Special

HsaINT0093678 @ hg19

Intron Retention

Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr11:9779840-9830831:+
Coord C1 exon
chr11:9779840-9780050
Coord A exon
chr11:9780051-9829394
Coord C2 exon
chr11:9829395-9830831
Length
49344 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGC
5' ss Score
7.93
3' ss Seq
TTTTTCTTTTCCATTCCTAGGAG
3' ss Score
11.27
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGGTTCCAGCCCCGACCCGGGCGCGCGGGGCCGACTAGGGTCGGGTCCAGTGTGCGGTGGTCGCTCCGCTCCGGGCCGCTCCGCTCTGGGCGTCAGGGCGCGGGGAGCTGCCCCGGGGTTCTGTCCACCGGGGAGGAAAGCCACGAGCACTGAGCGCCTCCTGAGAGCCAGCCCTGACGTGAACTCATTTTATCTGCCACGACCCAGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGTCTACTGCTAAGATTTCAGCATGTCCTGTGGCTGAGTTAATCAGAGTTATGACAGGAAGGTACCGGGCACACCATCGCAATGCTCCATCAATGCTAGTATGTTGTGTTCTTTCCTTCATATCAAGTCAACTCAAGCTTGCTCTACTTACCTGGTGTACACAGTCTAAGAACTGTAAGAAGACTGGAGCAAAACCACTCCCCTGACAGTTGAGGGTCAAGCTGCTCCTCTGACTGAATTTGTGACCAAAAGAGAGCCACTCTTTTTCAACCAACATCTGGAAGCCTTCAAGTGTCCTATAAAAGGGATCACTGAGTAACTGAACCAGGGATGTCACCTAGGGCATAAGCAGGATGGATTGTCATTAATTTTAGTTCTGAAAAAGGCCTATTACTAAGATAAAAGCACTTCCTTCTGATGATAGCTAATTCACAAATTTACCTGGACAGCAAATTTGTTCACTAACCATTCCAGGATGGCCAATAAAATTAATTTTGTAAACTTGCCAGTAAAAACTAAAGCTCAAATTCATTTTGGCTACAAGTTTACTTTCAGGGAATTGAGACTTTAATCCTTAACTGGCCAGTTTGCTGACAGCAACCTTTTCCTAAGTTAATCAGAGGCCAGAGGATCAGTTAAAATCAATTCTACTTTTTGGCAGATGCAGATTAATGTCTTAATGTAGTCTGAACTCACACTTTTCACTCTGGAGTGAGTTAAGGCGGGGCTTATAGAGAGCCAGGGGATGGACTGACAAAACCCAGGAAGGATGGTCCACGCCTCACACTGCTGGTCAAGGGCTCCATCCGCAAGCCTGCATGGTACATCTGTGGATGGGAGAGCTTGATGCCCGGAGCCAGAGCTCCAGGCTGCGTAGGGGCTAAGAGCTCATGGTACGGAGTTTTCTGATGGATACCAGGTGCTGTTTAACACAGGACTTTCTCTGTCCATAAACACATTAGTCATTATACAAAAGAGTCATCTGAAGAATTTAAAAATGACCAAATGGAAATATAAATATAAAATATCAAAAAATATGTCTAATAGTTTACTTGTGCAGTGATGTCCCAGCCTTCCTCCAAACAGACCAAAACTGAGGAACCATTCTCAAGTACTTCTGATACAACCACAGCCAGCTGCATTATCCTGTGAAGCTAAGAGACAGGAAGGAGAACACAATTAGACCAAGCGCTTTCTGAGTGCAGAAGTCAGAGAGAGTTGCTTTCAACCCTGGATAATCAAACGACTTAGGGATAAAGCGCTTGCACAAAAGAACCACATAATGTTTTAAATACCTAAAGTTCTTTCAAATCAAGATTAAACAATGACACTTTTGACTGGATGCAATGACTCATGCCCATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGCCGGGCAGGTCATTTGAGGTTCGGAGTTCGAGACCAGCCTGGGCAACATA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-LOC283104:NR_036485:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

NonCoding

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NA


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains