HsaINT0186315 @ hg38
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr19:9364862-9376423:+
Coord C1 exon
chr19:9364862-9364948
Coord A exon
chr19:9364949-9376315
Coord C2 exon
chr19:9376316-9376423
Length
11367 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
TTTTAAATTGTTTTCTGTAGAGA
3' ss Score
7.94
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCTGGGTATAAGTAAGCAAGAAGAGGGCCTGGGAGAAGAGTCTGACGAGCAAGGGGAAGGTAGCCAAGGATGGAGTGAAATACAGG
Seq A exon
GTAAGTGTCTTCCTAAGCAATAATTACTGCTAATGTTTTTAAGTTTGCCACTACTGATAGAGGGCTTGTCTGTAATATGGAGCTGGAAGGCTCCAATTGTTTCAGTGATGTGTGTAGTTGGGCTTTGGAGATGAAGAGTAAAGGAACATCGAGAAGGTGAAAGTTTACCTAGGGGAATTCCAGTGGGTCTTTGCTGAGAGATACATAAAGGAGCTGCCACAGGAATAGTAGTTTGTGTTGTGAGAGGTCTAAATATGGGGGGAGTAGAGTTGATATAAGGAGGAAGGTTTTAGGTCTTTAAGAACACAGGCTAAGGGAGAAGGGGGAATGGAGGGCAGAAGCTTGCCCATAGTGAAGGAGGCAAGCCCAGAAAAAAGAGAGAGTAGAGACATGGAGAGAAGGGGTGGGGGCTTCTTGTCCTCCAGAAAAGCAGAGAAGGGGTAGAGACACAGAGAGAAGGGACCGGGGGGTTCTTGCACCCCAGAAAAGTGGAGAAGGGCTAGAGATATGGAGAGAAGGGTTCAGGGGTTCTTGACCCCCAGAAAAGCGGAGAAGGGTAGACACATGGAGAGAAGGGGGTCAGGGGGTTCTTGCCCCCAGAAAAGCAGTACTTGCCGCTAAGGGTGAAGGACCAAGGCAGGCATCCCCACGTGGTCAGACACCTCTGAAATGTGGGTGAATAATCAGGCAGGCGTCCCCGCATGATTAAACACCAAGGGAAGACTGTCTTCCCGAGTCCATGACCGGCGCCGGAGTTTTGGGTCCATGGATAAAACACGTCTCCTGTCTACGAGAAAAGGAAAGGAACTGAAATTGAGAGAAGGGAGAGATTGAAGTGTGGCGCCAAGATTGAAATGAGAAAGAGGTTGAGGGATAGTAAGAGAGGTTGGAGAAGAGAGTAAAAAGAGGCCACTTACCTGATTTAAAATTGGATTGATGTTCCTTGGCTGGTCGGTCTGAGGACCTGAGGTCATAGGTGGATCTTTCTCACAGAGCAAAGAGCAGGAGGATAGGGGATTGATCTCCCAAGGGAGGTCCCCAGATCTGAGTCACAGCACCAAATCTACCTCTGTCGCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTAGGATTACAGGCATGCTCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGTTCTTTCACCATGTTGGCCAGAGTGGTCTGGATCTCCTGACCTCGTGATGCGCCCACCTTGGCTTCCCAAAGTGCTGGGACTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTAGCCTCATTCCTTTTTTTAATGAGACAAGGTCTTTCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCCGTGGTGCCCTCGACCTCCCTAGCTCGGCCTTCCACCTTAGCCTCCCGAGTAGGTAGGACCACAGGTGTGGGCCACCAAGCCTGGCTATTTTTTTAAATTTTTGGTAGAGATGAGATCTCACTGTGTTACCAGGCTGGTCTGAACTCCTGGGTTAATGTGATCCACCCACTACAGCCTCCCTAAGTGCTGAGGATTACAGGCATGAGTCACCATGCCTGGCCTTCATTTTCTATTGTCAAATGATAGTCCATTGTATGGATATACCACATTTTCATTTATCCGTTCATCGGTAGATAGACATTTGGGTTGTTTCTCCTTTTTGGCTAATATGAATAATGCTGCTGTGAATATTTCTCTTGGGTATATACCTAGGAGTGGAATGCCTTGTTCATGAGACGAACTTTTATGTTTAATCTTCTGGTAAAATGCTAGGCTGTTTGCCAACGTGGCAGCACCACTTCCCACTTCACTCCCCTCCACAAAAAAACAAGAGAATTTCTCCACATCCTCATCCACACTTGTCTTTTTAATTACACTCACCTTAATGTGTGAAGTGGTATCTTAATGTGGTTTTGATTTGCATTTCCCTGGTGTCTAATGATGTTCAGCATCTTTTCATGTGCAGTTGACCTTTTTATCTTTAGAAAAATGTACATTCAGATCATTTGCCCATCTTTGAATTGTGTTTTCAAAAGTCAGCTGAGGCTGGGCGTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCCAGGCGGGCGGATCATGAGGTCAGCAGATCAAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAACATAGCTGGGTGTGGTGGCACGCGTCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCACCTGAACCTGGCGAGGTTGCAGTGAGCAGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGAAACAGACCAAGAGTGTCTCAAAAAAAAAATAAAAATAAAAATAAATAAGCTGGCTGAATTAAATTCAGCCCGAAAGTTTTCAGGTTGAAAAAATTTATTTTTGAAATCATTATGTGATACTGGTTTTTATCACTTTGAGTTGATCATACAATTTTTCTTTTGCTCTATTAATGAAGCAAATTATATTGATTTTCTAATAGCAAGCATCTCTTGCATTCCTCTGGTAAACCTAACTTAATTCTGTTGTACTATATTTCCTATTTATTGACATTTTTTGTTTGGACTTATTTTCCTTAGAATATCTGAATCTATGTTGAAATTTGCCTATAATTTTGTTTACTTAAAGTGGCCTTGTCATGTTTGATATCAGTATGCCAATCTCAAAGAATATTCTTCCTTTTATACTCTTAATCACGGTAATCCCTTTGATAAGTTAAACTGTTTTGTGAAATTAGTTTAAAAGTGACCATATTTTTTTCCCTTGTAATATTGTAAACTGCTGTTAATAGAATAACCAAAGGCAAACATGACATTTTGAACCATACACAATTCTGGGGTTTGCATAAAGGCTATATTAAATAAAACCTTCCAGATACCCAGCTCTTGCCTATAGAGTGGATAAGTTATCTATACCTGAAATAATGCAAACATTAGTGACAAATTACATTGAAGTGTAGTTTAAGTAACCAGTCTTCATAAATATGCCTAATCTCTGGAATATTTTCATCCAGACTGGAATTCTTTCTTCTTTGAGTGGCATAACTGACTGATAAAGCCTTTGAGCATGGTGTTTTTTGGTGAAAACCTAAATAATCTAGTTTTGTTTTCTGTTTTAAAAGAATATCTGGGCAGTGAGTTAAGCTGGGAAGACCTAGCACCTTGCTGACGGGATCAGTCTAGATTCTTCTTTTATATTTTTTAAATTGTGGTAAAATACCTAAAGCCAAATTTGCCATTTTAATCATTTTTAAATGTACAAGTCAGTGGCATTCATTGCATTCACAGTGTTACTCAACCATCACCAGCTAGTTCTTTTTATTGTAATTTCTACACAGTTTTGGTAAGTTGTATTTCTGTAGGAATCAATTTATTTCCTGAAAGTTTTGAATTTGATTAAAGTTATTCATGTCTTGTTAATCTCTGCAACATTTGTAGTTGTGTTTTTCTCCTTTTGTCTTTGAAGAATTTTGCCCGATTTTTTTCCTAGTAGTTTTCAAAGAACCAGTTTGTAGCTTGAGTGATACTGTTGTTTTCTAGTTCATCATCGTATTTTCTGCTCTTCCCGTTCCAGCTGCTTAAGTTAATTTTTAAGTTCACTTCTTTTCTAATATAAACATATAAAGCTTATTTTTTTCCTAAGGACCAGTTTAGCTACATTCTACAAGTTGTGGTACTTAGAACTAATCAATAACCATAGTATTATGTATTTTCTAATTCAATTCTTTTATAAAAGCATAAGTTATTTGGAAGTGTGATGTTTTCTGAATTCCAAATGTGTTACTTTTTTCTGTTTGCTTGAAAAATATGAAACCACTAATATTCAACCATATTTTAAAACTACCAAAACACCCATTTCATATAGTTCAATGTAATCTCGTTATTAACTTACAACTTAGTTACATTGTAATTAAGACATGTCAGAGAACATGTTTGTATACCAAATCTTTTTCTAAGTTTTAATTTTTGTGGGCACATAGTAGGTATATATATTTAAGGGGCCCATGAGATGTTTTATATACCAAATTTGGAAGGTTTAAGACTGGCTTTACAGTATATTCACCATACAGTATGGTCAGTTTTTATAAACACTTCATGTGTGCTTCAAGAATCTATGTATACTCCATACATTCAGTAGTGTCCCTCAGTGTGCTAGATTAAGCATACTCATTGTGTTGTTCAAATCTTCATATCCTTTTTTTCATATGATCTTTCTATTGCTGAGCAGTGTTTGAAAGTCTTATAGTGATGATTTGTGTTATTTATCCTTTAATTGTGCTAGCTTCTGCTTTATAAGTTTTATGAGACTAGAATTTTATATCTTCCTAATTGGTACTTTACATCCTCATGTCATTACCTCTAATAGTGCCTTTTGTCTCAAAATCTATGAAATTAATTTAGCAAACAAACTTTATTTTGGTTAATATTCACCTGGTATATCTTTCTTATTTTTGAGACTCAATTTTTATGTGTTGTTGTGGATTTTAGTGCATCTAATGAAATAACATAGAGCTAGTTTATCTTAATCTACCAGGACAGTCTGTTTTTAAACTGCAGAATTTAGCCCATCTGTACACTTACTGTTATTGATACAGTCAGACATTTTTTACCATCTTACATTTTACATTGTGCTTTTCATTTGACCTATTTTTTTTGTTTCATTTCCCTTATTTTTCTTACCTTTGGAATTGAGATTTTTTTTTAACCTAATTCCATTTTCTCTTCTAGACTGTGAGTTAAACTCACTATGTCCATCCTTTGAATTGTTACCCTAGCTATTTTATCATGCATACTTACAGTCTAAACCTAATCAATATTGTGAGTCCCCAGTGGAAGAATACAAGGAACATACTACTCAATCACCTCCTTCCCAATTTATATATTATTTAGTATTAGGATTGAGCTTATTTTTCCATGTCACGAATTTGGTATTATTAC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Seq C2 exon
AGATGCGGTCTTGCTGTGTTGCCTAGGCTGGTCTCAAACTCCTGCTCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTACATTTATATTTAAAGTAATTATTGATGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000270011:ENST00000541595:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains