HsaINT0186033 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000146463 | ZMYM4
Description
zinc finger, MYM-type 4 [Source:HGNC Symbol;Acc:13055]
Coordinates
chr1:35790961-35825047:+
Coord C1 exon
chr1:35790961-35791006
Coord A exon
chr1:35791007-35824525
Coord C2 exon
chr1:35824526-35825047
Length
33519 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTAAGT
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
ACAGTATTTTACTTTTTAAGGTG
3' ss Score
8.53
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTGAACAAAAAAGTGGTGCAGTTTTTGATGAAATTGTAGAGAACT
Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000146463-ZMYM4:NM_005095:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.548 A=NA C2=0.685
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)