HsaINT0126240 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000184363 | PKP3
Description
plakophilin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:9025]
Coordinates
chr11:400535-403263:+
Coord C1 exon
chr11:400535-400705
Coord A exon
chr11:400706-403077
Coord C2 exon
chr11:403078-403263
Length
2372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGGGC
5' ss Score
6.32
3' ss Seq
CTCCTCCCCGCCCTGCGCAGCTG
3' ss Score
8.77
Exon sequences
Seq C1 exon
AGCGTGGAGAACGCGGTGTGCGTCCTGCGGAACCTGTCCTACCGCCTCTACGACGAGATGCCGCCGTCCGCGCTGCAGCGGCTGGAGGGTCGCGGCCGCAGGGACCTGGCGGGGGCGCCGCCGGGAGAGGTCGTGGGCTGCTTCACGCCGCAGAGCCGGCGGCTGCGCGAG
Seq A exon
GTGGGCACCAGCCTGAGCGGGGCGTGGGGTGGGTGCTGCGACCCCGGCCCCGCTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGACCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACACCTGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGTTCACACCCGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGTTCACACCCGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGGCCCCGCTCACACCCGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGACCCCGCTCACCCCCGACCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGACCCCGCTCACCCCAGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCTCCACTGACCCCGGCCCCGCTCACCCCGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACCCCGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGACCCGCTCACCCCGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGACCCGCTCACCCCGACCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCTGCCCCGCTCACCCCGGGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACCCCGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCGGGACCCGCTCACCCCGACCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGACCCCCGGCCCCGCTCACCCCCGCCCCGCTCACCCCGGACCCCGCTCACCCCCGCCCCACTCACACCCGACCCGCTCACCCCGACCCGCTCACCCCGACCCGCTCACCCCGACCCCGCCGACTCCTCCCCGCCCTGCGCAG
Seq C2 exon
CTGCCCCTCGCCGCCGATGCGCTCACCTTCGCGGAGGTGTCCAAGGACCCCAAGGGCCTCGAGTGGCTGTGGAGCCCCCAGATCGTGGGGCTGTACAACCGGCTGCTGCAGCGCTGCGAGCTCAACCGGCACACGACGGAGGCGGCCGCCGGGGCGCTGCAGAACATCACGGCAGGCGACCGCAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000184363-PKP3:NM_007183:8
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.140 A=NA C2=0.032
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)