HsaINT0031666 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000143776 | CDC42BPA
Description
CDC42 binding protein kinase alpha (DMPK-like) [Source:HGNC Symbol;Acc:1737]
Coordinates
chr1:227335060-227348337:-
Coord C1 exon
chr1:227348244-227348337
Coord A exon
chr1:227335261-227348243
Coord C2 exon
chr1:227335060-227335260
Length
12983 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACGGTAAAT
5' ss Score
7.76
3' ss Seq
AAAAATGTAAATTTCTTCAGGTT
3' ss Score
6.51
Exon sequences
Seq C1 exon
AGACATTAAACCTGACAATATACTGATGGATATGAATGGACATATTCGGTTAGCAGATTTTGGTTCTTGTCTGAAGCTGATGGAAGATGGAACG
Seq A exon
GTAAATAAAGATAAATCCTAAATTATTTTGTTCACAGACATTTCCCTTGCTATTTGTCTGATATATCTGTTTTAGAAACCATCTATTTATACTATCTACCCATCCATCCATTTGTCTATCTATGCGCCACCTCCTTCCACAAAGGCATTTGGGCATACTTACAGTGGGGTTGTCTAAAAAGTCACAAGCCATTTCAGCTGCTTATATCAGTGATCTTAAGATTGATAAAATATACCCTTTATGAGACCCTTGTTTGCTCCTTCTTTAGTTGGTGACTTCTGTTGTACTTTAGATATTTCAAAGTTCACCGGGGGTAAAAGAACTAAGTCTCACATAGAAAAAGAAAACGCAGCTTTGCCCGCACTTTTACTTTTTTGTCTTTCTTTCCTAAATTGCTTAGTTATTCTAAGGGATAGTGTTCAACAAATGAATCCCTTTTTCAGAAAGTTCACAAGTTGATTTAGTTTCATGTTCCCATTTGCTTAACTTTTGCTAACCCTAAACCCGTCAGTTGGTTTTTTTTGTTTACTTAATAGCTGGGCATGGTGGTGCGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTGAGGAGTCTGAGGTGGGAGGATCTCCTGAGCATGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGTGAAGTCCTGTCTCCCACCCCCTCACTCCCCCAGAGCCACCCAGAAAAAAAAGGCTGGGCATGGTGGCTCACGCTTGTAATCCCAACACTTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGGATCACTTGAGTCCAGGAGTTTGAGACCAGCTTAAGCAACATAGTGATACTCTGTCTCTGTTTTAAAGAAAAAAAAAAGTTTATATGCCACAGTTTTATTCTGTTTTTTTTTTTTTTTAACTTCATTTTTTTCTGGCCATATAGGAGAGGTCCAAAAATATATCAGTTTAATTGACAGAAACTTTTTGGAGGACAGTTTAGTATAATACATTCCAAAAGCCATGAAAATGTCACATTACTCTAGACCAGTAATTTTAACTTTGGAAAAATTTTATTATTTTTTTTTTAGACAAAGTCTCTGTTGCCTAGGCTGGAGTGCAGAGGCGCCATCTTAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGAGTTCAAGTGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGATACAGGCAAGCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTTATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCCGGCCAACTTTGGAAAATTTGTCCTACAGTGATAACTTTGTTAAAAAGAATTATGTGACCTCTGTCTCTGGCCATGATAGAGGGATTAAATTGGTACCAAATTAGCACTCCCACTGTAAGGAACTGTAAAACTGGATACAATAGTTGAAGCTACTGTTTTCCAGCAGTGGACAACAGGCAGCATAATACTATTATCCCTGACATAAATGAACTCGTGAGGTATTCCTCACGATTGCGCAAAGACTGGGGCAGTTCCTGACTCTGATGCAGAAAGCTAGAGTGAAAGCAGAGCTGGACTACCTGCAGCAGCTGGAATATGCAGGGCTTGGCATTGGAGAGGAGGGAATTGTGCAGAGAGAGGGCATAAAGTGCCTCATGAAGGTTGGGCTGTGCATTGTACCACAAGACCATATGAGGCTTGACAATAGCAGATGATAGCATTTGAAAACAGACCAGAATACTAATGATCAAGCAGATCTCCCAGGCAGGAAACAGTGCTAGGGGAAATTGAATTTTCATCCCTGGAGAGCCAGCTAACACCTTTGTATCACCTAAGACCTACTCTCTAACAACCTAAGTCCAAGCCCTGATTAGATCCATAGAGTTTGGAAGTCTTCCTTCCAAGTAGAGGGGCTTATGACAAATCTTAGATTTTTGTATGAACCTACAATCACAGAGTGTATCTGTAAGCTAACTCATGGTCAAGGAGATCAGTCAGTAATTTTTTTATGTGCTTACATAAGAATTGTTTTTCTTCATAAGAAGATAATAGAATCAATACTCTCTATAACATCTTATTCACAATGACAAGGATTCAAAAAAAAAAATCACTGAACCAAACAAAAATGGGCATGTGGATAGTGATACAGAGTCAGATAAAAGCAGTCAGTAGAGGCCTGGCTGGCACACATGTTGGACTTAGCAGACAGAGAATTAAAGAAGTGATCATAGGTCGGTCACAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCGGCACTTTGGGAGGCCAAAGAGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACTGCCTGGCCAACACAGTGAAAGCTTGTCTATACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATGGTGTCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAATGAGACTGCGTCTCAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAGTTATAAAAATATTTAAGAAAACAAAGGAAAATGTAGCCTTAAAGATTACACAAATAAGGAATTTCAGCAGAAAAATGAGTCAAATGGACATTTTACGATTAGAAAGTACAGTAACTGAAATTTAAAATTCACTGGATGAGGTTAAAAGTGGACTAGAGATAGGAGAAGAAACAGCCAGTGAACTTGAAGACAGATGAGTAGAGATGAGCCAATGTGAAAAACAGAGAAAAATATTGAGACTAAATAAATAGAGGCTTAGGGATCCATATAGAAGAAGAGAGTGAGATGTGGGGAAAAAAAAATGTGTACGTAATGGCTCAACCTTCCCAAATGTGATGAAAAACTCAGATCTAAGAATTTTACCATATCTCAAACCTATAAAGAGAACCACATCTGGCCATGTCAGATGTGGTTAAAGTGCCGAAAACTAAAGATTAAAACATTTAAAAGCAGCCAGAAGGAAAGACATATTACGTACAGAGGAGAAATGGTAAGGACTACTGACCTGTCATGAGAAATCATGGAGTGATGTCTTTAAAGTGCTGAAGGAAAAAAATGTGTAAACTGAGGTTTCTGTATTAAGAAAAATATCCCTCAAAAATGAGAGTGAATTAGACATCTTCAGATAAATGGAAGATGAGAAAAATTAATCTCTAGCAGGCCTGAATGCTAAAGAATGTCCTCCATGTCAAAGGAAATGATACTGTTTGGACATTTGGATTTATAGCATAAAAATATCATATGCAATAAATAAGTGGGTAAATAAAATGTCTATACTGTCTTTCTTATTTAATTTACATAAAAGGTACCTAACTGTTAAAAGCAAAAATAATGTAATATGTAATTATTTGTAATGTGGGTTTATGACATGTAGAAGTAAAGGATATGACAATAGTCACATAAACAATGGAAGATATGTATATGGAATTATACTGCTCTAGGATAACTGTATATAGGAAATATAAAGTGAGAAGTGGGTAGTGCCAGGTATGACATTGGAAGAGGGAAATAGCATGGTGGTGTTGCTGAGTTGAGAAAACAGAGATTGAAATCAGGGAGGCTTTAGCATCTGGAATTTGGGGCCACCATTCCAGAGAGGATAGAGCTGCAGGGAAAAATAACTCCACGGAGAGAGCTAGTGATTCTCCAGTCCTGCATATTACAAGCCCGATGGACTCAAAGTTGGAGATAGAGTCCCTGTAGTCTGATGTTTGCCTCTCTAAATTGCTTTTGAATGCATTCGAAATGCAAATTCCAGAATGCATGAGTAATATTTCTGTCTCTGAGTTTCCTCCAATTATATTTGTTCTTGAAAGTCTGGTGTGTCCTCCCAGTCATTCATTCTGATTTTTCTGGACAATAGGATAATATTTTATGTTTTGTTTCTAGCATACTTATTGATGAACTCAAAATGGTTTTCTTGGACATAATATCAAGTTGGACTTCCATTTTCAAAACCATAGGCTTTGAGAGGCCTATGGCAGGCCTCTCAAAGTCTTTGAGAGGCCTATGGCAGGCCTCTCAAAGTCTTTGAGACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGAGAATTGCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGAGCAACATAGCAAGACCTCATCTCTACAAAAAAATATAAAAAATTAGTTAGGCATGGTGGCATGCACCTATAGTCCCAGTTACTCAGGAGGATGAGATGGGAGGATCGCTTGAGCTTGGGACCTGGTCAAGGCTGCAGTGACCGTGATGGTGCCATTGCATTCTAGCCTGGGTGGCAGCAAGATCCTGACTCCAGAAAAATAAATAAATAAAAAATAAAAATAAATAAAAACAAAAAAAAAACTATAATGAAGAAACTTTATTTTATTTCAGATTTTTAAATTAATTTTTAGATTTTATTGTCTTATTTTTTGAGGCAGGGTCTTGCTCTATCACCCACGCAAGTTCAGTGGTGCTTTGAGCATTTCATTTACTTACATATTTCCCATAACCATATTTGTGCTGCTGTCTCTTGATTATTTATTTTTAGATACTAACTCATACTATCCTACCATGGTAGATGAGGATTCAGGTCTTTTGCTCTGCTCTTGCCCATCCAGTACACATCCTCTCTATCCTCCCAATGTAATTATCACACAATACCTCGTTAAATCCTGTTTGGTATTTTATTATGACAATACAAATACTCATCGTCGTGTCATAGTTTTTTTAAATTGCATTTCTTTTCTTCAGAACCTTTTTATTCTTCCTGGTGTAAGTGACCACTTTGCTCTGCTTAATTTCCCGTGTAATTGTCACCAATTTATCCTCAAACTCTCCACCACGTTGAATTACTTAATAAAAGGAATTTAGCAGTTCCTTTTTTTCCCATGGAGATATTCATACTGGAGTCTTGCATTCTCCTAATCTGGACTGTTCGT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Seq C2 exon
GTTCAGTCCTCAGTGGCTGTAGGAACTCCAGATTATATCTCTCCTGAAATCCTTCAAGCCATGGAAGATGGAAAAGGGAGATATGGACCTGAATGTGACTGGTGGTCTTTGGGGGTCTGTATGTATGAAATGCTTTACGGAGAAACACCATTTTATGCAGAATCGCTGGTGGAGACATACGGAAAAATCATGAACCACAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000143776-CDC42BPA:NM_003607:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006920=Pkinase=FE(11.6=100)
A:
NA
C2:
PF0006920=Pkinase=FE(24.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)