HsaINT0186171 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000152926 | ZNF117
Description
zinc finger protein 117 [Source:HGNC Symbol;Acc:12897]
Coordinates
chr7:64442362-64451414:-
Coord C1 exon
chr7:64450325-64451414
Coord A exon
chr7:64442495-64450324
Coord C2 exon
chr7:64442362-64442494
Length
7830 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
TGTGTTTTTGTGTTTTTCAGGGA
3' ss Score
12.72
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTAATGGCCCTAACTAAGTATTAACCCCTGCCAAGAAAAGAGCTACTTCCTCTTGAAGTAAATGAAGATAGTGATGCTTTCTCTTAAACTTTACTTATAAAAAGCATCAAAGGGGGGAATGAAGCAGGAAATATAAAAGGAAAAACAAGTAAAGGGAAAACAAGTCCTTTCCTGACCAGTCTGACTCACTCCAAAGTCCTGCTGGAGCTATGATAATTATCTGCAAGGCCAGGCAGGGGCTCCGAAGGAGTGGGCTCCAGGAGCAGGGATGAGAAAAACAAGTTCTCCTTATCAGTTTCCCTGTTTGAAATTCTCTCCCCATAACATTATTCTTTGTTCTGCTCTCACAACTATTTTTGTAACTATTTCTGCAAGTCTGTAAAGATTTTGTAAGTTCTTGTTTTTCTTTCTGTAGCATGGCAAGGTCACAAGACATGTTTAAGTAAGGTAGGCTCATGTTGCAAATCCTGTTGTAAAACCTGTCACGGTATGATTAACTGCCTTTGTTCTGCTTCTGTAAGACTGCTTTCTCACCTCGCAGGTTTTGCGCCAAAAACCCGACTTGCCCCTGCCTGATGCATGTATAAAAGTCAAGCCCTGTCTTTGTTCAGGGCTCAGCCTTTGGATGTTAATCCGCTGGGCCAGTGGCCACCTAAATAAAACCTTCCTGTTGCACCCAGTGATCTCTCCGGCCTCCTGATTCCCACAACATATAAGCATTCCTTTTTCTCTGCAACCTAGCCCGCATCTGTCATTGACTTTTTAACAATAGGCATTCTGACTGGATGAGATGGTATCTCACTGTGGTTTTTCTCTGCATTTTTCTAATAATTAACAACGTGAATTTTGTTTTCATATGCTTGTCAGCCACATGTATGTCTTCTTTTGAAAAGTATCTGTTCATGTTTTTGCTTACTTTTTAATTAGGTTTTTGGTTTTCTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTCTGAGATGGAGTCTTGCTGTGTCACCAGGATGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGACTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAGATGATTCTTCTGCTTCAGTCTCCTGAGTAGCTGGGATCACAG
Seq A exon
GTGCGTGACACAAAACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTATTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTGGATCTCTTGACCTCATGATCCATCTGCCTCAGCTTCCCAAAGTGCTGGGATTACAAGCATGAGCCACAGATCCTGGCTTATTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTAAAATAAATTTGTTTAAGTTTCTTATGGATGCTAGATTTTAGACCTTTGTCAGAAGCATAGTTTGCAAATATTTTCTTCTAGTCTGTAGGTTGTCTGTTTATTCAGTTGATTGTTTCCATTGCTGCAAAATAGCTCTTTAGTTTAATTAGGTCCCATTTGTCAATTTTTGCTTCTGTTGCAATTGCTTTTGGTATCTTCATCATAAAATCTTTGCCAGTTTTTATGTCTTAGAATTTTCTAGGTTATTTTCTAGATTATTTTCAGGTTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTTTAAGTTCTACATTTAAGTCTTTAATTCATCTTGAATTGATTTTTATATATCATGTAAGAAAGGCATCCAGTTTCAATCTTCTGCATAGTGCTAGCTAGTTATTCCAACCTCATTTATTAAATAGGGAATTCTTCCTGCATTGCTCTTGTAAGCTTTGTTGAAGATCAGATGGTTGCAGGTGTGTGGCATTGTGGCATTATTTATTGGCTATCTATTCTGTTTCTTGTTCTATGAGTCGTTTATATATATGTGTGTGTGTGTGTATATGTGTATATATGTGTGTGTGTGTGTGTATACATTGCCTTGGGTATTCGGGCTCTTTGTTAGTTCTATATGAATTTTAAAATAGTTGTTTTTAGTTCTGTTAAGAATGTTTTTGGTAGTTTGATAGGAATTACATTAGATCTGTAAATTTCTTTTGGCAGTATGGCCATTTTAATGATATTGATCTTTTTTATCCATGAGCATAAAATAAATCTCCATTTATTTGTGTCATATATGATTTATTTAAGCAGTGTTTTGTAATTCTTGTTGTAGAGGTCTTTCACCTCCCTGGTTAGCTGTATCTCTAGATGTTTTATTCTTTTTGTGGCAGTTGTGAAGGGGATTGTGTTTTTGATTTGGCTTTCGGCTTGGATGTTATTAATGTACAGGGATGCTACTAATTTTTGTACATTTGCTTTGTATTGTGAAGTTTGGTTCAGTTTTTCAGTTTAAGGAGCTTTTCTGTGGAGACTATAGGGTTTTCTATATATAGAATTACATCTGCAAAAAATGGGAAGTTTGACTTCCTTTCTTCCTATTTGGATGCCTTTTATTTTGTCTCTTGTCTGATTGCTCTGGTGAGGGCTGCCAATTCTATGTTGAATAGGAGTGGTGAGAGAAAACATCCTTGTCTTGTGCCAGTTTTCATGGAGAAATGCTTCCAGCTTTTGTCCACTCAGTATGTTTGTTGTGGGTTTGTCATACAGAATTCATTATTTTGAAGTATGTATCTTCTATGCCTAGTTTGTTGCAGGTTTTTAACGTGAAAGATGTTAAATTTTCTTGAAAGCTTTTTCTGCATCTATTGAGATAATCTGGTGGTTTTTATCCTTATTTTTGTTTTTGTAATGAATCACATATATTAATTTGTGTATGTTGAACCAGCCTCATATCCCAGGGATAAAGCCTACTTGATCATAATGGATTTGCTTTTTGATGTGCTGTTGAATTTAATTTGCCAATATTTTGTTGAAGATTTTTGCATCAATGGTCATCAAGGATATTGGCCTAAAGTTTTCTTTTTTTGTTATACCTATGTCAGGTTTTGGTGTCAGAATGATGACATTCTTATATAATGAGTTGAAGGGGAGTGTTTTTTTCTCAATTTTTTGGAATAGTTTTAGAAGGAATGGTACCAGCTCTTCTTTGTACATCTGGTAGAATTCAGTTGTGAATCTCTCTCGTCCTGGGCTTTTTTTGGTTGCTAGGCTATTCATTACTAATTCAGTTTTGGAGTTTGTTATTGGTCTACTCAGAGATTCGATTTCTTTTTTGTTCAGTCTTGGGAGGATATATTTGTCCACGACTTTACTATTTCTATTTTTTTGGTCTTTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTTGTGGAGAACGGGGTCTCACTATATTGCCCAGGCAGGTCTCAAACTCCTGGGCTCAAGCTATCCTCCCACCTTTTGCCTCCCTGAGAGCTGGGACTACAGATGTGAGCCACCGCACCCAGCTGAATTTACTATTTCTTTCAGATTTTTTAGTTTGTGTTCATAGAAGTGTTTATAGTAGACTTCAACAGTTATTTGTATTCTTGTGGGGTCAGGGTTAATGTTCCTTTTGTCATTTCTAATTCTCTTTATTTGAATCTTCTTTCTTTATGAATCTGGCTCGTGGTTTATTTAGCTTATTAATTTTTTCCAAAGATTTAACTCCTGGATTTCTTGATCTTTTGTATAGTTTTTCACATCTAAATCTCCTTCAGTACAGATCAGATTAGTTACTTTTTGCCCTCTGCTAGTTAGGGATTGGTTTTGTCTTGCATCTCTCATTTTATTTATGATATTACATTGTTAAATTGAGATCTTTTTAACTTTTTTATGTGAGCATTTAGTGCTATAAATTCTTCTTTTAACACTGCCTTAGCTGTGTTGCAGAGATTCTGGTATGTTGTACTTTGTTCTCATTTGTTTCAAAGAACTTTTTTATTTCTGCCTTAATTTTATTATTTACCCAAAAGTTATTCAGATGCAGGTTGTTTAATTTCCACATAATTGTATGGTTTCAAGTGGTTTTCTTTGTTTTGATTTATATTTGTATCAAGTTGTGGTCAGAGTGTGTGGTTGGTATAATTTGGGGATGTTTGAATTTGGTGAGGATTGTTTTATTTCTGATTGTGTGGTCAATTTTAGAGTATGGGCCACTTGGTGATGAGAAGAATGTATATTATATTGCTTTTAGATGGAGACTTTTGTAGATGTCTATTATGATTATTTGGTCAAGTATTGAGTTTAGGTCCTAATATCTTTGTTAATTTTCTGCCTCAAAAATGTGTCTAATAGTGTCTGTGGGGTGTTGTAGTCTCCCAAAATTATTCTGTCAGAATCTAAATATAAATCTCTTAGAACTGGTCTTATTCATGTGTACCTGTGAAAGGAAATGAAATCTTCAGAGCCCAAACTCATTAAACCAAAAAGAAAAGTTAGGCTGGGAACTGGGTCACACAAACCCACCTATCCTTTTGGTTCTTAAATAAGATGGCTACAAGATGAAAAGTTACATGACTCCCTCATATTTTGCCCACAAGAAAATTTCTAGTGAGCTGCAAGATCTTTACCCTAAGGTGTTTCTGTTAAAATTATACCATGGAAATATAAATTGATGGCTTATCTTTACACGTTCCACCAGACATAAATGCATATCTGATTGTTCCCCTGCCCCTTTTTGTCTATGTTATCTTATGTAAAAATGCAGATTACCTGCATTTTTTGTCTGTGCCATTTGTCTGCATCATCTTATGTTAAAAAAAATGCAGATTCACTGACAGACAATGACATGAATGACTGTTTTTCCCTACCTCCCTCTTACATAACAGTTTTGTACTTCTCAGTATCTCATTCTTTCTCCTTTAAATTTGGAGCCCCCAAAATTTTCTTGGGAGAAAGACATAGGCCTTTTTCCTAGCTGTGCATTCTTAACTTTGGGAAATAAATCTCCTAAAATGATTGAGACTTTTCTTGTCATTTTTCTTGATTGATACACCCATGGATTTTTTTTTTATAACACCTTTCTTTCTTCTGCTTTTTTCCCATAAACATTTCTCAAGTGCACATGGCATGCAAAATTAAGATGTCCAGTAGTTCAAAAACATGTCCAGAGACCTGGCTGTTATAGTGGAAAATACAAATTAGAAATAAGAAGCCTTATTCTCCACATGAAAAAAGGGAGGATATTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACCTGGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAGTGTACTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGGTTACAGGCACACACCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATCTTCAGTAGAGATGAGGTTTCACCATGTTGGCTAGGCTGGCCTCAAACTCCTGACCTCATGATTCACCAGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCACCCTGCCAGGAGTATATTTTCTTAATTTATTTTTCCTTAAAGCATTTAAATTTTATGTATATTTTTTCTCTGTTGTTTGAAAGATATGTAAATCATATTAACAGTTAAACCTTTTGTCACTGTTTTTGACTTGGGATTGTCTTTGTCTAGGACCTCAGGTTCATTGCTTTGGCAAAGATTTATTTTCTCCATTTGTTGTCTTTTAAGGTAGACACAGATTTGTTTAGATTAAAGTTTGTTTTAAGAGCACACAAAAGTTGAGCATGAAGATAGGATTAAATTTAGCAATAAAAAATGCTAAAGACTAAAAGATACTAAGTTCCTTTGATAGAATACAGATTATCCAAGGTAATCAGGTAATATTTGCAGGCCGAAGTACTTTTATTGCAAAAGCATGGTTCAGTGTATGAACTGAACAGTGGAGTCTGTAGTTGTGCTTTGGTTTATATTTATTACTTGAGTACAATTAGCATAGTTATATGTAGTGTTTGTAGACAAACTGCATTCATATAAACAGTATTTTATATACTAGTGTGAATATAACACTACAATATTTACTTTGAATCCCTTAGTCATTTTAATAATGTTATATTCGGCCGGGCGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCTGCACTTTGGGATGCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTTGCCGACATGGCAAAACTCCATCTCTACTAAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGTGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCATGTGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGGGCTGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGCAATAGAGCGAGACTGTTTCAAAACAAAAAAACAAACAAAAAATAATGTTATATTCATACTTTTGAAATATAAACTGTTTTAATTGAATTATGGTTGTAGACAATTTTTAAAAATCCTATGTACATTATGACTAGTACATTATTTATACTTAGATATTTATATCTAATATTCAAAGGAAATTTACTACCAAACTATTACAGTAATATTAGTATGACATGCTTACTAATTTATCCAGTAGAGTTAATTATAGGTAAGCATGATTTTAGTGTCTATCATTTCACTAAATTGGAATGGTGCTATTACGGGAAAAGTAAACAAGAATGATTTGGCCACCCAAAAACCATAATAGCTCTACAGTTCACCATGATGCAAACTCAAATGTATTCCACTATATGAATAAAGTAATATTCTAATTCTTCATCGGAAAGTTATGGTGGTGGGAGGTCCAGGCAGGCGGGTCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAACCