HsaINT0073479 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000125484 | GTF3C4
Description
general transcription factor IIIC subunit 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:4667]
Coordinates
chr9:132687239-132694955:+
Coord C1 exon
chr9:132687239-132687327
Coord A exon
chr9:132687328-132688880
Coord C2 exon
chr9:132688881-132694955
Length
1553 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
CACTTGTCCTCCTTTTGCAGATC
3' ss Score
11.81
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTTCTTAACCTACCAGTCCTGCCAGAGTTTGATATATAGAAGGTGTTTGCTCCATGACAGCATTGCCCGGCATCCAGCTCCAGAAG
Seq A exon
GTGAGTGCTTTCCCTTACTTGGGAGGGTGGGTGGGTGGAACATGCTGGCAGAGGGCCAGCGCCCCAGAATAACAGTTCTAGTCACGCTCTACACTTCTTGGTATTGTGTTGTCGGGGGTGGGGGGTGGGGAGTAGGCCCCTGCTGCTCTTTACGGTGTTACTGTGAAGCCACAGCTAACTAAAACATGGCCATTGGAATATGTCATATTGAAGTGCTTACTGCATTTAGTATGTAAGTTTGTCTGCGTTGCTATTCTGTCACTGCAAACAAATTATTCATTCCAAAAAATGTCAGAGCTTGTTTCAGTAGATGACATAGATAGATTATATTTGAATGTAAACTCTGTGGATGATACTTTATACGAAGACATTATTGAACCAGTAATAGGATATTCACTTGGAGTCATTCTTCCAGTAGCCATGATGGGTTTTTTTCCTGGTTGGTCTATGTGCTCTTTCCTGATAGTTCTAATGTCATCCGTTTCTGAGATAACTACCTGGAAATAAGATTGTAGAGTGGGCAGGAATTAGTGATTTAATAATGACGCAAATGTCAGATTTTGTCCTGACGTTAATAATGCACTCTAACCAAGTGAGCTAACTAGGTACAGAATATACAATTTTATATGTATTTTGAGGGGAATATTCTATTCTCAGCTGAAACAAACAGCATTCTATATAAAACTACATAAATTCTTGAGCTTTGCTCTAAACTGGCAGAAGCTCTCTAATTCTCATAAGTTGGTATGTTGATACCTTGTGTTCTGTTGTAGCTTTTTATTAGGGAAACAACAATCATACACAAAAGGAAAGAGAAGGGTATAATAAACCACTGTGTGCCCATCACTTCAGAAATTATTGACTCATGGCCTTTTCTGTTTCATGTGTAGTTCCCTCACCCACCTCCCTCCTCCTGATGGATTATTTTGAAACACATTTTTGGGAACTTTTAAATTTTTACTGCAATTGATAATGGATATGCTGCTTAGGCAGGAAATCTGGAAGAGATTGAAACTTTAAAAATCTTACCCATTGACTTTGAGTCTAGCCATTTAAAGCTTTTGAGAAGAATGAGAAGCTACTGGATCTAAGAAGAGCACTGGAGTAGAGTTTTTCATAGATGAAAGACGAGGAGGATTTGACCAGTGTTGCCGCATTTTTATTTCTCAAGGGCATAGCATTTTTTAAAAATTCCTATTACTGTAATTTTATGAGAGAATATTTTAACATTAACAATGTATGAAGAACACATTCTCGGAATATACTCCTTTCTTTAAATTGAATAAATTTAGCTTTATGAAACATTCTTCATTACCCTTATTTTCCTGTTTCATTACATTTAACTTTGTGAACCACAAGTTTAGTCCAGCCTCATTTGGAATGATAGAAACCGAAGCCCAAAGAAGTGAAGTGCTTTGTCTAGGGATATGTAGCTGGTTTATTGCAGAGGTGGGACCAGAATGCCCGTCTCTCAACGCTACAGTCCGGTATTCATCCCTTTTGACTGTCTTTTCCGAAGCTAACAGTTGATACCACTTGTCCTCCTTTTGCAG
Seq C2 exon
