Special

HsaINT0003008 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10522]
Coordinates
chr16:20769984-20776049:+
Coord C1 exon
chr16:20769984-20770253
Coord A exon
chr16:20770254-20775838
Coord C2 exon
chr16:20775839-20776049
Length
5585 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
ACTGGTTTTTCTTTCCTCAGGCT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAACTGGTCTCTGTGCAAATCCTGAGTGCTAAAGCTTCCAACAAGACTGATGCTAGCTCGTGTCACCAGGAAGATGCTACGTCATGCCAAGTGTTTTCAGCGCCTAGCAATTTTTGGTTCTGTGAGGGCACTGCATAAAGATAATAGAACAGCAACCCCTCAGAATTTCTCCAACTATGAATCCATGAAACAGGACTTCAAACTGGGGATTCCAGAGTATTTCAACTTTGCTAAAGATGTCCTGGACCAATGGACTGATAAGGAAAAG
Seq A exon
GTATGGGGGGAGGGCCAGTCAGACCACAATTTCTCAACTGGGAGTGATTTTACCCCTAGGTAACATCTCTAATGTCTAGAAATATTTTTGTTGCCATGATAGGGGCAGAGGCAGTTGCTACTGGCATCTAACAGGTAAAAGCCAGGGATTCTGCTAAATATCCCATAATGCACAGGGCAGCCTCCAGAACAAAGAATTATTTGACCCGAAATGTCAATAGTTCCATGGTTAGTTGAGAGACCCTGTATTACATAAATGTAGAATTCTAGGTTGACTTAAAAAAAAAAAAGGAGAAGAGTGAAAAGTAATTCCAAGAGTCAGAAATGGTAGAAAAGGAGGCACAGATAAATCTTTGGGGAAAATGTAAAGGATGCAAGAATTCTCACTTATTGGAAAGAAAAATGATCAGGCTAAATGGGAAATGATTTGGGCCAAAAGAAATGACATGGCTTCCAACGTCTAGAAATAAGGACCCCAAAGTTATTATTTTTCCTGTTATGTTTAGTTATGTAATAACTATACATAGTTATGGGGTACAAAGATATTTTTGATACATGTATAAAATGTGTAGTGATCAAATGAGGGTAATTAGGCTACCCATCATCCCAAACATGCATCATTTCTTTGTGCTGGGAGCATTCAAAATCCTCTCTCCTAGCTTTTTGAACATACTCAATATATTATTCTTAACTGTTTTCACTCTACAGTGCTATAGAACACTAGAACTTATTCCATCCATCTAGCTATAATTTTGCATCCATTAACCAACCTCTTTCTATGCTCCTCTCCCCACTACCGTTCCTAGCCTCTAATAGCCACAATTCCACTCCCTACTTCTATGAGCTCTTTTCAGGCTGGAGTGCGGTGGTGTGATCTCAGCCCACTGCAACCTCCGCCTCATGAGTTCAAGCAATTCTTGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCCGGGACTACAGGCACCTGCCACCATGCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGACCTTGAACTCCTGGTCTCAAGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGCACTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCCACCACGCCAGGCCGAGCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGACAGGGTCTTACTTTGTTGCCCAGGCTGAAGTTCAGTGAAGCTCATTTTTTTAAGCTCCCACATATGAGTAAGAACATGTGGCATTTATCTTTCCGTGTCTGACTTATTTCACTTAACATAATGTCCTCCAAGTTCATACATGTTGCCACAAATAACAGAATTTCATTCTTTTTTATGGCTGAATAGTATTGCACTGTGTATATATACCACATTTTCTTTATCCATTCATCTCTTGATAGACATTTAGGTTGATTCCATATCTTGGCTATTATGTACAGTGCTGCAATAAACATGGCAGTGCAGATATCTCTTCAATAGACTGATTTCCTTTCCTTTGAAAAAATACCCAGTGGTGAGACTGCTAAATCATATGGTAGTTTTATTTTTAGTTTTTTGAGAGGCCCTTATATTGTTTTCTGCAATGGCTGTACTAATTTATATTCTCACCAATAGTGTTTCAGAGTTCCCTTTTCTCCACATCCTCTCAAGCATTTGTTATCTTTTGTCTTTTTGACAATAGCCATTCTAACTGGGGTAAGATCATATCTCATCATGGTTTTGATTTGAATTATCCTGATGATTAATGATGTTGAGCATTTTTTCATATACTTGCTGCCAATTAGTATGTCTTTTGAGAAATGTCTATTCAGATTCTATGTCCATTTTTTAATTGAATTATTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCTGTTGGGTTATTTGCATTCCCTGTATATTCTGGATATTAATTCCTTGTCAGGTGAATAGTTCACAAATATTTTCTCCCATTCTACATCTTGTCTCTTCTCTCTGTTGATTGCTTCCTTTACTGTCCAGAAGCTTTTTAGCTTTGTATAGTCCCATTTGTCTGTTTTTGGTTTTGTTGCCTGTGTTTTCATATCCTTATCCCTAAAATATTTGCCTAGGGGAGTCTCAGAGCCTACTCTGGCTCAGGATCTGCCCAATTTTATTAAATTTATTATAAAATTTAAAAAATTTTAAAAATTAAAATTAAAATAAAAAATAAAACATTTGCCTTGATCAATGACTTGAAGCATTTACACTATATTTTCTTCGGTTGTTTTATAGTTTTGAGTCTTACATTTAAGTCTATAATCCAGTTCGAGTTGATTTTTGTATATGGTGAGAGAGAGGGCTCTAGTCTTAGTCTACCACATATGATTACCACTTTTCCTCGGACCATGTACTGAAGAGGATATCCTTTCCTCAGTGTATGTTCTTGGCACCTTTGTTGAAAATCTGTTGAATGTAAATGTGTGGGTTTAGTTCTGGGTTATCTATTCTGTTTCATTGGTCTATGCATCTGTTTTTATGCCAATACCATGCTGTTTTGGTTACTATAGCTCTGTAGTATGATTTGAAGTTAGGAAGTGTGGTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTAGGGAGGCTAAGGGAGGAGAATCACTTTAATCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAACTGAGATCACACCATTGCACTCCAGCCTAGGTGACAAGAGTGAGACTCCCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGATTTAGTGTTAGTTCTTATGGTAGAATTCAGCAGTAAAACCATCCAATTCTGGGCTTTTTTTATTACTGATTCAATCTCATTACATATTATTGGTCTATTCAGGTTTTCTATCTTGGTAGGTTATGTGTGTCCAGGAATTTATCCATTTCCTCTATGTTTTCCAATTTGTTGGCATATAGTTGTTCATAAGAGTCTTTAATGATCTTTTGTATTTCTGTGGTACAGTTGTAATGTCTCCTTTTTCATTTCTGATTTTATTTATTTGGGTCTTCTCTTTTTTTCTTAATCTAGCTAAAGATTTGTCTATTTTGTTTTTCCTCAAAAAATTTTGTTTTGTTGATCTTTTATAATTTTGCCTCAATTTCATTTATTTCTGCTCTGATCTTTATTATTTCTTTCTTTCTACTAATTTTGGATTTAGTTTGTTCTTGCTTTTCTGGTTCCTTGAGGTGCATTCTTAGATTGTTTATTTGAAATCTTTCTGCTTGTTTGATATAGGTGTTTATGGCTATAAACTTCCCTTCTTAACACTGTGTTTGCTTTATTTCATTGATTTTGATATATTATGCTTCCATTTTCATTATTTTCAAGACATTTTTTGCTTTCCTTCTCAATTTCATCATTGACTCACTGGTCATTCAGGAGCATGTTGTTTAATTTCCATGTATTTGTACAGTTTTCCAAAGTTCCTCTTGTTACTGATTTCTAGTTTTATTCCATTGTGGTCTAAGAACATACCTGGTATGATTTCAATTTTTAAGAATTTGTTGAAATTTGTTTTGTGCCCTAACATATGGTCTATTCTGGAGAATGTGCCATGTGCTGATGAGAAGAAGAATGTGTATTCTGTAGCTGTTGGATAAAATGTTGTGTAAATATCTGCGAGGTCCATTTGGTCCAAAGTGCAGTATAAATCCAATGTTTCTTTGTTAATTTTCTGTCTAGATGATCCGTCTAATGCTGAGGGTAGAGTGTTAAAGTCCTGAACATTGTTGTATTGGAGTCTATCTGTTTACATCTAATGATATTTGCTTTATATATCCAGGTGCACTGATGTTGGGTGCGTATATATTTACAATTGTTATATCCTCTTGCTGAATTGATCTATTTATCATTATATAATGACCTTCTTTGCCTCTTTTTATGTTTTCTGACTTAAAGTCTATTTCATGTGATATAAGCATAGCTATTCCTGCACACTTTTGGTTTCTATTTGTTTGAAATATTATTTTCCATCTCTTCATTTTCTGTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGCGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAAGGTGCACGCTATCATGCCCAGCTAATGTTTGTATTTTTTATAGAGACGGGGTTTCCCCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATTTCTTGACTTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCTGGCCCTATCTATGTGTATCTTTACAGGTGAAGTGAGTTTCTTGTAGGCAGCCTATAGTTGGGTCTTGTTTTTTATCCATTTAGTCAGTCCATACAGTCCATATCTTTTAACTGGGGAATTTAAACTGTTTACATTCAAGATTGTTATTGATAGGTGTTATTTTGTTCATCATAAGGGTGCCAGCAGTGGCTCCAGTGGGTCCCAGGCAGGCTGATCCTCAGGCTCCCAGGAAGTGTGCATGGGCACTGGCAGTAGCAGTGGTAAGCCTCAAGTGAGTCAGACCTCAGGTCCTTTGGCAGTGCACATGGGTACTTGTAGTAGTGGCAGCCTGAATGGGCCAGTCCTTGGGTCCGCAGATGGCAATGCAGGCACAAAGCGGCTCTGCCACTAGAGGGGGCAAGATCATGTTCATGGCAGCAGGCTCAGGAAGGCAGCTCTCAGGCTCTGGGGAGTGTGCTTTAGTGCCTTATGTCCTGGGGCAGCCTCTCTTGATGTGCTGGACTCCCTGTTACCTGGGGTGTAGAGTGCTGTGTGTAGGCTCGGGTGCCAGTGGCCTGGCTCTATCACTGGATCCACCTGGTGTTGGAATGCTGCAGCCCTCTACGGGAACGTGTGGGGATGTCAGCAAGGCCCCAGGGATGTGGAGATGCAGGGGCAATTGGCCCCAGGGCAAGATGTAGTATGGTAGTAGCTCTGTTCCTAAAATGATGCCATGCTATAGCAGCTCGGGTCCTGGGGTTTGTTGCAGGAGGACCTAGTATGAACTTCCTCTCTGGAACAATGTTATACTATACTAGTATACTATACTATACAGCGTTTACTAGGCTCAGGGCATGTGAGGGCTGAGGGGCTCTCCTGTAGGTGGGACTTCAGGCATCTGTGATGGGAATGTGTACTGCTGAGGATCTTCCACTTACATTTTCCTCAAAATAGGGAGTCCCTCTGGGCTCTGTGCTGATCCTGGCCAGCTGCTCTTCTTCCCTCTCTATGCTTTCATCTCTAGTTTTCAGGTCTCAGAGAGTTTTGTCACTTCCTTGCTAAATTCCAGTGTTCTCCCTTTGACACTCTATTTGTCATGTTATCTGCTTACTGTCTTGGTACTTCTGGTAGGAGGTGAGTACTGGGCATCTCTAGTCATCCATCTTGATGATGTCTCCCCCAGAGTTATTTCCAAATTCTCCATCCATGTTCTAACTAATGACTTGCGAACTTTCTTCAGCTAATCTATTCCATTGAGTCAGTTGGCCCAGAATTTAGCTGTATAACAACCTTTAAATCAATGACTGGTTTTTCTTTCCTCAG
Seq C2 exon
GCTGGAAAGAAACCTTCAAATCCAGCCTTCTGGTGGATCAACAGAAATGGAGAAGAGATGCGATGGAGTTTTGAGGAACTGGGATCTCTGTCCAGAAAATTTGCCAATATACTTTCAGAAGCCTGTTCCCTACAAAGAGGAGATCGGGTAATTCTGATTCTGCCCAGGGTCCCAGAGTGGTGGCTTGCAAATGTGGCCTGTCTGCGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000005187:ENST00000289416:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.047 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(0.5=2.7)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(16.9=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development