HsaINT0124977 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000139144 | PIK3C2G
Description
phosphoinositide-3-kinase, class 2, gamma polypeptide [Source:HGNC Symbol;Acc:8973]
Coordinates
chr12:18414474-18435693:+
Coord C1 exon
chr12:18414474-18414511
Coord A exon
chr12:18414512-18434937
Coord C2 exon
chr12:18434938-18435693
Length
20426 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
TCATTTTATGCTTTTTCTAGGAA
3' ss Score
9.85
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAAATTTCTATCTTCTTTTGTATTATCAAGGAGATATTTGGAGCAGAGTCAACCCTCTCAGTTACATAAAATAAAAAATGGCATATTCTTGGCAAACGGATCCAAATCCTAATGAATCACACGAAAAGCAGTATGAACACCAAGAATTTCTCTTTGTAAATCAACCCCATTCTTCTAGCCAAGTCAGTCTGGGTTTTGATCAGATAGTAGATGAGATCAGTGGCAAAATTCCACACTACGAGAGTGAAATTGATGAAAACACCTTTTTTGTGCCCACTGCACCAAAATGGGACTCAACAGGGCATTCATTAAATGAAGCACACCAAATATCCTTGAATGAATTCACTTCTAAAAGCCGTGAACTCTCCTGGCATCAAGTTAGCAAAGCACCAGCAATTGGTTTTAGTCCTTCTGTGTTACCAAAACCTCAAAATACGAATAAAGAATGCTCCTGGGGAAGCCCCATAGGAAAACATCATGGTGCTGATGATTCCAGATTCAGTATTTTAGCTCCATCATTCACAAGTTTGGATAAAATTAATCTAGAGAAAGAATTAGAAAATGAAAATCATAACTACCATATAGGATTTGAAAGTAGCATTCCTCCAACAAATTCATCCTTCTCAAGTGACTTCATGCCGAAAGAAGAGAATAAAAGGAGTGGACATGTGAACATTGTGGAACCATCTTTGATGCTTTTGAAAGGCTCTCTTCAACCCGGAATGTGGGAAAGTACATGGCAGAAGAATATAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139144-PIK3C2G:NM_004570:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.345
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)