HsaINT0071259 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000148358 | GPR107
Description
G protein-coupled receptor 107 [Source:HGNC Symbol;Acc:17830]
Coordinates
chr9:132869775-132887243:+
Coord C1 exon
chr9:132869775-132869818
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
17375 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGCAAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CTGCTATTAACTTAGCAAAGCTGAAACTTTTCAGACATTATTACGTCTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000148358-GPR107:NM_020960:14
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF068148=Lung_7-TM_R=FE(5.2=100)
A:
NA
C2:
PF068148=Lung_7-TM_R=FE(20.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)