HsaINT0041223 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000134376 | CRB1
Description
crumbs 1, cell polarity complex component [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2343]
Coordinates
chr1:197328422-197344476:+
Coord C1 exon
chr1:197328422-197329003
Coord A exon
chr1:197329004-197344280
Coord C2 exon
chr1:197344281-197344476
Length
15277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134376:ENST00000484075:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development