HsaINT0178178 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000007001 | UPP2
Description
uridine phosphorylase 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:23061]
Coordinates
chr2:158851691-158872398:+
Coord C1 exon
chr2:158851691-158851771
Coord A exon
chr2:158851772-158872312
Coord C2 exon
chr2:158872313-158872398
Length
20541 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTTAGT
5' ss Score
8.54
3' ss Seq
TCCTGCTCCACCATGGTAAGATG
3' ss Score
-0.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGACTTCACCAGTGCTGCCATGCTGGCCCCAGGCTGTGAGTTGGACCCAGACCAAGAAGTGGTGAGGACAAGGCCTGAAG
Seq A exon
GTTAGTGAGGGAAGAGGAGAAATACATTCATGTCTAAGCACATGTGTCTGGTCATATTCCAAGTCTCAGTACAAATTAATTTTGAATTATGTGGTTGATGTTTTCCACATTTCAGCTTCCATCAACTGGCACAAATAATTAAGGGATGATGCAACACATATTGGTACAATTTCTCAACTTTTTTAGAGCTAGGCCCACTGAAATTCAGGTAGCTACTACAGACGATGGAAGAGGTTATTTTAGAAAAACATGCTATGTGAACAGCCCTACACTGGTGCCTTATTTTCAATCACCTTTTTAAACCATGAATTCATAATACTCTTTAAGGTAGTTGACCACTCTAACGATCCCTTTAATACATAATTTTTAAAAAAAAATAGAAAAAAATTGAAAATACAAAAAGAAAGACCCCAGAAAAATTATTCTAAGTCTTTCTGCATTTTTTTCACAGGCACATACACACACATACACAGACTTACAAAATAGAAAATGGTGGGCATAATTTTTTGTAATCTGGATTTTTTCCTACTTATACTGAGCATTAATGGTTTTGAAAAAAAGCTATAATAGTTTTTTTGGTCATTTAAATGATTTCCTGTGTTTTTTTTTCTATGAAGTCCATTGTTGTAAAAAAATCTGATTATTTTCTTAAGCTAAAGTGAAATATCCTATTCAAAGGACATATACACTCATAAGACCCTTGATATATATTGCTAAATTGTCTTCAAGATTGGTTTTACCAGTATATAGTCCCAGCTCAATGTGGGAATGCCTGTTTGCATAAACCTGTTTTTAAAAGTTCAGATCTAAATCTATTTGGTTTTCTCCTTCTAGCTGCTTATCAACCAAGGTGCATACTTTGGACTAAGGGGAACAGAAGATGCCTTGCCACTCTACCATACACACTGTGACCACATGATTGTAGAGGCAACATTGCCTCTCTCCACTGGAGAGAAGAGCTTTTCTTGGTTTACTATAGCTTTGGCTATATCTTAGCTTACCATACCTTTAGTGAGGAGATACAACTATTGCCTAAACATACTTTTTTTTCTTTTTTAAGCTAGGCTATAATATTTATTGAGCTCTTTTTTCTTGCTAAATGATATTATTAATTTATTCTCTCACATATTTCCCTAGAACTTGTTTACTCCCTATTGAATAAATGTATGGCTTTTTTCCAATCTGAAGTCAGTGTTAGTCATGTTGCAATGTTGTTGCCTAATTTGGGGTCTCTAAAATGACTTGTAAATAAGAATTAGATCCCAAAGAAAATTATTCCGGCTAATTATAAATCTTTGAAAGTTATTTTTATGCTTTAGTTGTATTCTGTGAGGATTTACTATGGCCTTCTAGAGCTTTCTAGAATTAGAGAAGAAACAGCCTGAAAACCAACCTTTTGAGTAAGCTCAGACTCAGATATTACTCATAGAAGCCCACATACTTAGATCCTTTTCTAAATCCTAGGATTGCTTTAGGGGACACATATCGATGAAGCATATTGATTAAACTTCAATGAGAAGTTTAATAGGAAAGTCTTTCTTATAAAGAAATCCTCTCTGGCCAGAAATTGAATAAGTAATTTTAGGGCAACATGACATGTTTTTGAGTGATAACTTGGATTCTGAAAAGACATTTATTCAGTAATGCTAATAAAGTAATCATAATTCTTTTCACTGATTGCTTTCATCTCAAGTAATATTGTTTAATCAACTGCAGAAGGACCAAGAGAATAACACCAACTTGACCTTTGACTTTTAACCTCAACAGTGTGTCTTCACATCACTGCAGTAGCAGATTGCTGCAGTTCTTCCCTATTGTTTTCTCAAACGTTTCTTTGGAAACTCTGAGGGTAATTCATTTGCCTGTAACATCAGGGAACTGCTTGTCTGATTATTAGATCAAATAAGAGGATGAACTAGGGAGCTTATCAAAAAATCAGTAAAATATAGTTAGGACACTACATAATATTTTGTGTTTGGACCTCCTATTTTTTTTTATTTTTATTTTACTGCCAGTCATTCTACTGCTCATTTTGGGAACCTTTGCTCATTTCTTTATTATAAGTTTACCATTTTATAATATACCATTGAACATCTGTAAAGGTCTTCACATTTTTAGGTAGCTAAAATTGGATGTTAATATTTTTTTGGAAACTTGTTGCCTGGTAGTAATAAGGAGAAAGTGGGACTAGAAACTGGAAATAGCTATTTTTAAATTGTTAGCAAATTCTTCTGTTTATAGAGGTAAAATTTTGAATTTACTTTTGAGGACAGATTGCTCCTTCACTTCCATGCCTTAATTCCCAGACACATATATTTTGATTATGGGGAAGATGCCACCATGGTCTCTAATTCAAAGCATGTACCACATCCTGTTAAGACAGAATATCATCCTTTTAAGCCGTTGTCTCCCAGTTGGCACCATAACAGAGTCTTCAGTGAACTATTCCAGCTTTGAAATAGCCCAGCCATTTCTGAGAGATTGGGTGTGTGATGAGGCATTTAGATCATTGCTAGGAAAACCTTCATCTGGGGAAGATGCTTTGAAAGGGGATGTTCATTTTCCTTAAGATGCACTACAATCACCCCCTCTTACCACTAAACGTTTGGACAGGTCCAAATCTCAGTATGTTGTAGGTGGATAAGTACACACAATGACCTGGGAAAAATTAACTTGCATGCCCCAAACATTTCAAGACTTTGCTAATAAATATATAGCAACAGAAACCTGGGGAACATGTGTGAGAGTATGTTCTAAGGGTCTTTTTCATAAGAAGATACAATATTAGATTGGGTTAAATCATGGATATGGGTGTACTTAGTAGAGATTCTGGATTTAATGTATTAGCTCATGCAACTGGAGGTGGTTTTAACATCTTTCTTGGTGGATTGACTAAAACTTGGACTCAATGGTAGTCTACATTTAATGGGGATGCCATGCCAGAGCTTCCTTGGCATGCTATGGAGAAGGGAATCCACAGGCTTAGGACATAAGGTTGAACTGGATTTATCATGTGCAACCTGGTGCCCATCCTCCCACCTAATGCTCCACCAGAAACCTCGAAGACTTTCCCTTCACTAAGATATTCAGAAATACTTTAGTGCAGGGCACGTCTGAATCCTTGAAATGCTCTGTGATTACTCTACTTCGAAGGTCAGAAATGACTGTGGGGGATGTTGCCCACTTAGATGGGCTCCCTGATTTGATTATGATGTGCCTTGATGTGTGTCTTCATCTTTCTTTTCATTAACATTTATTGAGGCCAGGCACAGCGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCATTTTGAGAGGCCCAGGTGGCTGGATCACTTGAGATTAGGAGTTCGATATCAGCTTGGACAACATGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGGAAGCCTAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCACCGCTGCACTGCCTGGGTAACAGAGCAAGACTCTGTCGCAAAAATAAAATAAAATAAAATAAAAATAAATAAAGTTTATTGAGTTTCTTGGATCTATATGTTTATGTTCTTCAACAAATCTGGGGAAATTTCAGCCATATTTCTTCAAACTTTGTTCCTGTCCTCTCTTCTCTCTCATCTTGGAGACCACATTTACATTCAGAGTAGGCTGCACGAGGTTGTCCCACTGCTCACTGAAATTCTGTTGATCTTTTTCAGTCATTTTTTATCTGTGTGTTTCATTTTGAGTAGTTTCTATTGACATGTCCTCATTTGTAGTGTCTAATCTACTTTCAATCCCATCTAGTTTATTTTTCATCTCACATATTGTATTTTTCAACTCTAGAAGTTTGATTTGGGTCTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTGTTGTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGTGTGATCTTAGCTCACCGCAACCTCCACATCCTGGGCTCAAGCGATTCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACTATGTTGACCAGGCTGGTCCTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCACTCGCCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGTGTGAGACACCTCACCCAGCCTATTTGGGTCTCTTTTATGTCATCATCTATGTCTTTTCTTAACACACTTATGGTTTCCTCTACTTTCTTAAACATATAGACTATAGTTATAAACCTGTTTTAATAACCATGACTGCTATAGTCATTCACCACATAATAACGTTTTGGCCAATGATGAGTTACATATATGACAGTAGTTCCATAAAATTTTAATAAAGCTGACAAATTTCTATTGCCTACTGACATCTTGATAATCCTGACTCTATGTAGGCCTGCATGTTTTTGTCTTAGTTTTTAACAAAAAAGTCTAAAAAGTAAATGGAATAAAAGTTAAGAAAAATTTTACATCTATTTTTATTTTGGGATGCTATTCAAATCACACACACACTTACCCAAAAAGAATCAGTGAGTGTGAGAGAGAATAAGAGAAGTACACTAAAAACATCAAAAGAGATGGAGATTGCACTAGAGGGATTAGGATAAAAAGGGAAGGAGGGAAGGAGAGAGAGAGGGAGAAATGTCAAAAGTTATTAAAACTTTTCAAAATAAGTATTAATGTAAGAATGGTAGAAAAGATAATATGTTTTTCTCTTCATTTTGTGCCTTTCAAATTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGGTCTTGTCCCCCAGGCTAGAGTGCAATGGCGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGTCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCTGGATCTCTGTAAGCTCTGGAGATTGCTCTACCTGCTCCTTCTGAGTGGCTCTTTTTCCT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Seq C2 exon
ATGTGCCTGCTTCCCCTTCAACTTCCACCATGATTGTAAGTGTCCTGAGGCCTCCCAGCCATGCTTCCTGTACAGCCTGTGGAACT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000007001-UPP2:NM_001135098:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.667 A=NA C2=0.414
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)