HsaINT0149318 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000109686 | SH3D19
Description
SH3 domain containing 19 [Source:HGNC Symbol;Acc:30418]
Coordinates
chr4:152086741-152096826:-
Coord C1 exon
chr4:152095822-152096826
Coord A exon
chr4:152086849-152095821
Coord C2 exon
chr4:152086741-152086848
Length
8973 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTGAGT
5' ss Score
8.83
3' ss Seq
TAAACTATGTTTTTCATTAGATC
3' ss Score
6.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATCCCTTTCAGCTCCCTGCAAAAACAGAACCAATAAAAGAACGAGCAGTTCAACCAGCACCCACCAGGAAGCCCACTGTAATTCGAATTCCAGCCAAACCAGGAAAAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000109686-SH3D19:NM_001128923:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.962 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)