HsaINT0180818 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000167987 | VPS37C
Description
vacuolar protein sorting 37 homolog C (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:26097]
Coordinates
chr11:60906209-60928916:-
Coord C1 exon
chr11:60928863-60928916
Coord A exon
chr11:60906308-60928862
Coord C2 exon
chr11:60906209-60906307
Length
22555 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGC
5' ss Score
9.6
3' ss Seq
TGGTGTCACTGTGTTCACAGGGA
3' ss Score
7.54
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGGCGCGGCTGCGGTTTAACCCGCGGTGGCGGCGGCGACGGCGGCCCTGGCAG
Seq A exon
GTGAGCGGAGACTGGGGAGGGTCCCGGCTCTGCCGCAGGCGGGCGGGGCAGAGGACGACGGTGGGGGCGGCGCCGGCCGTGGCTCCCGGAGCGCCCCCGCCTGCCCGCCTCATCCTGGCAGAGGCCGGTGATTGGGCACGAGGGGCGCGTGACTCTCGCCGGGGGCCGGCGCCCCTGCCCCTCGCGGTGGGAGGGAGGGAGGGAGAGCGCGAGGCGCCGCCCCGGCTCCCCGGCGGGTCGCACCTCCAGTTCCGCCCCACCACTCACCGCCACCCTCCTTTCTGCGTCTCTGCAGGCCCTCGTCCCATATGTGAGCATCTTGCGGTCACAATTCTGATGACATTAGAGCCAATTAGCCCATTGTATAGATGGGGAAGCTGAGGCCTAAGAGTAGGGTCCGACTTGCCAGAGGGCACGCGGGAGACGAGTGGCAGAGGGGAGGTTGGAGGGACTTTGCTCTGTGACTTACTGGCTTGTGCCCTTTCTCCAGGGCATTGAGAGATGGGAGTTTCAGCTTTGGCTTTGTTCAGGACTCAGACTTGGACCTCCCAGCATCACTGAACATTTCTTACCCCGGGACCCTCTGGGCGCAAAGGGCACTGATGTATACATACCCATTATATGCCTGGTTCCTCTTCATTTCCTCCTCAGCCGATGAGGCGATTTCCCACTTTACGGATGGGAGAAGGAGTTAACTGGAGGTGTTTTGTGAGTTACTGGCAGAGTGGACTCTACAACCTGGGGTTTTAGTCGCTGAGCTGAGGCAGTGCTTTCCCAGCTACACCTTGTCTGGGCTCACTTACCCTGGGAATGTCAGTCTTCAGCTCCAGAAACTTCCCACTCATTTCCCTTCGCTCCAGCGGTACCTCAGTTCTCTTGCTGCCTAAGGCCTTTTCCACCCTCTTTATTGGCTCCAGGAGTCCCATTTCCTACTAATGCACCAAGATGCTGCCACCAGACTCTCAGTTCTGTGACTTTTGGCCTTAGAGCTGGAGGTGGTGGTGACCGAGGAACTGGGGAAAGAAAGACTCTTACTTTGTTGTCCAAAGCTGCAACCCTGCAGACACCTGAACTCTGTAGTTCCGGGTGGGATCGGGGACTGTTGCAATGAAAATACTGGACGCTAAACTGAGTCTTTGTTCTTTGCGGTCATAGTGCCCAGAAAAGCCTTTTACCTAGATTATCTTGGAAATGTGGTTCCGTGCCTTTGTAATTTCCATTAAGTAGAACATTTTCATTGTAGACTTTCTGAGCAGTTTCTGGCCGCTGTTTTGCAGGTAGCAATAGCTGTGATTTGTTGCTTGGCTTCATATGCTGGGCACTGTTCTAGGGCTTTCTGAACATACCGAATTTTGCGAACATGTCCAAATAGGTGATGATCCCGTTTTACAGATGAAGTGAGTTGCGGAGATGTTAGATAACCTGGCTAGTGTCACACAGCCAGTAAGTGGCCAAGTTTGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGATCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGAAGTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCCGCCCCCTGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTATAGGTGCCCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTTATTTATTTATTTATTTATTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGGGATCTCGGCTCACTGCAAGCAATTTTTGTATTTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGAGCTCAGGTGATCCACCCGCTTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCGTCTGGCCACAAGTGAGATTTGTAACCCATCAGTCTTATTTCGAAGTTAATGTGCTTTTAACTCTGTGATACTGCCTCTCAGACCGTTTAGTTTCCCAAAGGTGCTGGACCTTAAGAATAATTTCTGATGCTTGTTAAAAATACAGAGCTCCACCTCTAGAGATTCTTGGGCTATTGTCTGGAGGAGGGCCCAGAAATCTATTAACAAATGCACTGGGTGATTCTTACGGTAAGGCAAGTTTGGGAAACACTGCCTTTAAGAACTTTGTAGATTTGCTGGGCCACTGGTAGCTTGGAAGTGACATTATTCCTGAGGATTCTTGTTTTCTTTTTGTTTATTGCTTTGAAATTTGTTAATTTGCCCTTAAAAAGCCTTTGGGTTAACTAGCCATATGAATCATTTCTGGACACTCTTGGCCAGTAATAGTAGGGGTTTTCCAGGCTGACAAAATTAGATCACTCAAGACCTGATTTAATGGATTTAGCTCTTTTAATCCAGCTGGATCTCTGTTGTGTGGAAATTCTGTTAGAAGTGTCCTTGAAGGATGTGGCGTTTCCACAAGGTTTTGGTCTGTTCCCAGGTGCTTACCGAATGACAGAGAGGTGTCTAATGGCAGCACTGTCTGAGGTTTTGCTAGCTGTAAAGGCATGTTTACTTAGTAGGTGCTCCTTCCAATTCATATCTCACCTCTTTATCTTCCTTTACTGGTTTATGTGAAAGACTTAAGCAAATATCAAACAGGTTTGTCTTGATTTAGCTGGGGCTGACAAGTAGGACCCCTGGGGCTTAGGATGGGCTGGAGAGGAGAGAGAGTCTCCCCAGTGAACCTCAAACAGATAGCTCAGGCAGGTAGGCCCTACCTTTGAAGACCTGTTAGTATTTTTAGTTCCGCTGATTTATCTGGTCCCACCTCAAGCAGGATTACAACTAGTCACGGATAAAGTCAGCATTATAGGATTACTTTATTCTCCTATCTGGTAAACACTGATTTCTAATTTATTTTCTTTTAAATAGAGAACATACTTCTCTATTAAATTTGCTGAGACTTCTTCTGTGGTCTGTCTTGGTAAATGTTCTGTGAGCACTTGAGAAGATTGCATCTTCTGCTATTGCCGGGTCAAGTGTTCTATAACTTTCAATTCAGGCAGGTTGGCTTGTAATGTTCAAGTCTTCTGTGTCCTTACTGATTTTTGGTCTTCCGTTCTTTCAGTTATTGAGAGAGGGACATTGACACTTCTGATTGTAATTGTGGATTCGTCCATTTCCCCTTGTAGTTTTATCAATTTGTGTTTCACATGTTTTGAAGCTCTGCTGTTAATTGCATAAACCTTTATGAGTATTATATTCCGTGTATGAATTGACCTTCTTTATTGTATTGCATTAGTCTGTTTTGCATTGCTATAAAGGAATACCTGAAGCTGGATAATTTATAAAGAAAAGAGATTCATTTGGCTCACGGTTCTACAGGCTGTACAAGAAGCATAGTACCAGCATCTGCTTCTGGTGAGGACTCAGGAAGCTTTTACTCGTCTCAGAAGGTGAAAGGGGAACAGGTGTGTCACACAGCCACAGAGGGAGCAAGAGAGATGCCAGGCCCTTTTAAGCAGCCAGCTCTCATGTGAACTAAGAGAGCAAGAGCTCATTACTGTGGGAGGGCACCAAGCCATTCATGAGGGATCTGTCCTGTGACCTAAACATGTCTCACTAGGCCCTACCTCCAACATTGGAAATCAAATTTTAACGGATTTGGAGGAGACAAATATCCAAGCTGTATCATTGATCATGAAAAGACCCTTTTAGCCCCCGGAAATAGTCTTTGCTCTGAAATCTACTTTGTCTGATATTAGTATAGCTAATTCAGCTTTAAAAAAATAGTGTTAGGAATTGATTTCCAGAGTATGTAAAGAACTTCTACTACCCAACAACAAAAAACAACCCGATTCAAAAGTGGGTGAAGGACTTGAATAGATATTTCTTCAAAGAAGATACACAAATGACCAATAAGCACATGAAAAGATGCTCAACATCACTAGTCATTATGGAATGCAAATCAATACCACAGTGAGCTACCACTTCACCCATTAGGATGGCTATTGAAAAAAAACAACAACAGTAAATAATAAGTGTTGACAAGGATGTAGAGAAATTGAAACGCTTGTGCTTTTCTGGTGGGAATGTAAAATGGTATAGCCAGTGGCAAATAGTATGGCAGTTCCTCAAAAAATTAAACATAGAATTGCCATATCATCTAGCAATTCCACTTCTGGGTATATACGAAAATAAGGGAAAGCAGACACTTGAACAAGTATTTGTATACCCATGTTTGTAGCAGCATTATTTACAATAGCCAAAAAGTTGGGAGCCATTCAAGCGTCCATGGACAGGTGAATGGATAAACAAAATGTGTTATATGTATTAGATAGAATATTATTCAGTCTTAAAAAGGAAAGAACGTTTGATACATCCTGTAATACAGGTGAACCTTGAAGACATTATCCTAAGTGAAACCTGCCAGTCACAAAAGAACAAATATTGTTGGATTCCTCTTACATGAGGTTCCTAGAGTAGTCCAATTCGTAGAGACAGAAAGTGGAATGGTGGTTGCCAGAAGACGGGAGAAAAGGAGAATGGGAAGTTAGTGCTTAATGGGTGCAGAATTTCAGTTTAGGGTGATGAAAATCTTCTGGAGAGGAATGGTGGTGATGGTTGTATGACAAAGTAAATGTACTTAATGTGAAAGAACTGTATACTTAAAAATGATTAAAATGGTAAATTTTGTTACGTATAAAACAGTTTTTAAAAATAGAGGATTTAAAAATTACGGTATATCTCTTAAAAAGTTTTTTACTTCTAAACAATTTGTGTCTTTATATTGAAAGTGGGCTTCTTGTAGGCAGCATATAGATGGGTGGTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTCCTTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGTGTGATCTTGACTCACTGCAACTGCCTCCTCCTGGGTTCAAATGATTCTCATGCCTCAGCTTCCTGAGAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCCTACCATGCCCAGCTAATTTTTTGGTATTTTTAGTAGAGACGGGATTTCACCATGTTGGCTA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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000167987-VPS37C:NM_017966:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF072008=Mod_r=PU(18.6=87.1),PF056227=HOOK=PU(31.2=96.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)