HsaINT0003008 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000005187 | ACSM3
Description
acyl-CoA synthetase medium-chain family member 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10522]
Coordinates
chr16:20769984-20776049:+
Coord C1 exon
chr16:20769984-20770253
Coord A exon
chr16:20770254-20775838
Coord C2 exon
chr16:20775839-20776049
Length
5585 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGG
5' ss Score
9.26
3' ss Seq
ACTGGTTTTTCTTTCCTCAGGCT
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAACTGGTCTCTGTGCAAATCCTGAGTGCTAAAGCTTCCAACAAGACTGATGCTAGCTCGTGTCACCAGGAAGATGCTACGTCATGCCAAGTGTTTTCAGCGCCTAGCAATTTTTGGTTCTGTGAGGGCACTGCATAAAGATAATAGAACAGCAACCCCTCAGAATTTCTCCAACTATGAATCCATGAAACAGGACTTCAAACTGGGGATTCCAGAGTATTTCAACTTTGCTAAAGATGTCCTGGACCAATGGACTGATAAGGAAAAG
Seq A exon
GTATGGGGGGAGGGCCAGTCAGACCACAATTTCTCAACTGGGAGTGATTTTACCCCTAGGTAACATCTCTAATGTCTAGAAATATTTTTGTTGCCATGATAGGGGCAGAGGCAGTTGCTACTGGCATCTAACAGGTAAAAGCCAGGGATTCTGCTAAATATCCCATAATGCACAGGGCAGCCTCCAGAACAAAGAATTATTTGACCCGAAATGTCAATAGTTCCATGGTTAGTTGAGAGACCCTGTATTACATAAATGTAGAATTCTAGGTTGACTTAAAAAAAAAAAAGGAGAAGAGTGAAAAGTAATTCCAAGAGTCAGAAATGGTAGAAAAGGAGGCACAGATAAATCTTTGGGGAAAATGTAAAGGATGCAAGAATTCTCACTTATTGGAAAGAAAAATGATCAGGCTAAATGGGAAATGATTTGGGCCAAAAGAAATGACATGGCTTCCAACGTCTAGAAATAAGGACCCCAAAGTTATTATTTTTCCTGTTATGTTTAGTTATGTAATAACTATACATAGTTATGGGGTACAAAGATATTTTTGATACATGTATAAAATGTGTAGTGATCAAATGAGGGTAATTAGGCTACCCATCATCCCAAACATGCATCATTTCTTTGTGCTGGGAGCATTCAAAATCCTCTCTCCTAGCTTTTTGAACATACTCAATATATTATTCTTAACTGTTTTCACTCTACAGTGCTATAGAACACTAGAACTTATTCCATCCATCTAGCTATAATTTTGCATCCATTAACCAACCTCTTTCTATGCTCCTCTCCCCACTACCGTTCCTAGCCTCTAATAGCCACAATTCCACTCCCTACTTCTATGAGCTCTTTTCAGGCTGGAGTGCGGTGGTGTGATCTCAGCCCACTGCAACCTCCGCCTCATGAGTTCAAGCAATTCTTGTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCCGGGACTACAGGCACCTGCCACCATGCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGACCTTGAACTCCTGGTCTCAAGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGCACTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCCACCACGCCAGGCCGAGCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGAGACAGGGTCTTACTTTGTTGCCCAGGCTGAAGTTCAGTGAAGCTCATTTTTTTAAGCTCCCACATATGAGTAAGAACATGTGGCATTTATCTTTCCGTGTCTGACTTATTTCACTTAACATAATGTCCTCCAAGTTCATACATGTTGCCACAAATAACAGAATTTCATTCTTTTTTATGGCTGAATAGTATTGCACTGTGTATATATACCACATTTTCTTTATCCATTCATCTCTTGATAGACATTTAGGTTGATTCCATATCTTGGCTATTATGTACAGTGCTGCAATAAACATGGCAGTGCAGATATCTCTTCAATAGACTGATTTCCTTTCCTTTGAAAAAATACCCAGTGGTGAGACTGCTAAATCATATGGTAGTTTTATTTTTAGTTTTTTGAGAGGCCCTTATATTGTTTTCTGCAATGGCTGTACTAATTTATATTCTCACCAATAGTGTTTCAGAGTTCCCTTTTCTCCACATCCTCTCAAGCATTTGTTATCTTTTGTCTTTTTGACAATAGCCATTCTAACTGGGGTAAGATCATATCTCATCATGGTTTTGATTTGAATTATCCTGATGATTAATGATGTTGAGCATTTTTTCATATACTTGCTGCCAATTAGTATGTCTTTTGAGAAATGTCTATTCAGATTCTATGTCCATTTTTTAATTGAATTATTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGCTGTTGGGTTATTTGCATTCCCTGTATATTCTGGATATTAATTCCTTGTCAGGTGAATAGTTCACAAATATTTTCTCCCATTCTACATCTTGTCTCTTCTCTCTGTTGATTGCTTCCTTTACTGTCCAGAAGCTTTTTAGCTTTGTATAGTCCCATTTGTCTGTTTTTGGTTTTGTTGCCTGTGTTTTCATATCCTTATCCCTAAAATATTTGCCTAGGGGAGTCTCAGAGCCTACTCTGGCTCAGGATCTGCCCAATTTTATTAAATTTATTATAAAATTTAAAAAATTTTAAAAATTAAAATTAAAATAAAAAATAAAACATTTGCCTTGATCAATGACTTGAAGCATTTACACTATATTTTCTTCGGTTGTTTTATAGTTTTGAGTCTTACATTTAAGTCTATAATCCAGTTCGAGTTGATTTTTGTATATGGTGAGAGAGAGGGCTCTAGTCTTAGTCTACCACATATGATTACCACTTTTCCTCGGACCATGTACTGAAGAGGATATCCTTTCCTCAGTGTATGTTCTTGGCACCTTTGTTGAAAATCTGTTGAATGTAAATGTGTGGGTTTAGTTCTGGGTTATCTATTCTGTTTCATTGGTCTATGCATCTGTTTTTATGCCAATACCATGCTGTTTTGGTTACTATAGCTCTGTAGTATGATTTGAAGTTAGGAAGTGTGGTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTAGGGAGGCTAAGGGAGGAGAATCACTTTAATCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAACTGAGATCACACCATTGCACTCCAGCCTAGGTGACAAGAGTGAGACTCCCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGATTTAGTGTTAGTTCTTATGGTAGAATTCAGCAGTAAAACCATCCAATTCTGGGCTTTTTTTATTACTGATTCAATCTCATTACATATTATTGGTCTATTCAGGTTTTCTATCTTGGTAGGTTATGTGTGTCCAGGAATTTATCCATTTCCTCTATGTTTTCCAATTTGTTGGCATATAGTTGTTCATAAGAGTCTTTAATGATCTTTTGTATTTCTGTGGTACAGTTGTAATGTCTCCTTTTTCATTTCTGATTTTATTTATTTGGGTCTTCTCTTTTTTTCTTAATCTAGCTAAAGATTTGTCTATTTTGTTTTTCCTCAAAAAATTTTGTTTTGTTGATCTTTTATAATTTTGCCTCAATTTCATTTATTTCTGCTCTGATCTTTATTATTTCTTTCTTTCTACTAATTTTGGATTTAGTTTGTTCTTGCTTTTCTGGTTCCTTGAGGTGCATTCTTAGATTGTTTATTTGAAATCTTTCTGCTTGTTTGATATAGGTGTTTATGGCTATAAACTTCCCTTCTTAACACTGTGTTTGCTTTATTTCATTGATTTTGATATATTATGCTTCCATTTTCATTATTTTCAAGACATTTTTTGCTTTCCTTCTCAATTTCATCATTGACTCACTGGTCATTCAGGAGCATGTTGTTTAATTTCCATGTATTTGTACAGTTTTCCAAAGTTCCTCTTGTTACTGATTTCTAGTTTTATTCCATTGTGGTCTAAGAACATACCTGGTATGATTTCAATTTTTAAGAATTTGTTGAAATTTGTTTTGTGCCCTAACATATGGTCTATTCTGGAGAATGTGCCATGTGCTGATGAGAAGAAGAATGTGTATTCTGTAGCTGTTGGATAAAATGTTGTGTAAATATCTGCGAGGTCCATTTGGTCCAAAGTGCAGTATAAATCCAATGTTTCTTTGTTAATTTTCTGTCTAGATGATCCGTCTAATGCTGAGGGTAGAGTGTTAAAGTCCTGAACATTGTTGTATTGGAGTCTATCTGTTTACATCTAATGATATTTGCTTTATATATCCAGGTGCACTGATGTTGGGTGCGTATATATTTACAATTGTTATATCCTCTTGCTGAATTGATCTATTTATCATTATATAATGACCTTCTTTGCCTCTTTTTATGTTTTCTGACTTAAAGTCTATTTCATGTGATATAAGCATAGCTATTCCTGCACACTTTTGGTTTCTATTTGTTTGAAATATTATTTTCCATCTCTTCATTTTCTGTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGCGTCTCACTCTGTCACCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAAGGTGCACGCTATCATGCCCAGCTAATGTTTGTATTTTTTATAGAGACGGGGTTTCCCCATGTTGGCCAGGATGGTCTCGATTTCTTGACTTCGTGATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTGCGCCTGGCCCTATCTATGTGTATCTTTACAGGTGAAGTGAGTTTCTTGTAGGCAGCCTATAGTTGGGTCTTGTTTTTTATCCATTTAGTCAGTCCATACAGTCCATATCTTTTAACTGGGGAATTTAAACTGTTTACATTCAAGATTGTTATTGATAGGTGTTATTTTGTTCATCATAAGGGTGCCAGCAGTGGCTCCAGTGGGTCCCAGGCAGGCTGATCCTCAGGCTCCCAGGAAGTGTGCATGGGCACTGGCAGTAGCAGTGGTAAGCCTCAAGTGAGTCAGACCTCAGGTCCTTTGGCAGTGCACATGGGTACTTGTAGTAGTGGCAGCCTGAATGGGCCAGTCCTTGGGTCCGCAGATGGCAATGCAGGCACAAAGCGGCTCTGCCACTAGAGGGGGCAAGATCATGTTCATGGCAGCAGGCTCAGGAAGGCAGCTCTCAGGCTCTGGGGAGTGTGCTTTAGTGCCTTATGTCCTGGGGCAGCCTCTCTTGATGTGCTGGACTCCCTGTTACCTGGGGTGTAGAGTGCTGTGTGTAGGCTCGGGTGCCAGTGGCCTGGCTCTATCACTGGATCCACCTGGTGTTGGAATGCTGCAGCCCTCTACGGGAACGTGTGGGGATGTCAGCAAGGCCCCAGGGATGTGGAGATGCAGGGGCAATTGGCCCCAGGGCAAGATGTAGTATGGTAGTAGCTCTGTTCCTAAAATGATGCCATGCTATAGCAGCTCGGGTCCTGGGGTTTGTTGCAGGAGGACCTAGTATGAACTTCCTCTCTGGAACAATGTTATACTATACTAGTATACTATACTATACAGCGTTTACTAGGCTCAGGGCATGTGAGGGCTGAGGGGCTCTCCTGTAGGTGGGACTTCAGGCATCTGTGATGGGAATGTGTACTGCTGAGGATCTTCCACTTACATTTTCCTCAAAATAGGGAGTCCCTCTGGGCTCTGTGCTGATCCTGGCCAGCTGCTCTTCTTCCCTCTCTATGCTTTCATCTCTAGTTTTCAGGTCTCAGAGAGTTTTGTCACTTCCTTGCTAAATTCCAGTGTTCTCCCTTTGACACTCTATTTGTCATGTTATCTGCTTACTGTCTTGGTACTTCTGGTAGGAGGTGAGTACTGGGCATCTCTAGTCATCCATCTTGATGATGTCTCCCCCAGAGTTATTTCCAAATTCTCCATCCATGTTCTAACTAATGACTTGCGAACTTTCTTCAGCTAATCTATTCCATTGAGTCAGTTGGCCCAGAATTTAGCTGTATAACAACCTTTAAATCAATGACTGGTTTTTCTTTCCTCAG
Seq C2 exon
GCTGGAAAGAAACCTTCAAATCCAGCCTTCTGGTGGATCAACAGAAATGGAGAAGAGATGCGATGGAGTTTTGAGGAACTGGGATCTCTGTCCAGAAAATTTGCCAATATACTTTCAGAAGCCTGTTCCCTACAAAGAGGAGATCGGGTAATTCTGATTCTGCCCAGGGTCCCAGAGTGGTGGCTTGCAAATGTGGCCTGTCTGCGAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000005187:ENST00000289416:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.047 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0050123=AMP-binding=PU(0.5=2.7)
A:
NA
C2:
PF0050123=AMP-binding=FE(16.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development