HsaINT0015335 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000124406 | ATP8A1
Description
ATPase, aminophospholipid transporter (APLT), class I, type 8A, member 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:13531]
Coordinates
chr4:42592828-42602535:-
Coord C1 exon
chr4:42602495-42602535
Coord A exon
chr4:42592902-42602494
Coord C2 exon
chr4:42592828-42592901
Length
9593 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTATGC
5' ss Score
9.55
3' ss Seq
TTTTATACTGGGACGTGTAGGTG
3' ss Score
2.77
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTTGAGAAATGGTGCTTGGGAAATTGTCCACTGGGAAAAG
Seq A exon
GTATGCACTGATTTTTATTTTGTTCCAGGAGAAGAAATACATAGCGGTGTACTCTAGTATATATAATTTTTTGTATAATATGAGCAAATGTGAAGAATTTTACTAATATAAAAGCTATTTAGTAATATAAACATGCATGGCATCTTCAGTCACATTCATTTAATATTTCTGCTGTATTATAGAAAGACTTATTTTGAAAAATATCTAGAACTTTTTGTTTTTTTCATAGTATATTTTGAGTACTGTTATCATAGATTTTATTTAACCATGAACTGTTTTGTGTTGTAATTTTTTGCTTTACTCATCTACTGTCCAAGTAAAAATAAGAATTTTGAGTTCTGATGTTTTACTTCTGCATATTTTACTTCCAATTCATATAGTGAGACTAATTACATTTGCTTACCACTAATTCCTTTAAAACAAAAATCTTACAAATTAAACATTGTCTTCTAATGAAATCAGTTCTTTAACATCAAAGATTAATTTGTTTATAGGACCTCTAACATGGCAGTTAGTAGGTTAAGTCATAATTTAACAAATGTTATTCAGGTGTTTATTCTTTTCAGCCTTCACTTTCAAAAGGTAAGCAATTATTATTAGTTCTCCCTTAGTTCTGGAAGAAGGTTTAAAATCTAGTCATCCACAAATGAATAGCTTTGGTAACTTGGTAAAAGACTTTTTGGAGTCTGAGCCACCCTTCTTAGGGCACTTTATTTCCTGGGATTGCCAGGACATTAGAGGTGTATCTCACAGGACAGTATTTTGCTAGGACAATCGAAGTGTAACCAACAGTTTATTTGCACTCCAGTACTTCCCAGCTAGTTGAAGTCCATGCCCTTGATTCTACCTTGTCATGGTCATCTTGTATTTCTGCAGGGGATATCTTGTACCCCCCAATTAAAAATTAATTAAATTTCTGTTGATTTTCAATCAGTGGCTAGAATAGAGACTGACATCTCCTCTTTCATATAGTTGAAAATTTACCCCTATTTTTTCTTTGGTTTTTGACATGAGAGCAACAAATGGGAAAATACCTTGGTTGTGTTTTATTTATTTCTGTGATAGGAATCTCTTTTTCAGAAGAACAAAATAAAAATGCTAAAAGCAATTTCAAAATAAGTTTCTTTTCTACTCTTTTCTGGCACCTATGGAATTAAACATTTTAGAAAGAAGACAGGTAGGATATAATCAAGTATGATAAGATGAATTTTATTACAAATATTATTTTACCTAGGGTTGTCAGTGTAGTTAACATAAATATGCATGCTAATAAATAACCTAGGCTGCTTGCTCAGAAAATAAACAGAAAGTCAGGAGATAATAATGTACTACTTCACTCTAAACCTTTAAAATGTCTTATTTTCCTAATAAACAATCATTATTTCAAGATTGTGCTAACCTACCTGGATTATTGTAATTCTTACTTTTCCTATTTTTGACAGACAAATCACCAGCCAGGATTACCCATAATAATAGCATTTTCAGTCATCTCACAGGTCAATGGCACACCTAACCTAGGCATCCCATTTTGAGATAAAGAAGGACAGAATTTAAAGTGTTGCCAAAAGTCATCCAGCCCAAAAGAGCTGAAGTTATTTAATAATTAGAATTATAGAAGTAATTAGAATCACTAAAAGTTGGTTCAGTGATGAAATCATGATAAATATTCAAAAATTAACATCATTCTTAAGTTGGCAGTATCAAGTTTGAAAATAAAGTGAAGAAGAGGTCTCATTCCCAGTGGCCTATGGGAGGCCTACAAGTAAATTTAATGTATGTGTATGACCTTTGTAAAGAAAGCATCCAAACTTTGATATTCAAGATTCATACAAATTTACAAGTATGTCATATTCCCAGAAAAATTAAAAGTGAAATATCACTTGTTCCAAATTATGAAGTAATATAATCCCAGGGAAATTATTATATTTTCCTCAAGAATTGACTAAATTTTTCATCTGATTTGCAAAAATAAACAGTTAAGAAAGTAGAATATATTTTGGAAAAATGAACAGTGTGTAAAGATTACAGGTGAAATGGAAAGCAAAAGTTATTAAAACACTGTGGTTTGCAAAAATAGACATTGATGAGTAGAATAACATGGAGCAGATTTAAGTAGTATAGAATAAAATATAGTGCCCTGAAATAAGGCCTGTTTAATATTTGAAAAAGGAGGCAAAAATTATTTTTTAAAGAATTGCTATCACAGATTAGCAGTTTTAAGAAATAGCATTTGAATATTTATATCTAAGTCACAACCTATGCTAAAATAAATGTCAACTGACTAAAAGAGTTAAATGTTAAAATGTTGTTTTTAGAAAACGTACAAATAGAATAAAGGCCTTAATAAATATTTGAAGAAGAGCAATATCTCAAAATCTATGGAATTAGATTATATAAATTTTAAAACAAATACACAACAAAAACTGCCACAAATAAGTAGGCAGGCTATGTGAAATATTTGCACCAAATAGGACAAATGATTAAGATCATTGTTATATAAATAGGAAAACTTGACAGTAAACCAGAAATATGATAATTGACCAGACTCAGTATAATATTCAACCTAATAAAATTTGCAAATTTAAACCATATTGAAGTTTCATTTGCTACCTATTCAATAAATAAAAACAAACATTTCAGATTTATTTTTATGAAATATTTTATTTACATACTATTGTGAACGAGCAGTTTGGCTATTTATATTGAGAACTGTGAAAACGGGATTCTGGAAATTTATCCCAAGAAAAGAAAAAGTTGGAGAATATCTCCACGTGTATAAAAATGTTTATTGTAGCATTATTTACTTATAATAGCAAAAAACTAGAACATATGGAAATGCAACAATAGGGACAGTTTTATAAATTATGGCATTTTATACTCATATTTTGTGACAAGTAAAATCTGTAATGTCACATGGTGTAGCAACACAGAAGAAATTATACTATTCATTCGACAAGTGTTTATTGAGTGCATATGCCAAGCAGTGAGCTTAAAGCAGCAAGCAAGACAAGTAAGGGTTCCTGTATCATAAGATATAATCATAGGTGAAAAAAAATAGTACTATGTACACTGAAATACTGGCTTTGTAAATCGTTTATTGAACAAGCGAACAGGCACAAAAGCAGCCTTACTTGTTGGGATAACAAGATTTTGAGGCAAGTCTTTTCTTTGCCTTATATGATATTTAGTCCAATTAAAAATAAAATCAATAAACCAAAACCAAGAGTGTCGTCTACATGCCAAGGTAATATGATAGACCTTAGTGTAAATGGGCTTTACTTCAGGGCTCTTTCTCTGCCTTTCTAAATGTGTGGCTACTGTGGTTGCTCTTTAATGATCCTCAAAGGACCTACAAATTTGCCTAGCATGCATCTAATCATTCACAGCTGGGCAGACTTCAGCTCTCAGATATTAGTGGTTTATCTCTCCAGTTACTGCCCTGAAACCTTTTCCCTGTTGCAAAAGGTTAACTTGCAGATACATAGTTTTAAAAGAAAGTATGGTAATCACAAAGCCCTACACAAGGAACTACATTGTGACTCCTGAACGGTAAGCTGCTGGCTTCATTGCTCTTGCCACAGATTATTTCTTTACAATGAGGTGCAGCTAACACTGTTCACAGGTTTTTGAGATGTATGCAGGTGGAGAATTTAGCCAAAGAATCTTGGAATCAACGTATTCTTCTGGCTTATTAAGGAAGCATGGTGGGCTGTATGCATGTGTAAAAGTTACTCTGTAAAGCCACTTTTGTGCATGAAGCTTCCACCACAATATGTATTTCTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGTTGGAATGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAACGTTTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTGGTAGAGACAGGGTTTCGCCATATTGGCCAGGCTGGTCTTGAATTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCAGTCTCCCAAAGTACGGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCCAGCTAATAGTTGGATTTTTAAATCAGGCTATTGCAGTCTGATAATCTTACTATTTTACATAATCCTTGATGTTGCAAATATGAGTGACTTCAGAAGGCTGTAGGTAGTGGACTGAAAGCCCTAAACATTTCCTTAACTTTGGCATTTTGGGGACTAAAATTGCTTTATCATGACATTCCTCCAATTAGAATATGTATGATTAAAGCATTTTTGTCATCTTGACTTTTTCTTCTCTTGGTTCCTCTTATGCACACACTAGGCTGGAAGGGGAATGCCGTATTAGGAGCTCAGAATCCAAAAGGAAAGACAGGTGTTTGGATGTCTTTTGAGAAATTGATCTTAAACATAGACATTCTAAGGAGTTAAGTTCCCTACTTTCCTTACAGTAAAGAACTTTAGCAGTCATTGATTTAGCATGCTTTAGTAAGAACTTCAGCATTTAGTAAGCCCCTGGTTTTCCCAGGCCACTGGGGTACCATATAAATTGTTACTATTTTATTGAGTTTAGGAACCACAAGCCCTTCTTTTGTCTTACAATGAGTAAAGATGTTGGAAAGCAGCACAATCAATTAGGGATTTGTTTAAGTCTGACTGTTAGACTCTAACACGATAGTGTAGAGGACGTGATTCTGATTTTGTGAAGCACACAGTTGAATTTAAGAGGAAACATTAACATACAGGAGTTGATTAAAGAAAATTAAATGGTAACCTGGATGCATTCTAAGTGCCATGATTTCAGAGAATTTACATTTTATTATCTTTCTCAGTGAGTGTAATCACAGTACCATCACAGCACATTATTTTAAGGACCAGTTTACATTTATACTTGCAGTTTTTAATTTTTCCTCTTTGCCCTTTTTTGAGGTAGGGGGTGTTTGATTCCAAGATCCCTGGTAATTTGCCAGTTTCAGCTA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Seq C2 exon
GTGGCAGTAGGGGAGATAGTGAAAGTGACCAATGGGGAACATCTCCCAGCAGATCTCATCAGTCTGTCCTCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000124406-ATP8A1:NM_006095:6
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.051 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(10.2=100)
A:
NA
C2:
PF0012215=E1-E2_ATPase=FE(18.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)