HsaINT0108166 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000145555 | MYO10
Description
myosin X [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:7593]
Coordinates
chr5:16711121-16754908:-
Coord C1 exon
chr5:16754828-16754908
Coord A exon
chr5:16711246-16754827
Coord C2 exon
chr5:16711121-16711245
Length
43582 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGA
5' ss Score
10.57
3' ss Seq
TTTTTTTTTGCATGGTTTAGATG
3' ss Score
7.22
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development