HsaINT0034155 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000134365 | CFHR4
Description
complement factor H-related 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:16979]
Coordinates
chr1:196857212-196871745:+
Coord C1 exon
chr1:196857212-196857338
Coord A exon
chr1:196857339-196871547
Coord C2 exon
chr1:196871548-196871745
Length
14209 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
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11
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134365-CFHR4:NM_006684:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0008415=Sushi=PU(95.4=92.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)