HsaINT0090237 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000053747 | LAMA3
Description
laminin subunit alpha 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6483]
Coordinates
chr18:23847464-23857988:+
Coord C1 exon
chr18:23847464-23847668
Coord A exon
chr18:23847669-23857843
Coord C2 exon
chr18:23857844-23857988
Length
10175 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TTCCTTTACTTTGTGTACAGATG
3' ss Score
7.87
Exon sequences
Seq C1 exon
CGTGCAGCTGTGGTCGGCGCCTTTGTGAAGAGATGACGGGGCAGTGCCGCTGCCCTCCCCGCACGGTCAGGCCCCAGTGTGAGGTGTGTGAGACACACTCATTCAGCTTCCACCCCATGGCCGGCTGCGAAGGCTGCAACTGTTCCAGGAGGGGCACCATCGAGGCTGCCATGCCGGAGTGTGACCGGGACAGCGGGCAGTGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGCAAGCCCAGAATCACAGGGCGGCAGTGTGACCGATGTGCTTCCGGGTTTTACCGCTTTCCTGAGTGTGTTCCCTGCAATTGCAACAGAGATGGGACTGAGCCAGGAGTGTGTGACCCAGGGACCGGGGCTTGCCTCTGCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000053747:ENST00000313654:32
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(6.1=4.3),PF0005319=Laminin_EGF=PU(46.9=33.3)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(51.0=51.0),PF0005319=Laminin_EGF=PU(44.9=44.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development