HsaINT0035186 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000080644 | CHRNA3
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 3 (neuronal) [Source:HGNC Symbol;Acc:1957]
Coordinates
chr15:78893595-78909475:-
Coord C1 exon
chr15:78909366-78909475
Coord A exon
chr15:78894607-78909365
Coord C2 exon
chr15:78893595-78894606
Length
14759 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGG
5' ss Score
7.66
3' ss Seq
CCCCCTCTTTGTCTTTGCAGTGC
3' ss Score
11.56
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTGGAATGACTACAAGCTGAAATGGAACCCCTCTGACTATGGTGGGGCAGAGTTCATGCGTGTCCCTGCACAGAAGATCTGGAAGCCAGACATTGTGCTGTATAACAA
Seq A exon
GTAAGGTGCTGGGGGGCCCACGCCCTCTCAGGGCTGTCAGCCTGGGCTCTGGGTTTTTGGCCCACTGTGCTTAAAACCTGGCCTTCCTTGGCCTTTTCCAAGAAGGCTGCATTCATTTGTTCAGTCCATAGGTATGTAATCAGCAACTACTACATACCAGGTACCAGAGATGTTGGAGAGCCACAGAGAGCAGCAGTGTGCTGAGTGGCTTCAAAGCAGGCATGGGTGGGTGGAAGATGGCATTGGGAAAGTTTCAAGGAAGAATTGGCATTTGAAGTGAATCCTGAAGATTGTGTAGGATCTCAGGACAGGGAGATGGAGCAGAGGAGGGCCCGGGGAGGCAGGAGAGTATGTCATGGGCAGCCAAGGTGACCTCATTGGCTGGACTGTGGGACATAAGGCTGGAAAGATCCATGGGCCAAGGACCAACCCCAGTGTGTGGAGGGGGAAGGCTCAGATGCCCGGGGCACCTGGAATGTAGCATCTGTTAGCAGCTCTGTGCAAACAGACAGGAATGGAGTAAACGGTCCCTCCTCACCTTGTCTTTGAAAGAGAATGAGGGTGTTGGAGAAGATCATAGCTGGGTGGGCCTAAGCTGTGTAGTCCCAGGGTTCCCAGCCTGCTGACTGGCATGGTTACCAAGGAGCTTTTTTTTTGGGGGGGTGGGGGGGGGAAGACTGAGTCTTACTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGGGATCTCGGCTCACAGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGAAATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCTGCCACACCTGGCTAATTTTGTATTTTTCAGTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGACCTCAAGCAATCTGTCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGCATGAGCCACCATGCCCAGCCCCAATGAGCTTTTTAAAAATACAGGTGTTTGGCCAGGCATGGTGGCTGATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACTGGAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAATATACCAAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGCGTGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCCAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGTAGGTAGAGGCTGCAGTGACCTAGATCACACCACTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGTGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATACAGGTGCCTGAATTCAAAATATTTTATTCTTTGTTCCTCACTGTCTTTTCTAAAGTTAATATGTATTACGTTATCCAAAAAATCTCTATACCTGTCCCCAGGTCCTGCCCCACAGAAACACTGAGTCAGTGGGTCTGGGTAGGCCTAGGAATGGGTGTTTTCACAAAGCTGTCCTGGGGGCTGTGTGACCAGCTTGCTTTGGGGATCCCTGATCTGGCCCTTCCCTGACATTTCACAGATGAGGACTGAGGCCCAGAGTGGATGTGTGGCACAGCCAGGTCTGGGGTGGTCTCAGCCATCCACTGTGGCTTTGGGGCCACTGTGGGCAGTGGATGCAGGAGGCCGATGCTGTGATCAGGGGGCTGAGCTGGGCACCCCAGCCTGTCTCTGCCTGTGTCCCCAAACCTCTTCTCTACTCTCCCAACAGCAAACCTGCCATCAGACAGTTACCCTGCTACACGGTGTACCCTGCAGGCCTCCTCCCACTGGGAAAAGGTCTGGGCCTTGGAGAAAGGATTGATAGCCCCCCAAGTATGTGAAGCAAGGTTCCCATGTACAGAGTAGGATGAGCATTCTGGGCCCCGTGCTCCCAGCCCGTCTGGGTGGCTGCATCCAGGTCGTAGTTGAGAAGGGTGAGTCCAGGACTAAAAAGACTTCCCTGGCTCCTGCCATCGAGAGAAGCTGCTCTCGAGCCAGTCCTTCACAGTGGGCCACTTCCAGTCTCCTATGGATCCGGAATGTGCATCTTCCCGCCAGTTTTGGGAGGCCTCTCCTCTTTCTCTCTTGCAAAGGTTCTTCCTCTGCCAGACAGGTCCTGCTCATCATAGCACCTCCAAAACCCCTCCCTTTTCTCTAAGTCCACACAAAACTGATACTTCCCACATTTAAGCTCTTTCATTGGACTGACATAAATTTTAGTTGATATTTTGCAATATGCTAGTTAGTTCTCTGGGTATTGAAGAATATCATTTTTGTACCTGCATTTTAGAGTTAAAATGTTTGAATATTTAAACCTTTTACATTTACATTTAAACATTTTCAGCAAAACAGTTGATGTAGAATTAGTCTATTCTGATTTTAATGCTAAGAATACTTCTAGGTTTTTATGCCATATTAGTACAAAATAATGTTTTCTTATTAGTAGTATTGATTTTACAGTTAGTGTCAGGACTAGAGAAGCTATGTTTTATACTGAATCCCACTTTCTGGTCTCTGGCAAAAACAAAAGTGGGTCTTTACTCACTCTAAAGACAGTCCATGTTTTATTTACTGTTTTCCCAAGGAAACACAGCACTTATAAATGTTTCTTGTATGTAATTTGTATTTGTAAACTGGTCATCAAAGAACTGGGACACAATATAAACTCAACAGGCTTGCAGATTTTTTTCTTCTTGCACTGAATTGTCGTAGGAATCACATGGTTCAAATGCTCTTAAGGGAACTGGGCAGGGTGTAGAGAATTTTTGCTAAGCTACAATTAAGAAAATGAGCAAAAAGTTTAATCTTCATGTTTTGCGTTTTATAGCCATTTCCTTGCTGGCAATCTTGAGTGAACAGCTGGAGTACTGTAGGATTTATGATTTTAGCAATAATGAGAGGCGTAGCAAAATGTTGCAAATTGGCTGTGGAGAGGAGCAAATATCATAAGGAATTTCTTTGAAATCTGAAGCTGAAAATAACATTTAGAGAAAATCATCCAACTCATGTTCTCTCTCTTCTCCTAGTTAGAACTTCAATTGCTCAGGATTCACCCTCTGTTAAGGATTTCTCTTCTTTTTTTTCCCCCCACCCCGAGATGGAGTCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTGGGCTCACTGCAAGCTCCGCCTCCCTGGTTCACGCCATTCTCCTACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACGCCTGGCTAATTTTTTTGTGGTTTTTTTTGGTTTTTTTTTTGTTTGTTTGCCACTGCTTTACAGTTTTTTTTTAAATTTTATTATTATTATACTTTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACAATGTGCAGGTTTGTTACATATGTATACATGTGCCATGTTGGTGTGCTGCACCCATTAACTCGTCATTTAGCATTAGGTATATCTCCTAATGCTATCTCTCCCCCCTCCCCCCACCCCACAACAGTCCCTGGTGTGTGATGTTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGTTCTCATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGATAACATGCGGTGTTTGGTTTTTTGTCCTTGCGATAGTTTGCTGAGAATGATGGTTTCCAGTTTCATCCATGTCCCTACAAAGGACATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCATGGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCCTTGTTGGACATTTGGGTTGGTTGCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAATGCCGCAATAAACATACGTGTGCATGTGTCTTTATAACAGCATGATTTATAGTCCTTTGGGTATATACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCCTGAGGAATCGGCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACACTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCGCCAGCATCTGTTGTTTCCTGACCTTTTAATGATCGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGACGATGAGCATTTTTTCATGTGTTTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTGTCTGTTCATATCCTTCACCCACTTTTTGATGGGGTTGTTTGTTTTTTTCTTGTAAATTTGTTTGAGTTCATTGTAGATTCTGAATATTAGCCCTTTGTCAGATGAGTAGGTTGTGAAAATTTTCTCCCATTTTGTAGGTTGCCTGTTCACTCTGATGGTAGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGATCCCATTTGTCAATTTTGGCTTTTGTTGCCATTGCTTTTGGTGTTTTAGACATGAAGTCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATGGTATTGCCTAGGTTTTCTTCGAGGGTTTTTATGGTTTTAGGTCTAACATGTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTAATTTTTGTATAAGGTGTAAGGAAGGGATCCAGTTTCAGCTTTCTACATATGGCTAGCCAGTTTTCCCAGCACCATTTATTAAATAGGGAATCCTTTCCCCCATTGCTTGTTTTTGTCAGGTTTGTCAAAGATCAGATAGTTGTAGATATGTGGCGTTATTTCTGAGGGCTCTGTTCTGTTCCTTTGATCTATATCTCTGTTTTGGTACCAGTACCATGCTGTTTTGGTTACTGTAGCCTTGTACTATAGTTTGAAGTCAGGTAGTGTGATGCCTCCAGCTTTGTTCTTTTGGCTTAGGATTGACTTGGCGATGCGGGCTCTGTTTTGGTTCCATATGAACTTTAAAGTAGTTTTTTCCAATTCTGTGAAGAAAGTCATTGGTGGCTTGATGGGGATGGCATTGAATCTATAAATTACCTTGGGCAGTATGGCCATTTTCACGATATTGATTCTTCCTACCCATGAGCATGGAATGTTCTTCCATTTGTTTGTATCTTCTTTTATTTCATTGAGCAGTGGTTTGTAGTTCTCCTTGAAGA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Seq C2 exon
TGCTGTTGGGGATTTCCAGGTGGACGACAAGACCAAAGCCTTACTCAAGTACACTGGGGAGGTGACTTGGATACCTCCGGCCATCTTTAAGAGCTCCTGTAAAATCGACGTGACCTACTTCCCGTTTGATTACCAAAACTGTACCATGAAGTTCGGTTCCTGGTCCTACGATAAGGCGAAAATCGATCTGGTCCTGATCGGCTCTTCCATGAACCTCAAGGACTATTGGGAGAGCGGCGAGTGGGCCATCATCAAAGCCCCAGGCTACAAACACGACATCAAGTACAACTGCTGCGAGGAGATCTACCCCGACATCACATACTCGCTGTACATCCGGCGCCTGCCCTTGTTCTACACCATCAACCTCATCATCCCCTGCCTGCTCATCTCCTTCCTCACTGTGCTCGTCTTCTACCTGCCCTCCGACTGCGGTGAGAAGGTGACCCTGTGCATTTCTGTCCTCCTCTCCCTGACGGTGTTTCTCCTGGTGATCACTGAGACCATCCCTTCCACCTCGCTGGTCATCCCCCTGATTGGAGAGTACCTCCTGTTCACCATGATTTTTGTAACCTTGTCCATCGTCATCACCGTCTTCGTGCTCAACGTGCACTACAGAACCCCGACGACACACACAATGCCCTCATGGGTGAAGACTGTATTCTTGAACCTGCTCCCCAGGGTCATGTTCATGACCAGGCCAACAAGCAACGAGGGCAACGCTCAGAAGCCGAGGCCCCTCTACGGTGCCGAGCTCTCAAATCTGAATTGCTTCAGCCGCGCAGAGTCCAAAGGCTGCAAGGAGGGCTACCCCTGCCAGGACGGGATGTGTGGTTACTGCCACCACCGCAGGATAAAAATCTCCAATTTCAGTGCTAACCTCACGAGAAGCTCTAGTTCTGAATCTGTTGATGCTGTGCTGTCCCTCTCTGCTTTGTCACCAGAAATCAAAGAAGCCATCCAAAGTGTCAAGTATATTGCTGAAAATATGAAAGCACAAAATGAAGCCAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000080644-CHRNA3:NM_001166694:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.025
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=FE(17.4=100)
A:
NA
C2:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PD(55.6=34.0),PF0293211=Neur_chan_memb=PU(86.7=63.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)