HsaINT0186457 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000149050 | ZNF214
Description
zinc finger protein 214 [Source:HGNC Symbol;Acc:13006]
Coordinates
chr11:7023940-7041586:-
Coord C1 exon
chr11:7041304-7041586
Coord A exon
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Coord C2 exon
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Length
17217 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000149050-ZNF214:NM_013249:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)