ATCCCGACTGGATTAAGAGGTTACTGCAAAGCCCCTGCCCTTTCTGTGATTCTCCTGTCTTCTAAATAATCAGTGACGGGAAGATGGAAGGGCATGATGAACTCTGCCATAGAAAACTTCCTCCAGCCTGAAGAGAAGGATGCACTGGAGGAAGCCGGACCCTCACGAGTGGAGAGAAGTCCTTGGTGATTGTAAAGAGGGCCCCTGGAGCTCATTTCTGAATCGCACTCTCCATTTCCAGAGACTAAAGGATGTCCTTTGAAATGGCTGGACTCAGAGAGTTGGAGTCGTTTTGAGATGAGCATTAGCCCCAGCTTTGTAACCAATGAGGAACACTTACTTATTTTTAAGTATCTTGACAGAAGCAATTTGAACACAGTGTCCCGTCATTTCTAGAAACAGAATGGTCTCTTCTAGAGAGCTTGGATAAGGACCTTGCTGGGTTGAGTTAGGTTTTAATCCTTGCTTTGGTTTGGAACTGCCTTCGGGCTCCAGAACTTAAATTGCTTGGTCCGTGGCATCTGATGTACCAACAGAGATTAAAAGTGTAAAGCAACACATGGGCTGATGTTTTGTTCTCAGAAAATAGCTGCTGGTCTGCATCCCTCCATTCTTGTTTTTTATGCATATGGAAAACATTTTCCTAAAACTCTATATTCTTAAGTTGAAGCCAAGACTAAAATTTAATGTGTCAAATGATCTGGTGACTATTATAATGAATAATTGTGACTTATTTTTCATTCTCTCCTGGGTCATCAGGTTTCCTGACCCAACTCCTTAATCCGTATAAAGATGTCAAATACTGTAGTTCACCCACGCCACAGCCCTGCTTCAGACTTAACTGTGGTAGCCTAGATGAGCTATTTGTACACAGAGGAAAAAAAGATATTTTCCTCTTTTAGTAATAAGACTTTCAGTATTTTTAATGTTGACATTTCCAGATGTTTCATTTAGTATCCAGGGGTCTGTCTGGAGACTTCTAGAGAGGGACAGCTCAGAAGTGAGACCCTTGAGCTCTGGTGCTGTAAGCTTGTGCAATTAAGTTGAACAGAGCCTGGGAATTTCTTTCCTCTGCACAGTCCCTTGATATTTGGAATCCAGGTTCTGCCCCCAACCCCTACCCACCCAGTGGTCTGTTAAGATGTCTCAGATGGGGCTGGGCTTGGTGGCTCATGCCTGTACTCTCAACACTTTGGGAAGCAAAGGCAGGCAGATCACAAGGTCAGGAGTTCAGCCTAACCAACATGGTGAAACCGTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCAGACGGGTCACTTGAGGCCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAATATGGCGAGACTCCGTCTCTACTACAAATACAAAAGTTAGCCTGGCATGGTGGCGCATGCCTGTAATCTCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGCATCACTTCAACCCAGGAGGCAGAAGCTGCAGTCAGCCGAGGTGGCACCACTGCACTTCAGCCTGGGCAAGACTGGAGACTGCCTCAAAAAAAAAAGAAAAAAAATGTTGGTACTTAGATGATACCATGACGGCAACCTCCCCACCCCCACCCCGCATTGATAGGTAGTGCAGACCAGCCCTTGGAGGCACTTCTAAACAGTCTGCTCAGAAATGTTTTCTGTTTCCTATTCAAATTGCTGTTTTGTCTCCTATGTTTAATCATGTATTTGCTATTCTGCTTATTTTTCTCATTTGGTGGTAATTTCAAGAAGAGCGTTTATCCACTATTGATTTTCAAGAAAGAAACCAAGCAGCATTGAAATCATGAGTAACAGAATTCAGAACATTGTATGGTGGAAGTCATTTGTGTCTGCAGCTGTTTTTTCACTTTACAATAAATAAGAGTAAAAATTGAGATCATGTCAAAAAATTATTGCAGTTTTAATCATTATGGCATAGTTTCACTTCCCCTCCCCCCATTAGAATCAGTGGAGATTTGTTCTTACTAGGGAATTTTGGACTGCTGCCATTTAAAACTTAGGTTTTTATTTAAAGCAGTTGTGCATTTTTGAGAAAATGTATTGGGAGTAACTAGAGAGGATCTCCCAAATTTTTTTGTATGTCTCTCTAGGAGTAAACATGGCAACAGTTTTTCTAGAACGTGGACTCACTGCAGGGACTGGACCCAATGGCATTGTTAAGACCCTAAAATCTAGCCACCACCTGCCTCCCCCAGGTTTCCACACACCCAGTTGGAAGGCCTTTCCCTGCCCTTGTCCCTGTCTCACACCCATGGAGGTTAAGCTACAGAGCTGGGGAAACAGGAGATTTTGAGTTAATGGCAGCCTCACAAATAGTGCTTCTGAATTTCTCTGAGGGTCAGCATACCTCATGGGAGTGTGTTGCTCAGTGCAACCTTGGAAAAGTGGGAATGGCACCAGACGTTTTTCAGGTGCCTCTTGCAATTCAAACTTACATCCTCTATACCGTCCTAAAATTTGCCTGATCTTATTTGGTAGATTTCAAGTTGCTTTCAGCTGTGACCGTAATAACTGTTTCAGGAACTGGAGAAATAGTGGAAGTGCTATTGCCGCGCTGCATGTAAAGCACAGGAGCAAAGATTCGATACAATTAGACCCTTTAAGCTACAACGTGGTTGCATTTGGGGAGTCTGATACCCACATAGGTATCACATTTTCTCTGCCTGGGGTTAATTTGTTCTTATTATTCTAGGTAAGAAATTGATAGCTTGTTATGCTTGGTACTCATTCTGAAATCCCTGTGTGTCCACCAGGCAGACTTCAAGCAATCTCTACCTACTATTATATCTGCCAAAACTACCAATTATTTTTCAATGTCAGAAGTTATTAGAGCCACTGGCAAAGCTCATGGTTGAATATGACATTTTTCTGCTTTTCCCTCTAAGAAGTTTTTGAGAATGTTAATGTTGAAGTATGCAGGCTGGACCTACCAGCAAGTTTAACACGTTAATTAGGTTAAAAAGAATATTAAAAGGCAATAATTAAATATTTCAATTATTTTGTAATTATAATGGTATCAAATAAGATGCAAAAGAAGTTGATGCTTATTGGTGCTTAAGAGAATTACAATACTGGTTTTATGAGCATCTTTTCTCTGCAACAGTTAAACTGCCTCAGAGTTTGTGAATTGCTGCAATTCCTGGAATGGAAACAGGAATTAGGGTCACTGGTTGATTGGCACAGGATCTTTCCATCGTTTCTGCTCCTGACCTCTCTCTCTTGCCTTTCCTTCCCCCAGACACCCTCTTGGTTTCCATTCCTTTAGTTCCCTCTGCTTTAGAACACAGATTACATGTTGGAAAGAAAAATGGATTAATGGTAAAATTTCTAAAAGCTAAATTGTACAGTGGGGTCTCACTTCCTAGAAGAAACTATTGGTAATATTTCTTTCTAAAGGTAATAGTATTAATTGTATCTGGTTTTCTTCAAAACTTAACTATAATTTCCTTGTCAGGGTGCTCAGTAGCTCTTGGTTTGACTTTGGGCTAAGGGATGTGAAATTTTAGCTCCTTCCCACCACCTGTTTCCCCTCACTCCCACCCCCAGCCAATATTCTTCATAAGCAAAAATTATGGTTAAGCTAAGCTGAATGGGTTATATTCAAAGTAAGTACAGACGGCAAATAGGCAGACAAATACAGGAATGTCTTTACAATTAGCCCACCATGGACTGTTTTGAGTCTCTGCATGGTTTCCATAATTCATTATGATGTATCTTTATGCTCTTTCACTGCTCTTCTGTGCGTTGGAGTTTAGCAATTCAGTGAGACTGGGGAGTGTCTCAAGAATGGAACCTTTGCCTTCAAGGTTGGGTCATCAAAAATCCCTCTAAAGGATCTAACTGTAATGAACTGTTTTTATTTTTGCCATTAGTGCAAGTATCAACTGGCAGCCTCAAACAGCTTTAGACTATGTCTCAGGTCTCTCATAGTTATACTTAGAACTGCTCTTTCTTGAAGCTAAAAGAGGTTTTTGGAGTAAAGATCTGCTTCATGTCTGCTAGCATGGTATCTGCTGTTCAACCTAGTATAGAGCATGTGAAATGCAACTGTCCTTTAATGGAATTCAGCCAAACTCCAAAAATACTGAGTTGCTTCTAGTTATCTAAAGTAGTACAGAATCACTATCCCGATGAAGAAGTGGGGTTTTTCAGAAGATTGTAAACTCATTTCCATGGCACAGATACAAATCATCGTCAGGACTTGTTAGCCAGTCCATGTCTCATTGATAGGATGTAGCCTGCCATCTGCATAGATGGTTTAACATGGTGCTGTTTTTGAAAACTTGCTGTGGAAATAAATTTGACAGACGAGTAGTTATTTGTAAAGCTGTCCTAGAAAGAGGTTAATTCTTTTGGTATATGAATATTTCTCCTCCAATCCTTTTAATTAGGTGGTTCAGCTTATCTTGTATTTTCTGAGTCATAACTATACTCTAGGGCCAAGACCTACTATAAAATCTGGGGTCCTAACCAGAGAGTTGTTTAGATCAATATGATATGCTTTGCCAACATGATCTAAGAAGGTATTCATTCTTTCTGGGTTTGAGAAGAGTTGACGAAAGTGTAAGATTATACTCTCATGCTAAAATAAGGTATAGGCTAAGTGAAATACTGTAAATGGGTTGGTTAGAATTAAAGTTTAGAACTCTAAATCTTATGCTTATTTTTAAAGTAAAAAGTTGCCTCACTGTCATGAAATCCTGTTACTTTCATTAAAAAAAAAAATCCTGTAAAATGGTCAAATTGGATAATGTAAGAGATAATGATGGCTTTGAGGCATTTCATACTTTACCAGTTTACATTTGGCTAGCAGACTGGTAAGGTTTAGGGTTCTCTCCACTAATGGAAAATTAAATGCTAAACGTCCTAAGAATTATGTTGTTTTCAAGGCTTTGACTCAGATTTGTACTTTGATGTATGAAAGTGAATATCAAACTTGTTTAT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000125484:ENST00000372146:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF126602=zf-TFIIIC=FE(33.3=100)
A:
NA
C2:
PF126602=zf-TFIIIC=PD(22.2=90.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TTGCTCCATGACAGCATTGCC
R:
GCTGGGGCTAATGCTCATCTC
Band lengths:
355-1908
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development