGCACGTTGGTAAAGGTAATCAGCTTTACTCAGATCTTTTATCTGACATTGAGGCATCATATTACCTGACTTCTGAGATATAGGAGATTTGTTGGGTGCATTAGCCATAATAAGAAAATTAAACTGCATTTTTCTGCCATCTAGTGGCTGATTACTCAAAAATCATGATAGCTGATGAATTAATTCCTTTAATAATTACTGCAGTCAGGACAGATCTACAGAGCTGCATAGGTGAGAAATATTTGTAGGTCTTCCTATCAGTTTGTGTTCTGACCAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACAACCCACAAACAACAAAAAAACCCCAACAACACAAAAAAAACCACAGGATATGTAAAAAAATAAATAAACAAGAATGTAGATCTCTAATAGCACAGAATTCGGTGTAGAGCAGTGACATAAAGATGTAGCTAGTAACTGAAAAAAATTAGGGTTAATAATCAACTTCAGTGTTAGGTTAATGTTCTTTTAAACTTGTGCTTAAAGTTTGCTCATTATCTAGCTGTAGCAACGCAATTCAACTTTAAGTTTTCTCTTTATCTGGTCTGTGCTACTAAATACAAATAGGCTGTGTGAATTCTAACGCTGTTACACCAAATCTTTCCTGTAAACTGAAATCAGATATGGCCTTATTAAGTTCTTTTTTATAATGGCATGTATATGAATGTTAACACAAGCTTGGTTGTTATGGTGTCTGCTAGCTGAATAAGTAAGTGCCACTGAAATATTATTTAAGGTATTTTTCAAGCTTTGATATTACCTAGTGAAATAGGCAAACAAGCCCTATATCAGTGCTGCCCACAGTAATTTCTTTAGCATCATTTAAGCTGCTGTGTGTGTGCGTGTGTGAGCAGGCATCTTCTCAGCCTACATGTGGATTCCTAAATCTGCAGGCTGGTTAGATGGTTGTCATGCATTCATCTGATAACTGCTGAATTTTATCTTTCCTGAAGAAAGGAGGACATTTCAAGATAACTTAGGAGTCTTGAGAAATTTCAAGACGCTTACAACAGATCAGTGGATCATCAGGAGTTCATGTTACTTTGGATACTGCAAAACAAATGCATGTGATCTGCAGACTCTTTCTAGCAGAGAGATTTAATTTCCAGGTAGCATGAGGGGGAAAGGATAATAAAAGTGAATTCTAGATGGTATAGTCCTACCTCATATTAAGTGTAGTTAAGCAAGCAGACATTCTGAACTCCCTTTTATATCAGCACCAGTTGAAAATGACTAGATCCTTAAAGATATATATGTATTTTAAACTACATAAAGACCTAAAAGTAGCACTATTGAGAGCTGCTTGGTGACTGCAGTCAAATGCAAAAGGATGATGTTGATGCAGTTCATTTATTGAAGTCACTTGGGAACTTTGTCCTAAAGTAGTGACTTCTGTAACTAAGAATTACTATTGCTAACTTTTACAGTGAGGTATGGGGGTGTGTCAAATCCTGTTTACTTCTATACGTAAACTCTTTTGCTGGGATAGCTCCTTTTAGTTAAATAATTTGAACTTCAGTGCTTGAGGTGTTCTAGTCAAATCTGTTCACCACTCATCAGCTTAATATTTTAGCTTTAAGCCATTAAGCTATGTCTGTATTAGTTAAATTTGGTTTGTTTTTTCAGCTTAAATTGTTAATTTGATATCTTTACAAGAGAAGAAATTGAGCTCTCACGTACTTAAGAATAAACACAATTAAATGTCTGATTTTAAAGAGAATTACTATTCTCATATTTAAGGGTTTAGGGAAAGATTTATAATGATTTCAATGAATTAAGATAATTAAGATAACACACTTGACTTTCAAAAAAGCAAAAATTGTATTTAGAGATCAAATACTGCACAAAAGCTGACTCGACACAGTTTTGCTTATTATGCTCGGCAAAATTTGTTTAGCTTACTGAATATTGCGTTGAAAAGCCATTTTCAAGAAAGGAAAAGAAAAACACTATCTCAGTTCTGAAACCCAGTGATTCTCTGTTAAATTTACTGATGTTTTACTTATGGTATCCCTTTTTTTTCCTCAGAGACTTCTGTGTAGGAAATGGGAAGTGTCTGATTCTAATAATCAAAGAAATAATAAAAAAACTACGTTTTCTCATTTAGGTTTTCTAGCTTAGTTTACTCCCAGAACTCTGGGAATGCTGGGAAGGAATAACTACTAGGTGGTGTTGCTTTTTTTTCTTACAAAGGAGAAGAGTGTTCAAAAACAAACAAACAAAAACCCCAATGTTTAAGACTGTACTCTACAACACAAGTTCTTAAAGCTTATACCGCGGCTCATAGTTTACATACTGGAGAAGCAGTTTAGTGTTTCATCATCTGATAGAACACTCCAGCAGAACATCCATGATTAACGAGCTGCAGCTGGTCCTTAACATTACCATTGTCATCTGTCCTGGACCTTGCCTTGTCCAGGGGTGATGAGCTGTGTGGTAAATGTGAAGTGTGCTTAGCCCATTGTATGAGAATATGGCTTTTTTTCTCTTTTTAGTGTGTTATGCTCAAGTGATTTGGTGTGGCAGCAGCATGTTCAACTATAGGGGACAGAGGAGGAAAAGCAAGAAAAAGCTGAGAAACAGAAGGCTCTTGCACTATGCTTCTCGCATCTTAGCCCCGTATTTGTATTCTTTATACAAGATGAGAAGGGAAAGAATGGGGATCATGGGAAACTTAATTGTGTTATGTTATTCTTCTGAGATTTCTATCATTTATGAAGAGTAGAGTACTGGGTTTCTTTTTAATATGATGAAGACTGGTCAGAGGAAGTTCTGACAGCCCTTCTGTCTTTTTTGCAACAGGCAAGGATGTCTTTCTTAAAGAGAAAAAAAAATAGTGTAATAGTTTTTATTTCACTCAGAGAACGTAAATTAACAAAAATAGCTGAACGTTCTATAATTACTCCTTTAATGCCATAAAGAATATGAGTGTCTGATTAAGGACCTGGAGAACGTGGAGTAATCCGTCAAAATGCAAGGAGTGCAGTGTTTCCAAAGATGGGCCAGAGGGAAATACTTAATTTCCTTTGTTTTTCCACTGTGTTGAGCAACTAATTCCGTAAGAAATGCCTTTTTTTTTTAAACTAAGAAATTTGAAACAGATGGATTTTTTTCAAAGGTGGGTATTTGAGTGGAATAGAAACTAATGGTGTATGGTAACTTTGAAAATCACGGATAAGAATAATAGTGCACACTTATGTGTGTACATATGTGAATATTTTTTCTGCTTTTCACTAAGAAAGGAGTTTTGGGAGGAGAGGTTGGAAATGGAAGTGCTTTGTTTGTGTCATCTTTTGTATTGCATTTGCAATATTAACGTGGAGCTAGGGAGCAATCAAATCACAGCACATGAGATTTTTAATGTTAAGTCTTCCTATTAAAATCTCTATAAAACTAACATACCAATTTGGTTTCTAAAGAGAA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Seq C2 exon
TGTTTGCTCTCTCAACCGAAGTTCTGGGCCATTCAAACTTCAGCCTTACTTCTTCGGACCAAGCTTGAGAAAGGAAGCACTCGTAGAATGGAACGAGCAATGAAGCAGACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000010538:ENSGALT00000017153:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.053
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]