HsaINT0084302 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr1:210775348-210797760:-
Coord C1 exon
chr1:210797508-210797760
Coord A exon
chr1:210775545-210797507
Coord C2 exon
chr1:210775348-210775544
Length
21963 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAGGT
5' ss Score
7.92
3' ss Seq
TGACAACCTTCTCTCCTTAGGAA
3' ss Score
10.75
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
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Main Inclusion Isoform:
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Other Inclusion Isoforms:
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Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development