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGTTGGGCGTGATGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTACTCTGGACGCTGAGGCATGAGAATCCCTTGAACCCTGGAGGTGGAGGCTGCAGTGAGCTGAGATTGTACCACTACACTCCAGCCTGGATGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAGTGTTCTTTGGAAATTGTCAAATATATTCCATTATAGATCTCTCATTTAATGGCTAGGAGAAGAGAGAGCAGCAGAGATGGAAGAGAATCCTTATAAAATTCTGCTGAGAATATGACCCCTTTCTTCATAATGCTCACGTTTCTCATGCTGAGAGTAGCTGTGCAATTTGGGTGTTTAGAAAAATTGATTAGCAGAATATTTTCTGGCTGACTTGATCAAACTTATATCTAGCTTGTGTTTTTAAAAGATGCTTTTAACTGTTTTTCTCTCAATACAATTTTTCTCAGAGTGAGAGCTGTTTTTCTCTTGAATGCTTTTGGTTTCTGTTTTAGAGGCCCCATTACTATCCCATGGTGTCTGTGAATGAGGTGGGCTGTCACAGAGCTCTTAGAGCTATCTCTGTCTATCTCTGTGGGTGTGGTGGTAGCAGGTAAACAGGTGGTGCTGACACTTTTAAAAGCATATTCTCAGCATGCAGGTGTAATTTGTCCATAGAATCTCATCTTAAAAGGAATCCCAGAGAAACAGGAGAAAGAGGAAGACATGACCTTTTTTTAAGCTTAATATGTCTCAGATAGAGAGCTGTGTCCACTCTGCCTCCTGGAATGCCATGCATTTAGTTCTTGCAAACCTTTACTTCTCTAATTGTGTTGTTTCTCCCTAATGAGTTTGTTTCAACTACTTTTTAAAATTCTTATGATAGTCAAGGGTCTCTGAAAAATATTTTTTCCTACATACCAGAGGCTTCTCTACATCTCTACATCACGGCTCTTTATATGCCACGTAGAAATCTCATTATGAATTTATAATCTGCAACATGAAAAATGTTCCCTCTGTGGCTGTTGAACATGGGAAGGTGTGACTACTCAAGATTCCTATTGGGGAAAAGCTAGGGTCTTTAGTAAAGAAGGAGAACATGTAACGTTGAGGTACCATCTCTGTTCTCCATTAGCTCTATGCAGAACACGATTAATAAAATGCTTTTTCAAACAGAATGGCATTTATTACCCAGAAAGTTCTGAAACAAATTATTAGGAGATAGATACCTGCTCTTTAGGGTGCTGAAGAAAAACTACTTAAAATCACTATTAAAAATTACAGAACATATGAATTATCTGTATCTTGAAGTTTCCATAAAACTGATTTTTTATGGTTAAATTCAAACTCTAATTTACTTTTGAGATCAATATCGCAGCAGTGAAGCTGCATTTTTCTGTGTGCATCAGCACATTACAAAAATTTGTCCTAGTGCAGTTGATGTTAATGATTCAATTGGTTAAAGAGCTCTTGGACAGATTTCTTTACTATAATTATTTTTCTCTTCATTATTAAGTATCTTTATGCTGCTGATGTGCATGTAAACCATCACATTTAATCTGGCAGCTGCCTTTCTTTCTTAGGTTTTCTGTGCGTATATCTGCCTTAGGAAAATGAAAGCTGTCATCCCTTTTTACAGGCCAGAAAAACTGGGAAAAACACAGGCTCACCCACCTACTAGATGTTTGACAAAATACTCTTCTTGGGCCAAAAACATTGACATTATTGGTGAGCTTTTTAGAAATTTAGAATATCAGACTGTTCCAGATCTTCTGAAAAAATAATCTGCATTAACGAGATCTGAAGTTTATCATACACATTAAAACTTGCGAGGTACCTTTTAACTCAACATGTCTTTTTCATCTCAAAAATACACACAACTCATTCTGTATGATGCAGATATAGCATTTAAAAATAGACATGTTGGCGTTTATGCCCTAATTTATACTTTATTATCCAGAAAAGTACCATATATACACAGATGTTGTGGATCTTCTTATACCACTTTCTTTTCTCAGGGTTAGATAATACATTAGAAAATATTTCTGTGTTAAAAATTCTTTTATGGATAGTTTCATTCACTCCTATAAGTCAGAACCAGTTTTCTTTACTGTTTTATTTTACCTTGAAATTTAAAATTATGCCCATGGCCACTTGGTAAATGTATGTGATTTTGTGTATGTGTGTGTTTTTGTGTTTTTCAG
Seq C2 exon
GGACCATTGACATTTATGGATGTGGCCATAGAATTCTCTTTGGAGGAGTGGCAATGCCTGGACACTGCACAGCAGAATTTATATAGGCATGTGATGTGAGAGAACTACAGAAACCTGGTTTTCTTGGGTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000152926-ZNF117:NM_015852:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)