HsaINT0075332 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198265 | HELZ
Description
helicase with zinc finger [Source:HGNC Symbol;Acc:16878]
Coordinates
chr17:65199435-65212051:-
Coord C1 exon
chr17:65212015-65212051
Coord A exon
chr17:65199560-65212014
Coord C2 exon
chr17:65199435-65199559
Length
12455 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGT
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
TGGCTGTTCTTTCATGGCAGTGC
3' ss Score
7.65
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAAATTATGTGCAAGCTGATGAAGATTGTAGACATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGCTGGGAGAAGGACTGGCCAAGGGAGAAGATGCCTTTCGGGCAGTGCTTTGCTGCATGCAGCTGAAAGGGAAGCTCCAACCTGTATCCACCATTCTTGCCAAGTCACTCACAGGAGAGTCCCTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198265-HELZ:NM_014877:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF134141=TPR_11=FE(14.6=100)
A:
NA
C2:
PF134141=TPR_11=PD(2.4=4.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)