HsaINT0167562 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000146872 | TLK2
Description
tousled-like kinase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:11842]
Coordinates
chr17:60642362-60650728:+
Coord C1 exon
chr17:60642362-60642498
Coord A exon
chr17:60642499-60650575
Coord C2 exon
chr17:60650576-60650728
Length
8077 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
AACGTCTTTTATATCTCTAGGCA
3' ss Score
9.24
Exon sequences
Seq C1 exon
TCAAAACAAGAGAAGATGGCGTGTAGAGATAAGAGCATGCAAGACCGCTTGAGACTGGGCCACTTTACTACTGTCCGACACGGAGCCTCATTTACTGAACAGTGGACAGATGGTTATGCTTTTCAGAATCTTATCAA
Seq A exon
GTAAGTGAATTGTTATGATTAAATGGAGAATTGAAAAGTTCGTTTGCATTTTTTAGGTTTTCTGTAATTGTAGTCATTAATAATCCTACTATTGGTAGTCATCTTTTCAGTTAGTTTTTTAGTCACCACATGTGGAAAGAAATGTATCGAATGAGGTGAAGTCCTGAAAAAAAACGACACAAGTAAAATCAGGAGTACAAAATGAGTTCCAGAAAATAAATAAAGTATGAGTTCAGGCCAGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAGACCCTGTCTCTACTAGAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGAGAACTGATTGAACCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTACCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATGAGTTCTGCATTAAAACTTAAAAGAATCAGAATTGCTGAAGCTAAGGAAGAAAAACCTAGGGTTTGACTTTCTATCTTTCTAATTATATAATGAATTTTCATTAAGAGTCTATTGAGCATTTCTTCTGGATCCACAGAAAAATGAAATGTGAAAGGACCTGAGAAAGAATTTCCTGAGATAAGTTTAGGTATAAAGCAGAATAAAACCACTGAAGAACTTTATAGGACATGTTCCTGGGATTATTTAAGGAGACAGTGTCCAGTCATCAGAGAGTCACTTCCTGGAAGGCAGTGGTGACCAGCCCCACTGTGTGTGCCTGTGTGCAGCTTGGAATCTTGAACATTCATTGTCTTTGTCATAACTTTTGATTTGAAACATTCAGGTATTTATTCCAATGAGGGAATTAACATTTAAAATCCTCAAATTCCAACTGTGTGACTAGCTACCGTTAGCTTAGATCTTTAAATGTATATAGATATCTTCAGATTGCAGTACCTTTTGGTGAATCTTCTTTTTTTTTTTAATCTCTAGGTCATGATGAGTTGGAAGGGTCTATAGACTGCCTTTCTTTCCTGTGTTTTTTTGCTGAAATAGCTTGTTGAGTATGAATTGGAAAGCATGTGACTACTTTTGAGTAATAATGAAACAAATAAGAAACTTATGCCTGAAAGAAAATACAAATATTGATGCTATTTATAATATTTGTTAAAACTAACCTCTGAGTTAGACGTTAGTAGTCCTTGTTTTATGTGTGAAACATTAACCTCCAACTTAGATTAAGCGTGTTTTTGCTTCATGATTATTCCTCATGTGTGTATATTTTGGTGTGTGAAGAGGCTTTCAAGTCAAAGAATACCTTGGAAGGAAAGCACAGACTTTTCTTAGGCCGGCACCAGACATTCAGAGCAGCATTCACTCTGTGCTCTTAAGCATAGGTGGCTGGTGATAGCAGAGGTATCAGGGCAGTGTAAACAGCAGTTACATGGAGGTATGATACCTGTTTATAACATCCTGGCCAAGACATGCAAGTTGTCCTGGAAGTGACATACCATCCAGTTTCCAGATTTGTTAAAATGGAATCAGAAGAAGATAAAACTTAAGATCCACATAGTGGCCAAAGCCACCTAATGCTTACACTGACTTCTAGTAGTGGTAGTCACTCTGAGCAGCCCTGTCAATGGCTACTATTTAGATAGCAGTCTTTTTAGACTTTGATTCAGGAAAGATGGTGAGTTTGTATAGAGATGTAATTAGTTTTAAGAAGTGCTTTTGGCCGGGCACAGTGGCTCTTGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAAGCGGGTGGATCAGTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGATGAAACCCTGTCTCTACAAAATATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCACACACCTGTGGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATGACTTGAGCCCAGGAGGCAGAGGTGAGTCATGCAGTGAGCCGAGAATTGTACCACTGTCCTCCAGCCTGGGCGACAGAGCCAGACCCTGTCTCATAACAAAACAAAACAAAAAGAAGTGGTTAAACTTACTGCTTATAGTAGCAATATTTTATCTCTTACTCTAAAAGCAGCTTGATGCCCACGAGGGTCTGGAAATCTGTATGGTAGAGTACAAAATGATGACTTTGCTATAGAGCCACCAGATCAGAGGAAGTGAGACTATGTAAATGAAATCCCTAAGTAGGACTCTTCACTGTAGGTGGATAGCACTGTTTTACCATTTTAAGTCATATAAATGGCCAGAAATCTGTGTCTTCTCTTGGGAAGATGTTTCTGGCTGATGTCTATTAATTATAGGTATTTTAGTTCCTGAAATTTTGCTTTAATAAATTAATTTCCTTCAGTATAGAAATTGAAATTCTCTAGTTGTAAAAGGCTATATCTAATAGCCTCAGAGGTCACAATTCTGCACATGAGAAACTCCAAGACATGTGAAGTAATTTGGTGGGTGAAGTAGCTGAACACTAACAACACTACTAGGTTTTATGGGAAGAGACAAACCTAAAGGCATTTAAAAAATGAATCAGATAATCAAATATAGCCTCAATAGGACCCTTAGCACCATTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTATTTTTGTTCACTGGTTCTTTTTTTGAGTGATCTTTAATTTCCTAAAACAGAAGATTCATTGTCTAATAGGAAAATTATATCAGATTTGTAATATTTTTTGGCCAGTTTAGTAATTTTTGCTTTCCACAGTATGTTTGAATCTTTTGAAAAAGTAGCTTATTTTATAGTTCTGAGAAAGTAATGTTAAATACTAAATGTTAATGTTATTCAGTATATCACTTTTTGTTTAAAGAAGTCTCAAACAGTCCATGGCAAGGCAATAAAAATTCTTTACTAAGATTTTGTTTATGTTGAAGTAAACAAAATTAAAGTAATGGGATTTGGCCAGATGTGGTGGCTCCCACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGATGGGCAGATCACTTGAGGCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAAAATGATGAAACCCTGTCTTTACTAAAAATACAAAAATTAGTTGGGCATGGTGACACACGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGCAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACATGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCCAGGCTGGGTGACAGAGCGAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAATGGGATTTGACCTGTGTACAAAATTGTGATCATTTAAGATGCATATAACTAGAGGAAGAAATTAAAGTTTACAGCATTGTAATGCTAGTCCAGGTATTTATTCTGAAGTGTAACAAGTTCCAGTATCCATTTCATTTATTTTATTTTGAGACGGAGCCTCACTCTATTGCCCAGGCTGCAGTGCAGTGGTGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGAGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTCAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCACCACTATGCCTGATGAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACCCACCTTGTCCTCCCAACCAGTATCCGTTTTAAAGCAATTTACGTCAAACCATCTGATTCTCAGTCATATGATTCACTCATTTTGTTGATTTTATAAACATTAGATCTTCTTTAGGTATCGTATACCATTTCACAGCTCCCAGTTTATACAGAATATATTCAATCCTGGGAATCTTTAAAAATCTCATCTGGGCTGGTTGTGGTGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCAGTTTGGGAGGTCGAGGTGGGTGCATATCCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCTTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCGTGCACCTATAGTCCCAGCTACCCAGGAGGCTGAGACAGAATTGCTTGAACCTGGGAGATGGAAGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGAGTGAGACTTCGTCTCCAAAAAAAAAAAACAACCCATCTGGGATATTGACATGTTGTTTGAAGTTTTGAAGTTTCAGACCTCTCAGAGATGAAATAGATAACAGATTATTTAAAATAATTTTGTTTAAATAATGACTGGAAATACGTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTGTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTCGGCTCACTGCAACCCCTGCCCCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCACACACCACCACTCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGAGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTAAGTGATCCGCCCACCTTGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCACATTTTTTAAAATACCTTTACTACTAGTTACTTCTTGTATGGTTGAAGTGTAAAATGTAGTTTTGCTGCTGAAGGTACCCGCATTTCAGTTCCTGGGATGCTGTAACAAATACCATAAACTGGGTAGTTTAAAGTAACAGAAATGTATTCTCTCACACTTCAGGAGTCTGAAAGTCTGAAATCAAGGTGGGGCAGGACCATACTTCCTCAAACCTTTAGGGAACATCTTTCTTTGCCTCTTCAGCAGTGTGGCAGCCCCAGGTGTTGGGCTTGCGGCAGCATAACTCCATTCTCTGTCTCCTCTTCACATGGTGCTCTCCCTGTGCGTCTCTGTGTCTTCTCTTCTCATAAGGATACCGGTCATATTGGATTAAGGTCCTATCATGTCCAGTATGACCTCATCTTCACTA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Seq C2 exon
GCAACAGGAAAGGATAAATTCACAGAGGGAAGAGATAGAAAGACAACGGAAAATGTTAGCAAAGCGGAAACCTCCTGCCATGGGTCAGGCCCCTCCTGCAACCAATGAGCAGAAACAGCGGAAAAGCAAGACCAATGGAGCTGAAAATGAAAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146872-TLK2:NM_006852:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.478 A=NA C2=0.962
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF082006=Phage_1_1=PU(16.2=13.0)
A:
NA
C2:
PF082006=Phage_1_1=PD(81.1=57.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)