HsaINT0138680 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000144642 | RBMS3
Description
RNA binding motif, single stranded interacting protein 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:13427]
Coordinates
chr3:29985698-30029714:+
Coord C1 exon
chr3:29985698-29985745
Coord A exon
chr3:29985746-30029633
Coord C2 exon
chr3:30029634-30029714
Length
43888 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGA
5' ss Score
9.79
3' ss Seq
TTTTCTTTGATTCTCTCTAGTAT
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCAATCCCAAGACAGGATTATGATACTCCACCAGCTGTTGTGTCAG
Seq A exon
GTAGGAAAATTCTAATTCTTTTAAGACTGGATTGGAGGGGAGAGATGGAGGTTGCCTGGTTTTTTCCCAAACTCTTTAAAGCAGTGATTCTCAACAGAGGTGGGTGCAGGAAATTTGAATTCCAGTTTGCAAGGGGGCATGTGTAGTTCAGAAACATAAACTTAATATTATAATTCAGTTATATATCTGGAAAATAAATGTGTTGCATTTTAAATAGAAAGTAAAAACTCAAAACCATTTTATCTGTCAAGGATACACAGAAGATAGAGTCTGTGTTCTGTGTATCAGTGATTCTCAGTGTTAGACACAGTCATCAAATTCCTGAAAAGTGGGAAAATAATTTTATGTATAGCAAAAGACGGCACAGATTAATAAAAAATAGTTTGAGAAGCACTGCTTTAGAGACCAGAATTCTTCTAAATTGGAAAATCATCCCATTTGCTTGCTCAGCACCCTGCATAGGGTCTGACACATAGTAGGTACTCAATATAATTGTTTGTTGAATGAATCTAAACTTCAAATTTGTTCCCAAAACGATTCTTTTGGATATTGAAAGAAAAGCTGCCATTATTCTATTTATACAAAAAAGTGGCAGAGGTTGATTTGAAAATATGTTAGTGTCTTGAGGGTTTTAACTAGCAATATTTCAGTTGTTTCATAAAATTTAGTAGTGCAGTTTGTAATAGGATATGTCTATGTAAAGAGGTGGATTTTTATTTTGAACTGCACAGATCTTCTTGTGCTTTCATTTTGATTTTGAATTTTGATTTATTGCAAAGAGAAAAATGGGCACAATTTTTTATTTCAGTTAATTTTTTAATTAAATAAAATACTGGCAATCTGAAGAGGAGGAATTCTTTGATTCTTTGACATGTCAGACAGCAAGGTCATAAAATACAAAGAGAAACATGCATTAGAAAGACAGAAGAAGAAACAAAGGTCAGAAATAGACTCAAAGACCCCATGGAGCAGTTGAATCTGTCAACCTGCTGGTGGTTTTCAAGCAGGGGAAATCTTGCTTTTGGCCACCCGTTTGCTTGACCCAGCATCTGAAGGGTAATTCTTTTTTAATTTCTTATAGCCTTGTTTAGTTATGTTCCTGGCTGAATACTCATCTTTAAAGTTCAATTAATAATGTCCCATTGAGGAAGAATACGTTAGCATTTGGCCGCGAAGTCATTTCGGTCCTCTTTAAGGTCTCTACAATAAATTGCCACTACTGAAAATATCACTTAGTTTTTCCCAAAGTGTATTTCCTGTCATATCTTAACATGCCAATTTCATTTAGGATTTAGGGCCCCTGGGAAGAGACTATATTTCATACATGGTACTTTTGTTTAACAAGATACATCTACTCTTGGTAATTTACCAATATTCATAAAAATAAAAGACACAAACTAGAACTTACCTTCAACTGGGTTTCCTGATTTTACTTTCAAGAACATAATGAAGAAAGCAAGCAAATCATTAAAAGTACTTATCAGATATCAGTCATAGGTCAGGCTCTACGTAAGTCAATTGAGGCAGAAGATCTGGCTGACAATCTAGGCTCAGGAGTTCTCACCTGATTGCATACACAGGGCCACTGAAAGTTCTAGAGCAGATAAATTACTTGATAAAAGCAATGCTTTAAGAAACTGAATCTGAAAGTTTTGTGTGGTCTTGAGCAAGAAGACATAAAAATCACATGGAACAGTTAAAAAGATTAGATATGACATATTGTATTTATAATAAAAAGTAGTCCTAGGTTCCCAGCAGTGGAGTATGAAGGAAGGGACCCAATATAGAGTTAATATGAAAAATAACATTTTGGGAGATTTCACAGTTATTTTCCCCTTGTAAGATTTAATTGGTAGTTTGACATAAGTTTCACAGACTTCTTTGGTCTACGTCTAAATAGAAATAGACTTGCCTTTCCAAAATGCTTGTTAATTGGCTGGTAGGACAACTTCAATGACTTTTGAGAAATTGAATCTGCTTTTCTCAATCCTTGGCCACATCAGGAAAGTGAAACAGGCAATAGCATTGTAATATCTCCTTCCCAAATCTTCCAATATGTCAATATTGGACAAAACAAATAACTCTTTGCCAGTGTAGAATCCAACTAAATTGTTTTAATTGATTGTAGTCGAGATATCTGCTTGACAATTTACAGATACATAACTTAATTTCATTCAATCAATATTTCAACATTTATTGAACAACTTCTGAGTGGTAGACACTACACAAAAGTACTGGGGATACAAAGATGAGCAGAAAATAGACCCCTGATTAAAATATTATGGTATAATATTAGACCATTATAACATTAATAGCAACATTTATTTGTGTTGTCGTGATGTGAAATGCATAAAGTATAGAGAATCAAGAATCTAGAAAGAATATTTGAAATCCTCAGGAAGACAAATACTGTTTGGTTTTCTGTGTAATATTAAGTGACATCATCTTCTGAGAGTGAGTGAGAGAAGGCACATAGTAAGGATTTAAGAAGAACAGAGATTTGGAAAACTATGGCATGAGAAGGCCTATGAACAATCCATAGAATTTTGAGGGGTAGTAGTGGGGGTTCATTTGAAGCTATGGACTATGTATTTGTGTGATTAATCTGTGAGAATGTTTGATTTTCTGCGGTCATGATTAGTAGCCAAGAAGGCAGACAGGCAAATTAATGCAGGGTTAATATTTACTAGGTGAAGTGAGGAAAAGGATAGTGTGCAATTATGATATTGGCAAGAAAGTAGTTGAGTGGCAAACTGTGGGTTTAAGGAAGAATAAAGAAGGAAGAAAAAAGAAGGCAGTGGTGGATGAGAGATAGAAAACAAAATATACAGATTAGCAGTTTCAATGAGATGTACTAACTACAATGTATTTTACTAACTACAATGTAGTTAGCAAAATACTTGGATTTAAGATTTTGGATAATGAACTATTTCTTGGCAAAGTTTGAATCATGGGAGCAGGTGGCCACAGTGGACTTGAGGTGAAAGTGACAGAAGTTAAGGGAGTTCATTAATGTGAACATAAAAAGTGACTAATGAAGTGGGGGTATCTTGCATATTTTAGTTTTGTTTTCTTCGTTCTTTGCCATTAATAAATTATACATGGCTCAAGAATATTTTACTTAGGAAGAGTCTGAGTTACATATTTAAGCTTCAACAATGAATATGTCTTAAAAATAATAATAATCTGGGAAGAAAGAGTTAAAGCAGAAATGGTGATGTTCAAAAGAAAGAAGGAAGCTTGGGAAACAAAAGCATCTCTGATTTATTTCCCTGGAGTCACCTCTTGTTGCCTACATCTCTGCTAGGCCTTACCTAGCTCATTTCAAGGAGGGAAGACAGAAGGCTGAAACTGCCCTCTACATTTTCACACCAAAGCAGGAATCTATTCTCCTTTTAGTATTTCTTTTCCATAACAACTATAACTCCTTTAAAAATCCTCCTCTCTTAAGCAAATGTTAATGAAAAAATATGTAAAGGCATAGTAAAATGCCATTTTCTATACATGGTTGGGTTTTATGAAACACCTATGAAAACCGAAGATAATTTGTAGTCAAATTTTTATTTCAGTTGTTTTGAGCTTAATTTCCTTGAATGACATCAGCATGAAATCAAGCAGAAGACTACTATCACTAGAGAACTAAAGTAGAATCAAAATCTGTCCTCTTTTTCTAAAAAGCTTTGAGTTCAGAATTTGAACCTAGGTTTGAAAAAAATTTTTTTTTAAAAAAGAAAAGAAAAACGGGGCCTGAAAAATACACTGAAAAGAACCTGTAGAACTTGTGGAGCATATTTTCATTCTTTGCTCTAACCTTTTATGCACCAGCTGAAACAGGCTGAAATAATAAGTGTTATCAGTACAACTTCATGATGAGATTTCACAGAAAAAGTTTGCATAAATCACAATATACTGGTCCAATAAGAAATTTTTAAATGTCTGATTTCTAACCATGGAGTTGTGCTCTACGAATAAAGTTCTTCATTGGAGTACATGATGCAATTAAGACAAAATTCACTGTTATAAACAGCATGCACTTTCTCACATTGTTTTTGTTTCAGCAATCTAAGTTTGCATTGGAAAGCCTCATTAATTTGGAATTTGTGATGTCCAAGCAAAGATTTAATTGAAGCCTATTTCTTATGCTGCATCTTAGGTGAGAATTGCTGTGTGAAACTATCCTCTATCATCCAGAGGAGGGAAAGGCAGAGTATTTTAGCTGCTTCAAAGAACAAGGAGAACAAGACCATCTTTCAAGCTCTAAGCAACATTTGTTTTCATAGATACCATGAGCTAATTACAAATAATTTCCATCTTTTAATTAAAAATTAAGTTCATTAGTACCTCCAATTAGCAACAATTAGCCATTAAATTGTTTTTATTGTAAAAGACCTGACACATTGTTATGTGTTCCCACAAGCCACACGTGAAAATCAGTTTCATTTTTTGGCTCAAATACCGTGCATTTATGTTGACTACAAAACTATCTTTCTTTACATGAGTTAATTGATTTTTTCTTTGTAATAAGTTCTTAGAGACTTTGCTTTACTTATTCTTCATTTATTCAACTAATATTTACAGAGTACCTACAGTGCTACAAAAAACTAAGGGTAGGTCCATTTCTTGCCCCCAAAGAACAAAGATTCTAACAGAGTAAAAGGTTATAAAGAAATGTCATGTAACATAGTATATGACAGACATCACAGGAGTGGTCTGCAGAGCAGGACTCTGTACATGATATGTGCGCAAGTATTTGACAAAAATAGGCATGTGAATGCTGAGTTATTGTGTTCCTGCTGGTGCATTTATTTTGTTCGCTAAATTATAAAAATTGAATCATTAAGAATTTTCCTATGGGACCATAATTGTTATTTATGTATTAAAATAGGCAACTAGATTGGACTAGTATATAAATATCACTGTTATTTAGCCCAGGTTGTTTTTTGGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCAGAGGATGGGATAGGTGGGTGTAAAATTCTATGCC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Protein Impact
No protein impact description available
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Features
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Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)