HsaINT0186573 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196793 | ZNF239
Description
zinc finger protein 239 [Source:HGNC Symbol;Acc:13031]
Coordinates
chr10:44051793-44070066:-
Coord C1 exon
chr10:44069988-44070066
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Coord C2 exon
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Length
16368 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGA
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7.66
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Exon sequences
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)