HsaINT0169643 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000153802 | TMPRSS11D
Description
transmembrane protease, serine 11D [Source:HGNC Symbol;Acc:24059]
Coordinates
chr4:68708276-68719904:-
Coord C1 exon
chr4:68719786-68719904
Coord A exon
chr4:68708344-68719785
Coord C2 exon
chr4:68708276-68708343
Length
11442 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGT
5' ss Score
10.65
3' ss Seq
CCCTCTCTTTCTTTCTACAGATT
3' ss Score
12.95
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCAAAAATCTTACTTTTATAGGAGCAGTTTTCAACTCCTAAATGTTGAATATAATAGTCAGTTAAATTCACCAGCTACACAGGAATACAGGACTTTGAGTGGAAGAATTGAATCTCTG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATTACTAAAACATTCAAAGAATCAAATTTAAGAAATCAGTTCATCAGAGCTCATGTTGCCAAACTGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000153802-TMPRSS11D:NM_004262:3
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139015=SEA=PU(34.5=95.0)
A:
NA
C2:
PF0139015=SEA=FE(20.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)