HsaINT0041231 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000134376 | CRB1
Description
crumbs homolog 1 (Drosophila) [Source:HGNC Symbol;Acc:2343]
Coordinates
chr1:197297552-197313606:+
Coord C1 exon
chr1:197297552-197298133
Coord A exon
chr1:197298134-197313410
Coord C2 exon
chr1:197313411-197313606
Length
15277 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
TGTGCTGACTTTTTTAAAAGGTG
3' ss Score
8.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000134376-CRB1:NM_201253:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000822=EGF=WD(100=16.4),PF0000822=EGF=WD(100=15.9),PF0000822=EGF=WD(100=15.9),PF0000822=EGF=PU(84.8=14.4)
A:
NA
C2:
PF0000822=EGF=PD(6.5=3.0),PF0000822=EGF=WD(100=47.0),PF0000822=EGF=PU(53.1=25.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)