Special

HsaINT0090836 @ hg19

Intron Retention

Gene
Description
ceramide synthase 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:23747]
Coordinates
chr19:8275590-8316133:+
Coord C1 exon
chr19:8275590-8275746
Coord A exon
chr19:8275747-8315959
Coord C2 exon
chr19:8315960-8316133
Length
40213 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACTT
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
ACTGGAACCTGTGTCCACAGAAT
3' ss Score
6.43
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCAGCTGCTGTGAATAAACACAGAAGTGGAGCTGGGGGACTGATTAGAAGCCTCATTCAGTGCACCTGGGCCCCAGCAGGCCCAGCCAGGCGTGGAGGAAGAGGCATTGAGGACTTTCCTTACCTGTTTTTCCAGCTCACCCACTGCCAGCAGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AATGCTGTCCAGTTTCAACGAGTGGTTTTGGCAGGACAGGTTCTGGTTACCACCCAATGTCACGTGGACAGAGCTAGAAGACCGGGATGGCCGTGTCTACCCCCACCCCCAGGACTTGTTGGCAGCCCTGCCCCTGGCGCTGGTCCTCCTGGCCATGCGCCTTGCCTTTGAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000090661-LASS4:NM_024552:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.017
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
PF067288=PIG-U=PU(13.7=36.2)


Main Inclusion Isoform:


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development