HsaINT0049827 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000115423 | DNAH6
Description
dynein, axonemal, heavy chain 6 [Source:HGNC Symbol;Acc:2951]
Coordinates
chr2:84838798-84844106:+
Coord C1 exon
chr2:84838798-84838978
Coord A exon
chr2:84838979-84844009
Coord C2 exon
chr2:84844010-84844106
Length
5031 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGA
5' ss Score
9.46
3' ss Seq
TATTTTTTTTTAATGAACAGGAC
3' ss Score
7.81
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGAGTGGCTGACCTGCCAGAGAAACTGGCTCTACCTAGAAAGTATTTTCAATGCTCCAGACATTCAGAGGCAATTGCCTGCAGAGGCCAAGATGTTCCTTCAGGTGGATAAGTCATGGAAAGAAATCATGAGAAAGGTGAATCGGCTGCCTAATGCTCTTCGAGCCGCTACTCAGCCAG
Seq A exon
GTATGAAACAAAATTCCAAACAAGCAAAAAGACTACAATCTTTTAGTAGTCTGGGACTTTAGTCCCAGACTAAAATGTTTCTCTGGGAATCTAATAACATATGGTCCATTCAACCCTTGATTCTAGTCAGCATGGATGACTAGGAATCCTTGCATTTGACACACTTGCTAAGCAATGTCAACGGAACACTGGACTTTTTTTTATTATTATTATCTCTCAGCTTAGTTTGTAGTTTCGGAAAAGGAGAATCTGCCTATTTTTGCTGTTTTTATGATTGGGGGATGTTGCTTCCGTGTATCAGCAATGTTTTCATCTCAGAATTTTGACAACGAGACAAATATTTGCCTTCGGTTGATGTATTCAGTTAAAGCTCCTCCACAGATTTATAGCCACAAAAATGTCCACACCTTATTTTTAATGAATTCATTAAAACTAGTAAAAATATTACCACTTATTACATTTCTAGTCTCTAGGTTGAAATGTGTTTGAATAAGTTCCATTTCTGTGGATGTGGAATCAAAGTCTTTCAGGGTGCATATATGTGGCTGTTGAACTTCATGCTTAAAGTAAAAGCCTTGGCAAGCTTGCCTGTTGTTCAGGAAACAGCAGCACATGGCCCATCCTGGTAAATATCCTCAGACAGCTTCCCTGAAGTTTGCTGGGCTGCACTCTTTGCCCAAAAACTCTGACATAAGACAGAAATGGAAAAGAAATGTTACATGGAATAATAGAATTGAAAATTCTTTGGGTCTTTTCGAGGCAGCCCACATTCCTTGGCTCATGGCCTTCTTCCAGCCTGTAACCTCAGGACACCGACCTCTGTTTCTGTCATCACATCTCCTTATCAGCCTCTGACCTTCCCGCCTCCTGCTTATAATGGCCCATGTATGATCGATCAGTCCACCAGACAATCCAGGACAGTCTCTCCATCCATGATCCTTAACTTAATCACACCTGCAAAGTTCCTTTCCATGTATACTAACATATCCACAGGTTTGGGGGATTAGGACATGAACATCTCTAGGGGGCCATTATTCTGTCTACTGCACTCACTTGTCATGTTGAAACATTGTGCTGGGAAAACTAGTATGTTAGATTACAGAGTGCTGTCCCAGTCCCTACTAGACTTGTTATAAAATATAACTTCTGAAATGAAAAAAAAATCTGATTCAAAAATACATCTGCTCCTAAGGATGTAAGATAAGAATAGAGACTTATATAGATCATTTCAGGGGATAATAAAGCTATGAAGAAAAATAAAGTAGGGTAAATTGGTGAGAGAGAGAGAGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGACAGAAGGCTTTTTTGATAAAGTGGCTTTTGAGCAGAAACCTGCAGGAATGAGGGAATGAGTCATGTATGTGATCAAAGGGAGCATTGTTAAAGGAGGAGGGAAGATCAAAGGCAAGGCTCCCAAGGTGAGTGCATGCTTCACATGCCCAATTGTTTGCAAGGAAGCCAATGCGAGCTGAAGTGGAATGCAGAAGAAGGGCTTAGGAGGTGAAGCAAGAGAGGCAAGAGTGCTTAGGTGGGGACTGGGCATCAGACTGGGTCCTTGATTACATAGAGCCTTGGAAACCATGATCAAGACTGCGGATTTGATTCTTGGGCAGGTGGGGACACCAGCTGCTATGATAAGCACCAAAACTACAAAGATAATCAAGACATGGATCTTATCCCTTAAGGAGCTGTAGTTTAGTGATAAAGAAATAGTATCCCATCACCACAATTTTGGCATTTAAAGATGGCAGAGGATACAGAAAAGATACCAGTAAGAAAGTGACAATGAGTAGGTATAGAGACTGGCTTGGTTTGGAGAGTCAAGGAGAAGGCAACTGCTTGGCTTTGGTTTTGTACTCCTAGCCCCTCAAAAGTGGGATACACCAGCTAAATATGTTTCATATCAAATATACTTGTTCATACTTGGTAAATACTTAATATTATTATTAAAGGTAATAGTTAAAATTCTTAGTCAATTCCCCCCATTTTAATGTAATAGAGCATTCCTTTATCAAATAATGCCAAAGCTTTTAAAATCTTAACAGTATATTTTACTTTTACTTTAAATTATCTCGTTATTTTTCAGTTAACTTAGTACTTTTTATTGAAAAGACCATACCACTGCCATTCCATTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTATTTCAATAGGTTTGGGGGAAACAGGTGGTGTATGGTTCTATGAATAAGTTCTTTAGTGGTGATTTCTGAGATTTTGGTGCACCCACCACCCGCACAGTGTACTGTACCCAATGCGTAGTCTTTTATCTTTTTATCCCTCAGCTCCCTCCCATCCTTTCCCCCACTTGCCTAAGTCCATTGTATCATTCTTACACTTTTGTGTCCTCATACCTTAGCTCCCACTTATGAGTGAGAACATATGATGCTTGGTTTTCCATTCCTGAGTTACTTCACTTGGAATAATGGTCTCCAAATCAATTCAGGTTGCTGCAAATGCCATTATTTCATTCCGTTTTATGGCTGAGGTAGTATACCATGGTATATCTACACACATTTTCTTTATCCACTCATTGATTGATGTGCATTGGGGCTGGTTCCATATTTTTGCAATTGCAAATTGTGCTGTTATAAACTACGTGTGCAAGAATCTTTTTTATATAATGACTTCTTTTCTTCTGGGTAGATACCCAGTAATGGGATTGCTGGATCAAATGGTAGATCAATTTTTTAGTTCTTTAAGGATTCTCCACACTGTTTTCCATAGTGGCTGTCTTAGTTTACATTCCCACCAGCAGTGGAAAAGTGTTCCCTTTCCACCACATCCACACCAACATCTATTATTTTTTTTATTATAGCCATTCTTGCAGGGGTAGGGTGGTATCGCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATCATTAGTGATGTTGAGCATTTTTCATGTTTATAGCCCATTTGTATACCTTCTTTTGAGAATTGTCTATTCATGTCCTTAGCTCACTTTTTGAAGGGATTGTTTGTTTTTTTCTTGCTGATTTGAGTTCCTTGCAGATTCTGGCTATTAGTCCTTTGCCAGATGTACAGATTCTGAAGATTTTTTCCCACTCTGTGAGTTGTCTGTTTACTCTGCTTGCTGTTTCTTTTGCTGTGCAGAAGCTTTTAAGTTTAAGTCCCATCTATTTATCTTTCTTTTGTTGCATTTGCTTTTGAGTTTTGGTCGCATTTGCCTTTGGGTTTTGGTCATGAAGTTCTTGCGTAAGCCAATGTCAAGAGGTGTTTTTCCAATATTATCTTCCAGAATTGTTATGGTTTCAGGTCTTAGATTTAAGTCTTTGATCTATCTTGATTTGATTTTTAGGTGAGAGATGAGGATCCAGTTTCATTCTTCTACATGTGGCTTGCCAGTTATCCCAGCACCATTTGTTGAATAGGGTATCCTTTTCCCACTTTATGTTTTTGTTTGCTTTGTCAAAGATCAGTTGGCTATAAGTATTTTGCTTTATTTCCAGGTTCTCTATTCTGTTCCATTGGTCTATATGCCTATTTTTATACCAGTACCATGCTGTTTTGGTGACTATGGCCTTGTAGTATAGTTTAAAGTCAGGTAATGTGATGCCTCCAGATTTGTTCTTTTTGCTTAGTCATGCTTTGGCTATGTGGGCTCTTTTTTTGGTTCCATATGAAATTTAGAATTATATTTTTCTAACTCTGTGAAGAATTATGGTGTTATTTTTATGACAATTGCATTGAGTTTATAGATTGCTTATGGCAGTATGGTCATTTTCACAATATTGATTCTACCCATTCATGAACATAGGATGTGTTTCCATTTGTTTGTGTTGTATGATTTCTTTCAGCAGTGTTTTGTAGTTTTCTTTGTAGAGGTCTTTTACCTCCTTGGTTAAGTATATTTCTAAGTATTTTTTTTTTGCAGCTATTGTATTTTCTTGCAGCTATTGTAAAAGGGGTTGAGTTCTTGATTTGACTTTCAGCTTGGTCACTGTTAGTGTATAGCAGAGCTACTGATTTGAGTACATTAATTTTGTATCCTGAAACTTTGCTGAATTCATTGATCAGGTCTAGGAGCTTTTTGGATAAGTCTTTAGGGTTATTTAATTTCTATGTATTTGTATGGTTTTGAGGATTCCTTTTGGAGTTGATTTCCAATTTTATTCCACTGTGGTCTGAGAGAGTACTTGATATAATTTTGATTTTCTTAAATTTATTGGGACTTGTTTTGTGTCTTATCATGTGGTCTATTTTGGAGAATATTCTGTGCTGATGAATAGAATGTATATTCTTCATTTGTTGGATAGAATGTTCTGTAAATATCTGTTGAGTCCATTTGTTCTAGGGTATAGTTTAAGTTGTTTCTTTGTTGACTTTCGGCCTTGATGACCTGTCTAGTGCTGTCAGTGGAGTATTGAAGTCCCCCACTATTATTGTGTTGTTGTCTATCTCATTTCTAAGGTCTGGTAGTAATTGTTTTATAAATTTATAAATTTGGGAGCTCCAGTGTTAGGTGCATACATATTTAGAACTGTGATATTTTCTTGTTGGAAAAGTCCTTTTATCCTTATATAATATCCTTCTTTGTCTTTTTTAACTGTTGTTGCTATAAAATTTGTTTTGTCTTAAATAAGAATAGCTACTCCTGCCCACTTTTGGTGTCCATTTGCATGGAATATCTTTTTCCACCCCTTTACCTTAAGTTTATGTGATTCCTTATGTGTTAGGTGAGTCTCTTGAAGACAGCAGTTACTGTCTGGACATCCAGATTGGTAAAGAGGGAGTCAAACTGTCAGCTTTTGCTGATAATGTGATTGTAATTTTTCTATTGCCATTACAATTCCATGACTCATTTTAACTTTAGGTTTGGATAATTCAAAGCATATTTTTATAAGAGTTTTATTAAATAGTTTTCTAGGGAGAAGATTCATAAATTGATTACATTTTAAAGTGATATTTTTTCAGAAAAAAATTTGATTTTAACACAGTTTTACCAATACTATTTTTTTTTAATGAACAG
Seq C2 exon
GACTTCTGGAAACTTTTCAAAACAATAATGCATTACTTGACCAAATTCAGAAGTGCCTAGAGGCATACTTAGAATCAAAAAGAGTTATCTTTCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000115423-DNAH6:NM_001370:22
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083938=DHC_N2=FE(14.0=100)
A:
NA
C2:
PF083938=DHC_N2=FE(7.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)