HsaINT0163976 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000108239 | TBC1D12
Description
TBC1 domain family member 12 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:29082]
Coordinates
chr10:94522344-94531460:+
Coord C1 exon
chr10:94522344-94522453
Coord A exon
chr10:94522454-94531201
Coord C2 exon
chr10:94531202-94531460
Length
8748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
ATTTTTCCCTCTAATTTTAGGAT
3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTTGAAATATTTTGCAACATTTGAAGTATTCTTTGAAGAAAATCTTTCCAAATTATTTCTTCACTTCAAATCTTACAGTCTTACACCAGATATATACTTGATAGACTG
Seq A exon
GTAAGTCATAACATACGTAATATATAATAATGAAAAGGAAATAAAGTATAACTTTTTGTGTGTTTTAGGAACTAGAGTAAATCTCATGTGCAGGATTTTACATATAAAGAGCCTTCTTTTACAAATTTAGAAACTTCCAAATTTTTGTGGGGACGCATTTGATTAAGAGCATGGACTCGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGTCTGTAATCCGAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGTCCCACATGGCGAAACCCCGTCTCTACTAAATATACAAAAACTTAGTCTTGGCCAGGCACGGTGGCTCATGCCTGTAATCTTAGCACTTTGGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCGAAACCAGCCTGACTAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAGTACAAAAATTAGCCAGGTATAGTGGCATGCACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGCGATACTGCACTCCAGCCTGGTGACAGATCGAGACTCCAGCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACTTAGCTGGGTGTAGTCGCTGTAGGCTGCAGCAGGACAATTGTTGGAACCTGAGAGGCAGATGTTGCAGTGAACCGAGATCACACCCCAGCACTGCAGCCTGGACAACAGAGCGAAACTCTATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCATAGACTCTGGGTTGAAATCAGAATCTCTCAGTTTGTGTTTCAGTTTTTTGTCTATAAATTGGGAATAATATTATCTTTATCTTGAGTTGTAGCGAGGGTGTTTTACGTGGATTATCTCATTCAATGCCTAGCACATACTAAGCTCTCAGAGTTAGTTGCTATTTATTTTATTATTAACACACAAGGGCTTATGATAGTTATAATAGTGTTTCTTTACTAAGGGCTTCATATTGTTTCTTTTTATTTCAAGGTTTTATCAAGCTTTTTTTCCCCAAGATGACACCAATTTGAATTTTTTAATTTGATCTCCCTTCTTACATATTGTCTGAAATTTTTTTTAAAAATGTAATAAATGTAAATACGATATACTTTCTCCAAGTTTCACATATGAATAGCTCAGCTTTTTACTGTTCCACACACAATTTTATTTCCTAGATTTTCTCTAGCTTAAAAAAAAAGGCCAAGTGCAGTGGCTGACGCCTGTAGTCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCGGGAGGATTGCTGGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCACCACAGCAAGACCCCATTTCTACAAAAAATAAAAATAAAAAAATTGGCCAGACATAGTCGTGCATTCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCACAGGAGTTTAAGGTTACAGTGAGCTATGATTGCACCACTGTCCTCCAGCCTGGGTGACAGAACGAGATCCTATTAAAAAAAAATTATGTATGTTGCCAAATCATGTATACTGCAGACAGGATCACCATTTTATTACTTGTGTTTAAAGTTCAAAGTTTTTTAGACTTTTTGTTTGTCATATTAAGACTAATGATATTAATGGTGTTCCTAATAGGCATACAGCTCTCCTACAACCTGTAATTCAGGCACCAACGTTCCTTCCATTTTTTACTTCCACCGTCTTTAACAAGGCATTTTCAGGGTTTTCACAGAAGGGGAGAGAACAAGGAGACTCACAAGGGGAGATTTTGGGAAGCTAAGCCTAGAGGTATTACGCATCTCCTCCTCTCACATTCCACTGGCCAGGACTCAGTCATGTGGCCACAACTAACTGCAAGTGAAGATGCAAAATGTGGTTTAGCTGTTTGCCCAGAAAGAAAAAGAAATGGTTTGGTAAACAGCCAGTTTCTACCACACATACTTTTTTTCTGTTTAATCAGAACAACCACATAAGATATGTACTGTAAACCAGGGCATGATGGCTCACGCCTGTAATCCCAGTACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCCAACATGGTGAAACCCGATTTCTACTAAAAATAGAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTGCATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTTGGAGAATCCCTTGAACCAGGGAGTTGGAGGTTGCAGTGAGTCGAGATCGCGCCACAGCACTCTAGACAGAGCGAGACTCCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGATATGTACTGTAATTTTTACCACATACTGATGGGGAACCTGAAATTTTGTTTTTTATTTTTTCGTTCATTAAAAAATTTTTTTTTTATTTTTTATTTTTTGAGACAGTCTAGTTCTGTTGCCCGGGTTGGAGTGCAGTGGCGCAATCACAGCTCCTCCCACCTGGAACTCCTGGGCTCAAGCATTCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAGTTGGGATTACAGGTATGCGTCACCATGCCTGGATAATTGATACTGAAATTTTGATAGGCTTGAGTACCATACCTAATATTTCACAGTTAATAAATGGCAGAATAGAAACTAAAACCTCAGCAGTCCAGTTCCAGAAACCATATTCTTTATAAAGTTAACTACAACATGACCAACACTGATTTTACTGAAGAGGAATATTTAGGGTTTTTTTAGTTGTAAGAGAGGTGGGATTTTAGAACTGGAAGTAATCCAAATTCATCATTTTAGAGCTGAAGAAATTGAGATGCAGAAGTAGAATGTCATAGTGAAGGTCGAATCATTGCTGTTCAAGTATTATACAATATAAATAAACATTTTTTAAAGAAAATATAATGGCTGGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAAGCCGAGGTGGGCAAATCACCTGAGCTCAGGAGTTCCAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTTTCTACTAAAAATACGCCGGATGTGGTGGCCTGTGCCTGTAGTCCCAGCCACTCGGGAGGCTGAGGCACGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGGCCAAGGTTGCAGTAAGTCAGGAGGCTGAGGCACGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCCAAGGTTGCAGTGAGCCGGGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCTACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTAAACAAAAAAACCGTAATTGCAACAATGTAACAATGTATATTACATTTTCTAAAAGTTAATTTCTTAAGCTATGTGGTTTAATGGAATTAAGATTTCTTTTTCTTTTCACTCTTTTGAAGTTTTAAAATATTTTTTTTAGTTGACACATAATAATTGTACATATCCATGGGGTACATAGTGATGTTTCTGTACATATAATGTATAGTGATGAGATCAGGGTAATTAGCATATCCATCATCTCAAACATTTATCATTTCTTTGTGTTAGGAACATTCAGTATAGTTGTCCTATTTGAAACCATATGTTAACTATAGTTACCCTACAGTGCTATAGAACACTAGAACTTATTCCTCCTATGTGGCTGTAATTTTGTATATTTTAACAAATTTCAGCCTATCTCTTCCTTCTCTCCACCCTTCCCAGCCTCTAGTATCCTCTGTTCTACTTTTTACTTTTATGAGATCAGCTGGCCAGTGCGATGGCTCATGCTCATAATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGCAGCAGGCTGACTGCTTGAGCTCAGAGTTTGAGACCAGCCTAGGCAAGATGGCGAAACCCCATCTCTACAAAAAATACAAAAATTAGCTGTATGGTACATGGTGGCATCACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATGGCTTGAGCCTAGGAGGCTCAAGTGAGCTGATATTGTACCACTATATTCCAGCCTGAGCAACAGAACCAGACCCTGTCTCTGAGAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAAAGAGAGTGACTAGCATTTTTTAGCTTCTGCATATGAATGAGAACATGCAGTATTTCACTTAACATAATGTCCTCTGGTTCTATCCATGTTGCCACAAATGACAGGATTTCATTCTTTTTTGTGGCTTAGTAGCATTCCATTGTGTGTATGTACCACATTTTCTTTATCCATTCATCTGTTGTTGGATACTCAGGTTGATTCCATATCTTGGCTATTGTGAATAGTGCTGCAGTAAACATGGGAGTGTAGACCTATCTTAAACATACTGATTTCAATTCCTTTGGGTATATACCCAGTAGTGTCATTGCTGGATCATATGGTCGTTCTATTTGTAGTTTTCTGAGGAATCGCCATACTGTTCTCCATAGTGGCTGTACTTTACATTCACAACAACAGTGTATAAGAGTTCCCTTTTCTTTGCATCCTTGCCAGCATTTGTTATTTTTTGTCTTTTTGATAATAGCTATCCTAACTGGGGTAAGAGGATACCTCATTATGCTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGCTTAATTATGTTGAGCATTTTAAAATATATCTGTTGGTCATTTGTGTGTCTTCTTTTGAGCAATGTCTGTTCAGATCATTTGCCCATTTTTTAGCTGGATTGATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACGGAGTCATTCTCTGCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCATTGCAACCTCCACCTTCACGGTTCAAGTGATTCTCGTGCCTCAGCCACTCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGCACCAGACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTCTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCGTCTCAGCTTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGCATGAGCCATGGTGCCTGGCGTTTGTTTTTTTTTTTTCTTTTGCTGTTGAGATATTTAAGTTCCTCATAGATTTTGCCTATTAATT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Seq C2 exon
GATCTTCACACTATATAGCAAATCACTACCACTTGATCTGGCCTGTCGAGTCTGGGATGTATTTTGCAGAGATGGGGAAGAATTTTTATTTAGGACTGGATTAGGAATCCTCCGATTATATGAAGATATTCTCCTGCAGATGGACTTTATTCATATAGCACAGTTTCTAACTAAATTGCCAGAAGATATCACATCGGAAAAGCTGTTCAGTTGTATTGCAGCCATTCAGATGCAGAATAGCACCAAAAAATGGACTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000108239:ENST00000225235:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0056613=RabGAP-TBC=FE(15.9=100)
A:
NA
C2:
PF0056613=RabGAP-TBC=PD(19.9=51.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains