HsaINT0186572 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000196793 | ZNF239
Description
zinc finger protein 239 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:13031]
Coordinates
chr10:43556344-43568459:-
Coord C1 exon
chr10:43567899-43568459
Coord A exon
chr10:43558172-43567898
Coord C2 exon
chr10:43556344-43558171
Length
9727 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTGGGT
5' ss Score
4.3
3' ss Seq
GAATTGTCTTTGTTCCCTAGGAG
3' ss Score
8.94
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAGTCCCGATTATGGTTATTACAGTTTGATGAAATGTGGCTGAGATCATTGGCACTGTGGAGATTAAGAAATGTGAGGTCAGAGTGTTGGGTAAATTGTTCCTGCGAGTGTTAAGGTTGTCAGGATAATGGTGGGAATGGGGTGAAGATGACAACTCAGCAATGACACAAGAAGAGAGTGACACAGAAAGATTCAGTAGCTGAGAACTTGAGCGTAGATATGTTGTGGGCAGGAGGGAAATGATTTGGATGGAAGTAGCCAAGTAAGTGAGAAAGGAAAGACTTTCCAACAAAACTTGGCTTAGCTCACTCAGATCCCTGAGCTGCAAACTTCTTCTATACCTTTCTTACCTTTTCCAGTGCTGCTGACTTCACCCCACTTGCAGGGCATTTGTGCAGATGGTTGTTTGTTGAGGAGGAATGTGCTTAATGTTTTAGGAACCAGTTACATTCAAGGATGCCTCTGTGGCCTTCACCGAGGAGGAGTGAGGTCACCTGGACTCTGCTCCCAGGAAGCTGTGCGGAGCTGTGATGCTGGGCAACTACAGAAACTTGGTCTTG
Seq A exon
GTGGGTAAGGACATGTGAACTTGGACACCTGCCCATTGGCTTCTTTGTTTCCTACTTCCTTTTTGACACAAAAGGATGTTTTCTGACTATTCTAAGCAGCTAAAGAACTTGGTAAAAATTGGAGAATGGTAGTTTTACTGGGTTGTCTCAAAAACCATACCTTTTCCATCCTTTATAAGCCAGAGGTGGGACTGATTTTGCTTTCTGCACAATCACCCAATCCCTGTGAGTTTCTGAAATGTGATCTCTCAGATGGAGCAAGATAAAGATCATTATATAATAGCAAGTGAACCTCAAAGAGCACCAGGCATCATGGCAAGTTATAAGCCAGGCTAATCCACAGCAGAGGAATCCCTTTTTCAACGTTCCAGGAGTTATCTGGTATCTTGCAGTCTGTGTCGAAAGCAGGGACTTCCAGGATGTTTCCTATGTGCTACTGTTTTACCTGATCTATTCACTTACTGCCCTTCTACCTCTGCAGGAGGTTGTGGTCTTTCCCAGTAATGGTCACTTGCTTCTCTGTACTCCTGCCTTTCCCCACATTTCCCCAACATTGGTCATGTGCCATCTTTGCTTGGACTTTATTTTTCATTGAATGTCCTCCCCCTGCCTGGCAATATCCAGTTTCCATTATTTCTTTTCTTACACATTCAGGAATTCATCCCTCTCCCCTCCCAAAAATAATCGAAATTCATGGTGAGACACTCTCATACCCTACAAATAGATAAAACACTTTTTTGTTTTCTTTTTTTGAGACGGAGTCTTTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGAGACGGAGTCTCCCTCTTTCGTCCAGGCTGGAGTCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCGGCCTCTGGAGTGGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACACCCGGCCAGATAAAACACTTTTTGACTACCTGAATCAAGGAGCCTTAAACATTTTCAAATGCAGTAATTCATTTTTTAGATATCTAGTCTAAGGCAATAATTAGTAATTTTAACTGAAAATTGTGAACAAAGATATTCATTATAGAATTATTTAAAATAGTGAAAAAATTATTTACCCACTAGATGTATCACAGGGGATTGGTCAGGCAAATTATCATGGATCACAGAAAAGTATGTAGCCATTAAAAAATATGTTCATGAAGAACTTAAATTAGATGGGGAAATGAATGTATACCTACTAGGTTGAACCATATGAACTTGCCATTTTATAGCCAAAAGCAGCCATTCTACAAAAAACACTGAAAAGTGGCTGGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTAAGGCGGGCAGATGGCTTGAGCTCATGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACACAGCGAAACCCTGTCTCTACAAAATATACAAAAATTAGCAGGACATGGCGGCAGTTACATGTAATCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGACCCCTTGAGCCAGGAAGGCAGAGTTGCAGTGAGCCGAGATGACACTACTGCACTCCTGCCCTGGTGACCGTGAGACCCTGTCAAAAAAAAAAAACACTGAAAAATGTGTCATCATGTTAGCTTTCAGGGTTTTTGCCTCCCTCAGTCCACAGTGGGACCCTGGTTCTCTTCCCTCAGTAACTGTGGCCTTTCAGTTTCTATTTTCAGCTAATCCTGGGGAGTAAAGAGAATGCTACAGGGCAAAGTGGTTACCTCCAGGTAGTGAACCAGGCCTTTCCACGTTCTTTATATAAACCCAGTGCCTGTGCTCTGTTCTTGTACCAAAATTGCCCACTTGGAAGTCACTACTGAACTTTTGTCTCTTTCAGAGTTTGTTCCTTTTTTAATTTTTATTTCAGCATATTTACCATTATCAGTTTTATTGATGGTTTCTATAGTGTTGACCTTCTCTTGAAATTCTTTGTCATGCATGAAATCATAGTTTTTCTGTTTCCTCCAGCTTCTCTCTTAGTCCTTTGCTCTGCAGATTCTCTGGCTTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGAGATGGAGTCTTGTTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTGGGCTCACTGCCACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGACTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCGTGCCACCATGCCCGGCTAATGTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTTGATCTCCTGGCTTCTGTCTTTTTTCTAACTTGAAATCTCAAAGGGCTCTTTGGTTTTAAGTTACATCATCAGTGTTTCTCGGCCTTTTTCTTTATCATTACTCTCTCCCTGCCAAAAGGAGACAAATTAAATTTCTCCTGTAGAAAAATTAAGTATGAAGGAATAAGGTTTTGTCAGGTAGGATTGTTTTTATGAGTCCCAAACCAGCATAATATGTAAGATTTGTTTGGCCAGGTGTGGTGGCTCACACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCAAAATCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGGCGGGTGCCTTTAATCCCAGCTGCTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTAAACCCGGAAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGTTGACAGAGTGAGACTCTGTCCCAAAAAATAAAATAAAATAAAAAGATTTGTTGTGTCCCCTATGAACCAATTCTCACCCCTTGGGGACATTATTGCCCCTGAGAATGCATGGTATGTCCACTTATAGGAGGAGCTGTTACACATTTAATGGTGTTCAACTCTCCTTTCTATTTTGATAAGCCTAAAATTATTTTCCTTTTTAAGTTCCCTTCTTATAGTCCCACTTTTGTCAGTATTAAAGTTGTTCCAGTCTCCTAGTTTAGAAATAGGCCATGACTATATTCGGTTTCTCTTGGGCCAGGCGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCAGAAGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGGCAACATGGCAAAACCCCTTCTACAAAAAATATAAAAAATTAGCCGGGCCTGGTGGCATACACCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACCTAAGCCAGAGAGGTTGAGGCTTCAGAGAGCAAAATTCTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGACCCTGTCTCAAAATAAAAAAATTTTTTAAAAAAAATTTCTCTCTTCTCGTCCTCAGTATCTAAAATCTCCCACCAATTCTTTTTTAACTTTAACTTCTTTTAAGTTTATTAACACTCCTAGATCCCACAGATGTTGCCCTAAAGTCATTCTGTTTAACGCTTAAAATAGGGTAAAAATTAGTCAGATTGTTGCCATCGTTTTTCAAGCTCAAGTTAGATGTTGCAGGTACACTAGTCTCCTTTAAACATCATTTATGATGTCATTCTTTGGAGTGTTACTATACGGTCAGTAAGTCCTGTGAAGAATGGAACACCGCTCTGAGAGAACAAAGACGTGATGGAATGCGGGTTGTGTATGTGTCTTACGGAGAGCCTCTGAAGTGACATTAAACTGGGAGCTAAGGGATCAATAGTTTAAACAGGTGGCTAGGGAGGGGAAGAACATTCCAGGCAAAGAGAACCATGCAAGAAGAGACCCAAAGACCTGGAAGGAGGAGTGTGGTAGACCACAGGGTGCATCTAAGAAGGACTGAGAAGAGGTGGTGAACATGGCCTGGCTCAGTTATGGCGTTGAAGGCCCTGGTAAAAAGTAGATTTATGACAAAAAATTAGCCAGGCATGGTGGTACATGCCTGTAATCCCAGCTTCTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGAATCGCTTGAGCCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATAGTGCCAGTGCACTCCAGCCTGGGAGACACTGTGTGACCCCATCTCAAAAAAAAAAGTAGATTTATCTTCAGTGGGCAGCCATTGTATCAAGGAATGGTGTGCTCTGATTGACCCAGTATCACTGTGACTGCTCTGTAGAGAGTGATTTACAAGTAGACAAAAATGAAATAGGAGATGGGCTTCCAATTTCAAGCTCTGCTCTAGGTTTTCATTGTTATTAACATAAAATGGAACATACTTGTTCAACATTTTTCTTTTATGCAAGTAAGACATAAAAGTCTCAAAAACTCAAACAACACAGTATAATATGAAATCAAATCACTTTCTATGGACTCTGTACTTATGTATGTACATTACAAGTATATGTATTAAAATTTTATGAGATTACACTGTGTATTTTTAATGTGCTGTTTTATGCAGTATGTGTTAGAGCTTTTTTCTGCCATGTTAAATCCCTATAAAAGGACCCCTTTTCTCATGTCAGTATTTTCTCCTAATGTTATACACTCATTCTTCATATTTTTTTTTCTTCTTCTTCTTTTAGACGAAGGCTCACTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTCGGCTCACTGTAAGCTCCACCTCCCGGGTTCAAGTGATTTCTCCTGACTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCACTACCACACCCTGCTATTTTTTGTATATTCAGAGGAGACTGGGTTTCACCGTGTTGGTCAGGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTAATCCACCCACCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCGGCCTCATTCTTCATATTATTTTAAACATTTTTTTAAAAGCTAACATCACACTTTCATTAAAATGCACCTTTCATAAAATTCCTCCCCCATTCATTTTCATATACCTATAATTTCTATAACCACTAGCCATTTCCAAG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Seq C2 exon
GAGACTTGAATGAAAATTCTGTGGAGAATCTTCAGCAGAAAACACTTCAGGATCTGTTACATGAGCTTTCCTCCTGGCTAGTTTTGGAAGGCATGGCCAGTACAATTACTGGAAGTCAGGATTGTATTGTGAATCATCGAGGGGAAGTGGATGGGGAGCCTGAACTAGATATTTCCCCTTGTCAACAGTGGGGAGAAGCATCTTCTCCTATTTCCAGAAACAGGGACAGTGTGATGACTCTTCAAAGTGGTTGTTTCGAAAACATTGAAAGTGAAACATATTTGCCTTTGAAAGTCTCAAGCCAAATAGACACACAAGACTCTTCAGTGAAGTTCTGTAAGAATGAGCCTCAGGATCATCAGGAAAGCAGACGTCTCTTTGTAATGGAAGAAAGCACTGAGAGAAAAGTGATAAAGGGGGAAAGTTGTTCAGAGAACCTTCAAGTTAAACTGGTGTCTGATGGACAAGAACTGGCCTCGCCATTGTTAAATGGTGAGGCAACTTGCCAGAATGGCCAGTTAAAAGAATCTTTGGATCCCATTGACTGTAACTGCAAAGACATTCATGGATGGAAATCACAGGTGGTCAGTTGTAGTCAGCAGAGAGCTCATACAGAGGAGAAACCCTGTGACCATAATAACTGTGGGAAAATACTTAACACCAGCCCAGATGGTCATCCATATGAGAAAATCCACACTGCAGAGAAACAATACGAATGTAGTCAGTGTGGTAAGAACTTCAGTCAAAGCTCAGAGCTACTACTTCATCAGAGAGACCACACAGAAGAAAAACCCTACAAATGTGAGCAATGTGGGAAGGGCTTCACAAGGAGCTCGAGTCTGCTTATCCATCAGGCAGTCCACACAGATGAGAAGCCTTATAAGTGTGACAAGTGTGGGAAGGGCTTCACCAGGAGCTCAAGTCTGCTCATCCATCATGCCGTCCATACAGGCGAAAAACCTTATAAATGTGACAAGTGTGGGAAGGGCTTTAGTCAGAGCTCCAAACTGCACATCCACCAGCGAGTCCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAGTGTGAGGAGTGTGGTATGAGCTTCAGTCAGCGCTCAAACCTGCACATCCACCAGCGAGTACACACAGGAGAGAGGCCCTACAAGTGTGGTGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGTCAGAGCTCGAACCTTCACATTCACCGGTGCATCCACACAGGAGAGAAGCCTTACCAATGCTATGAGTGTGGGAAGGGTTTCAGCCAGAGCTCGGATCTTCGCATCCATCTCAGAGTCCACACTGGAGAGAAGCCCTATCACTGTGGCAAGTGTGGGAAGGGATTTAGCCAGAGTTCCAAACTCCTCATCCACCAGAGAGTACATACTGGAGAGAAGCCCTATGAGTGCAGCAAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCCAGAGCTCCAACCTTCACATCCACCAGCGGGTTCACAAGAAAGATCCTCGCTAACTGACATTAGCCCATTCAGGTCTTCACAGCGCTCATACTGTAAAAACTGTTAAATATTTAGTATCACTCTTACTTTATATTCTACAAAGGAGAGAGATGTAAGGGTTATTTAGATATGTTCCCTCACTGAAAAATCACTCATTCAAAATATTTAAGTATCAAGCACTTTGTTATGCTGTACAATGAATGGATTGTTCTTGTTTCTCAGATGGGTAGAGTAAAAGTGTCTGTACTTTACAATTCAACTACATGTTCTACCCAGCATTTTAACGGCAAGAACTTTATATTTATTCTCAAGCAGGGCATGTTTCCCTTTGTTCACATTCTCTGAGAAATTGAAACTCTGGTTTCTCTTCAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196793:ENST00000306006:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains