HsaINT0064030 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000104760 | FGL1
Description
fibrinogen-like 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:3695]
Coordinates
chr8:17743001-17753047:-
Coord C1 exon
chr8:17752956-17753047
Coord A exon
chr8:17743081-17752955
Coord C2 exon
chr8:17743001-17743080
Length
9875 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGCAAGT
5' ss Score
1.91
3' ss Seq
AATTCTTTTTGTTCTTGCAGTTT
3' ss Score
9.28
Exon sequences
Seq C1 exon
AATTACAAATTCCCAATGCAGTTACAGGATCCTGGGAAGCAGAGTGTCTGGATGGAACCTGAGCTGGGTCTCTGACTCACTTCTGACTTTAG
Seq A exon
GCAAGTTATTTAATGTCTCTGCATTTTTGACATGCTTGTAATAATGCTAATTTATTTCACAGGTATGATAGTAACCAAAACTCAGGTAACAACCATTAGCTTTTGCAAGAAGTCAGGTTGACTAGCAAGGAGTCTGCTTCTGCTACTTGGAGAAGAGATTTAGAATTATGTATCTTTTGTTACAGATATACAGATATACAAATATACAGATATACAAATAAGGTATGTTAGAATTACAAATGAGGAAAATGGAAAATTTTAGAGAACTTAAGATATTCTCAGGAATTATTCTAAAGCTAATCAAAGTAATATAATGACTTTCTAAATATGTATAATTACATTTTGAAATGCTTTATTGTTTATATGCTACCAGACTAGGGGGTGCCTTTTTGATTATTGGATTATCTTAATGGTAATGAGATGAACATTTCAGGACATCAAGAGACAGAGGCCTGTCAAAAAAATTTCATTAGCCCTTTATTTTTTACTAAATCTAATGCTAAGCAATATTTATATACCTTATATAATGTATATATAATCTATAATATATACATAATTATGTATAATAATGTTACGTACATACATATACATATATATACAGTGTGCGCAGGTAAAATTATATGATATATAGGTGCATCACCCAGAGCATTTTCAAAACATACTTCCATTTATGCAAGAGCCAGAATCAAACATTGGAATAAGAAAATTTCTTTTTTAAGCTCTAGGCGTTTTTTGTTGTTGTCGTTTGTTTGTTGGTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTTTGTATAATTTCCTTTACATTTTGAATGAATTGCATGGGAGTTTGACGTAAATGATAGGTTTACAGTTTCAGTATAAAAAATTAAAAATAAAATGGACTATATGACAATTTTCACTTCAGAAGTCAAAAAACTTCAGAAACATTTTTCTTTATTGCATTTCTTGAGGGATCAACTATATTTAGCTTTGTAAGGCTTTCAGTGAGTATGGATTCTTAAGAAAAATACAAAAGCACAGTTATATTCCATTTTCAGAAAGAGGAAAAAATTTGGAAGGAAATAGCTTAAAAGGAGTCTCTAAGCTTGTGTTTATGGGTACATTTTTAACTCACTGACTTAGGTTATAGTCCTAAGCATTATAGTCCTATAGCGTTTGTGAATGCTAACTTATTAAACATACTTCGTTCAATAACTTTTTCCTTCCTTTTTATTTCTTTTATATATCCTTTTACAATGCTTGCTTAAAACATACCAGTTTTGAAATGTTTGCATGCTACTAATGTACTTCTGTTTTGTAATTGTTTTTAAAAATTATATATTATTTTTAGAACTTTTCATTTACAAATTTAATGTCTTCATCTTTAAATTTAATGCAGCGTAATTAATTAAATTTTTTTTAAATATAGTGGGGAAGGAATTAGAATTTATAGCATTAAAATTATGTAAAATAATATAGTCCACCAAAGAACAGCCATTTGATAACAATTTTAATTTTATAATAATTAAAAGTTTTGATACTGCCTAAGGCAAAAATATTATAAAAGAAATACAACTAATTGTGCAATAAATGAACAGAATAATTTGATACAACTTTACTGTAAGCCAGATGTGCAGAAGAAATAATGGTTTACTATAATGAATGATGGAGACCAGAATTTCAAAGCAAGTTTCTTAATGCTTAGCATTTCTTCAATATTACAGAGAATGTTGGTTAGAATTGCAAAGGAGGAAAATGGAAAATTTTAGAGAACTTAAGATATTCTCAGGAATTATTCTAAAGCTAATCAAAGTAATATAATGACTTTCTAAATGTAAATAATTACATTTTGAAATGCTTTATTGTTTATATGCTACCAGACTAGGGGGTGCCTTTTTGATTATTGGATTATCTTAATGGTAGTGAGATAAACATTTCAGGACATCAAGAGACAGAGGCCTGTCAAAAAAATTTCATTAGCCCTTTATTTTTTACTAAATCTAATGCTAAGCAATATTTATATACCTTATATAATGTATATATAATATAATCTATAATATATACATATTATGTATAATAATGTTATGTTCATACATATACGTATATATACAGTGTGCGTAGGTAAAATTATATGATATATAGGTGCATCATTCAGAGCATTTTCAAAACATACTTCCATTTATGCAAGAGCCAGAATCAAACATTGGAATGAGAAAATTTCTTTTTTAAGCTCTAGGTGTTTTTTGTTGTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGTCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCATGCCTCAACCAACACAGTAGCTGGGATAAAAGGTGTGTGCCACCACACCTGGCTAATTTCTTTGTATTTTTAGTAGGGACGGGGTTTTGCCATGTTGGCCATGCTGGTCTCAAACTCCTGACCCAAGTGATCTGCCTGCCTCAGCCTCTCAACGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGCCTGGCTAAGCTCTAACTTTTTAAGCTAATTTATTCACTTCTGAAATAAAGTACTTGATCCCACAAATGCATAAGAAAACTTTAATCAAATAAAAAAATTTTTCAACAAATAACATTAAAGCAAAGTCTAGAAGATACAGACATTTCATGATTTTTAATTTTTGACTCCTGAATATTATCTGGGAGCGGATTAAAATAATGAAAATTTGTTTCCTGTCACATAAAAAAAGAGGACATTATTTTTACTACTAATCCTTAGCAGTTTCATTTATCAAGGAAAAATCCTAATCAGTAATCTATTAAATACATTGGTTATTTTCAGTCAGAAGAACAATTTGAGTTGGAGTCACAAATAAATGGTATTTATGTCATGTCGTTATGCTGATTTCCCAGACTAGTGTAAATATACTTAGTGAAAGTCTCTTTTATTTCTTTAGGCAAACAATTTTCCCTCTCTGAGCCTCTAGTGTTGATGATATTTGACTGAATGATGTCACTTCCTCTAATTATATTTTCTCTGCATGTTCTAGTCTCGGGGAACAAGGCTATTTCTAAAATCTCTTTATATTTTTTAAATATTTTGTTTTCCATCTTTATTTTCTTTTGCTTCCTTATAATAAAATGTTTTTGTTTCTTATTTTCTGTAACATGAAAAATACTTTATGACTGTATGTCTGTGACTATGCAATTGTTTATGTTTAAGAAATTGCCATTTGCATAAGGGCATTTATTTTTTTCCTTTATGCTACTTGAGTTTTGTGATAAATTTTAAAATTAGATAGTTAAAGACACAAGGGTACAAATTTAAAAAGCAACATAGCTATTATAATTTTGCTCAAAAAACATATTTATTGCCAACTGAAAACACGAGTCAAACTAAAAACTTATTATGAGATAGCTATGGTAATGACCTTGGCCCAGTGAGAGAGCCAACTTTCAAATATCTTAGGTATTATGTTTTCAGGTATATATTTTCTTTTGGGATTTTATAAATCCAAATGTCTCTTTTAAAACCAAAATAAGCTGTTACATATTGACATGACATATTTGCAAATCACAAAAAAGTTTATGAAAAGCATAATTCATTAAGAGTAGTTATTTTTGTTGTTGCTGGAAGGGTGAAGATGGAGGGAATCTGATAAAGACATCTTATAAATTCAACAGACACAAAAGAATTTGATCTCCCATAAGCAACTGTGAAATTACAATAACAGATCCTGGGAAGTTCTACAATTCTAATTCAGGTTTACAAGTTTTCTTCTCATCTATTCAGTAGATATTTTGTCGAGTACCTGTGCTAGGTTCAGCTGTGCCCCCAAAACATGTACATTCCTAACTTTTATTACCTGTGAATGTGATCTCATTTGCAAATAGGGTCTTTGTACATGTAACTGAGTTAAGATGAGGTCATACTGGATTAGGGCAGACCCTAATCCAATGACCGATGTCCTTATATGAAGAGGGAAATTAGACACAGAGACACACAGAGGAAAGACAGCTATGTGAAGATGGTATCAGAGAATAGAGTGATACTGCCACAAGTCAAAGGATGTCAAGAATTGCTGGCAACCACCAAATGCTAGAAGAGTCCAGAAAGGATTTTCTCTTAGAGCCTTTGAAGGAAGTATGGCCCTGTTCTTCTTGATTTTGGACTTGTATCCTCCAGAACTGTGAGATAATAAACTCCTGTTGTTTTAGGCCACTCAGTTTATGGTAATTTGTTATGGTGGCCTCAAGAAACTAGTACAGTACCTAACTATCCACCTAGCATTAGGGCAGTATACATAATAGATGTAGCCACTCACCTCTTCGTGCTTACATTGTACAGGGCGGTTGGAGTAGGTAGACAATAAACACATATATTATAATATTTCATTATATTTGGTGATAAGTGCTAAGGAGAAACTGAATCCATTGTGATAGAGATATGAAGTGTGTGGGTGATGTTGTTTGCGTGTGTCTCCACCCAAATCTCATCTTGAATTGTAGTTCTCGTAATCCCACATGTTATGGGATGGACCCAGTGGAAGGTAATTGAATCATGGGGGCAGCTACCCCCATGCTGCTGTTTTCGTGATAGTGAGTTCTCCTGAGATCTGATGGTTTTATAAGGGGCTTTTGCTTGGCTCTTCCCCTTCCTGCCATCATGTGAAGAAGGACATGTTTGCTTCCCCTTCCACCACGACTGTAAGTTTCCTGGGGCCTCCCCAGTCATGGCAAACTGTGAGTCAATTAAACCTTTTTCCTTTATAAATTACCCAGTCTCAGGCAGATCTTTACTGGGTAAATTTATAAAATGAGAATGGACTAAGACAGTAGGGGACAGCTGTTATTTTATATGTGGTAGTCAGGGAAGGTATCTCTGGGAAGGGAATACCTGAGCAAAGACCTGAAGGATGTCATGGAGCAAACCACAGAGATTTTCAGAAGAGCATTCCAGGTAGAGAGAACAGCAAGTGCAATCGCCCTGAGAAGTCTGTGTATTTCAGGGTTTTCCAAAAATGCCAAAGAGGCCAATGTAGCCAGAACAGGCAAAAATGATGGGAAAAGAGATGTGTTGAGGAGGTGGATGCTCACAGATTATGTAAAGCTTTGTCGGTGAATGACCAAATATCCCGGTTTGCCCAGGAAAGGCTCAGTATAGAATGTTGTCTCATTGTAATTCTAAAAAATTGTTTGGAATCTTCCATTGGTAGCTTGGGCCAGACATTAGCAATAGAGGTGGTGAGAAATGATTGGATGTTGTATAAATTTTGAACGTAGAGTCTTTCCTTAGGAAAGTTACTTTGCTTCACTATTTGAGCTTCCTTTAGTAAAAAGTAAACATAATGTGTCTTCTAAAGACATCGTGAGATTTCATGTGTTGATGATGTATTAGCAATTTTGTAAACATATTTTAAATGGCACACATTAATGTATTAACATGGGAGGCAGCATTGATATAAAAACAGGTTCTTGCCAATTTGTTCTCTCTCTGATCAAGTAAGCTGCAAACAGTATATTTTGAACCTATTTTTTTGGTATTCATTGTAGTATAAATGGTTATAATGATTTTCAAGTGTGTTCTTCCTATCTAAACAATATGCATTAATTTGAAACAATGAAATTGCCATTTTTCTAAGTCAGAAATGTTCAAACATCTGCCATTTCTTATAGTTCAACATAATACAGTAAGAAAGGATTAACCAGGCAATAAAGAAAGAGGTTCAGGAGATTTGGGAGATATTCCCAGGGGATATCCCCAGAGGCTGAATGGTCCTGGAGAAATCATAAGCATCCTTGTGCTTGTTTTCTTATTTTCACTGTGAGGCTAATGAAATAAAATAAAATGGCCAATTAAAATTTGATAGTGTTTTGATAGTGTTGTTGTTGTTTGAGGTGGAGTGTCGCTCTGTCACCCAGGCTTAACTACAGTGAGACAATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCATGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCACCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGCGATGGAGTTTTATCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCTGGCGATCCTCCCACTTCGTCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTAAGCCACCACGCCCAGCCAAAGTTCGGCAGAGTGTTTAGTGATGCCCAAACACAAACACAATATGGTTTCAGATGAGTATTCCTTATTTTTCCAATCCACGTTAGACTTGGGGAAATAGCCCTTGTCCCCTTGATGATGGGCCCTTTAATGTAAGTAATATTGCAGCCTTGCAGAGGTACATTCTACTTGAATGGCTAGCTCATTTTTATATAATGCCCCAGGCCACGCAGGCTGCTTGGCATCTTTGTGGAACTACGCTTACTGTCCCATCAAGCCTGTTTAGCAATTATTGTGTGTCATTATTAAAATATTATTCTCTTATTGTGAAGAAAAGATACTAAAGCATGCTGTAGGTCAGTCATTTTCTAGTGACAGGGATTAGAGGACTAGAATCCATTCAATTTTTAAAACTTTACCTACGAATAGTTAGAAAATATATGCTTGAAATAATCTCATTCTAGTTTATTGTTATTGTTTATTTTCTAAGCCTTCTTTACAAATATATTTTCCCACTGTAATTCAGTTTAAATGGATGGTTTTTACTTCTTAATAAAATTATTGACTATTGATTTATATCTGATACAATCCTTTGTAGTATTCAATGCTGATGTTGAAAAAATTCAGCCACAATGAATAAGGAGTGTTCCCAAGGACCCTCAGACAAAAAAAGAAAAACAAAAGAAAACATGAAACTACCCCCAGGATCGGAATGAAAATGTATTTGCTCCTAACATCAGATGTCTTCGGTTTAGAATACTTATTTCAACTTGAAATTTTCTTAATTTGTAGACATAATCTTGACATCTGGGAATAAGAGATTTAGGACACTACTGCATTGCAAATGATGACTCTTTAGTGCAGTCAATGTTTTTATCTTAAAGAAAATGATTTTACCTTTCATGACAATAATAAATGTGACCTAGAAAAGTGTTCCTTAAATAATTCCAAGCTTATTATATTAATTAGCGAATATTAATTGATAGCAAACCTAATCATCTTTTCTTCTAATTTGGTCACGACTTCTGTTCCTTTGCAATCCTATTCTCACCCCATTTTATCTTTTATAAAAATACACAGAGGGTGTCTCTTTTTCACATTGGTAAATGTTTTAAATATCAGAAAGTTAATTTTCTCTATTTTTAACATAAGCAAATATTTTAATATAATCAATTATATTTAATACATTACATATAAAAACATCTACTATTTCTATTACTGGGCCTAAGATTACTATTTCTATCACTGGGCCTAAGACTACTATTTCTATCACTGGGCCTAAGATAGGTACATACTCAATATACAATTGAATTTTAAAGAAAAAATATTTACTAAGATAAAATAAAGAGTGAAATGCCAGAGTTCTTATAAATTGTTGCTACAAATTATATCATATGTTTAAAAGGATAACTTTAATGGAAAAATGGGTCTAGAGATACTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGCACTGTCACCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAATTTGCTGGGATTACAGGCACCCACCACCACACCTAGCTAATTTTTTGTATTTTTATAGAGACAGGGTTTCACTATGTTGGCCATGCTGGCCTCAGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCTCGAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCAACACGCCCGGCCCATCTTGGTTATTTTGTTCACAGTGTTGGGTGAAAGGGTTAAGTCATGACTAATTGCTATCATATGAATTTCTGCCCAGTGTTGTAATACAGAAATTTGGTGTTTCTCTTTAGACCATTTGATGTGGACAGAGAATGAAATGTAAAATATGCCTCTCTTCAGAAAGAAGACTTACGTTGAAAGAAATAAGCAGAATAGTGTGCCTATACCTTTTATACCTCTCCCAGGTGCATGAAGGAGGCTTCCCAACTGGTGGGATTCTTTGGAGAGCGATCAGTCAAGGAAAAGCCTCCTTTGATGGAGAATCCTCCAATGTCAGTCTCTGAAGATCTTTTCGGTGAAGCTCTGCTGTTCCTCCAGCGAGGAATCCTATGTTCTTTGGCCTGGAAAGTGGTAGGAAGAGTGTAGAGCCGGTTGCCTGGCTGCAAGAGAAGAAGCCTGGGAAAGCCTCACCCTTTTTGAACAGGGTCTCTCTCCTCCCCTCCAGCACTTCTGCTGTCATGTCACCTGGAGCATCTCTGGGCAATCTTAATAGAAAGTAAATCTTCCATATTCTGAAAGGGTACGAGAAGCAGCATTCACCTGGCTGCACAGGATTTAGATGAGGATCTGACTGTTAGCCCATTTGCCTCTACCTTCACTTCCAAGCTAGCAGTGCCTCCAATCCAGAATCCCCTAGGGTGCTACACTGTGACTTCTCTCGCTTCTCATGGTGCTCCTCTCTACTGCTGCTTTGCCAATTCCCCTACTTCTCTTCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCTTCTCCTCTCATTTCGTTTCTTTCTAGACAGGGACTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCATTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCATCTCCCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTGGCTGGGAGTACAGGCGCCCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCGCCATGTTGACCAGGCTGGTCTCGAGCTCCTGACCTCGAGTGATCTGCCCACCTCGACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCACCAGGCCCCCCACATGCCTTTTTATCATCTACCAACTTGCTGACATTGCACACTAGCTGTTCTTTCCCTTTCTCTTTGACTTTGTCAGTTCGCATCTTTTAAACTTTTTCTTCACTCATTTTCTAGTGGGCTTTGTGAGAAGGAAAAAATTAAATTCATGTGTTCAATCAAACCAAAAGTCCCCAACTCCTTCTTAACTCTTACCTTCAAAACTATACTTAGCCCATTGTTTTCCAGTAAAAGAGGAAAGTATGTCAGTATAAACAGACTGTAGTTTAAAGCAAGGAAATTACATTTTTCCCTCTGAGAACGATTTTGCCTCCTGAGGAATAATTCCGTAGAAGCAACAACAGTTATTGGGGTCACCACAAGAATTAAATGCTAGGGATACCAAAATTAGCAAGGTGTGACCTTTGCTTTCAAAAATCTTACTCTAGGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGAGGATCACTCAAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTCACAACATAGGGAGAAAAAGACACAAGCTCCATAAGCAGAGACCAGCGTGCAGATTTTGACTACGCCACTTCCTTGATGTGTAACATTAAATAACTGATTAAAATGCTCCTGTGCCTTTCCACAGCATAACACAAACAGCACATTAGGATAGCGAAAAGAACCAGAGTCCTTCCTCTGTTTTTGTGATGAAACAGATTCAATTCTAGTTAACACTCAGTGTCATTCTGTGTGGTGAGAGGCTGGGAAAGTCTGGGAGAATTTCCTCGGCGACTCTAAGATTAGGGATGGCCTGCGGCTGCATCCGACTTCCTGGAGCTACTGAAGTCTGAACTCTGGTCTCATGAAAAATTCAAGGTTGATACATTTATAAAATTCTTTTTGTTCTTGCAG
Seq C2 exon
TTTTTTCAAGGGGGAACATGGCAAAGGTGTTCAGTTTCATCCTTGTTACCACCGCTCTGACAATGGGCAGGGAAATTTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000104760-FGL1:NM_004467:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)