HsaINT0187649 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000198028 | ZNF560
Description
zinc finger protein 560 [Source:HGNC Symbol;Acc:26484]
Coordinates
chr19:9585960-9608891:-
Coord C1 exon
chr19:9608804-9608891
Coord A exon
chr19:9586046-9608803
Coord C2 exon
chr19:9585960-9586045
Length
22758 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGGGTGAGC
5' ss Score
8.19
3' ss Seq
ATGCCTTCTTTCTTTTCCAGGTC
3' ss Score
13.29
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGGAAAAGAATTTTGCCGTTCGCGTTCGATTGACTCCGTCCCCAAGATCCTGTAGCCCCACGGACCTGGCGACTCCACCGTGTTCGG
Seq A exon
GTGAGCATTGGGAAAAAGTTGGTTTAAGGGGGCAGCTGCTTCCTTTTTTATGCAAACGAGTGTTTCATGTGAGATTTTGGCATTTTGCCTTTGTGAAACCTGTATATTTTTTATTGACACATTACGTTCCGGTAGAAAGGTGCTTTCTTAGTTGTCTAGGGTGTGCGTATTTCTGCATGTGCATATAAACGTTTGTAGACCGCGAGTCTTTCTACTAAAGAAACCTAAGAATACTCAGCCATTCTTTTCATCTGAAGTTCCTAGCTCTGTACGTCTCCAAAGAGCTTCATAACCAGGCTTCCTGGAAGAAAGGATGGAGGGTTTACACACTAATACTAGAATAATCGAATTTACCATTAACAGGATGACTGTACTAAGTGTATTTTTCCCGCATTTTTTTTCGAAAAAACTTAAACCTATGGGTATGTTGACCATCCAGTACCACGAATAAATATCCATTGTAGCTGCACCTGTTTTTTAGCGTTTTGTGTATTCGCCGTCTCGTAAATAAATTTTATGGTGAACAGTTTGAGAGTCAATGGGAAATTCATTGCAGAGATGAAGCTCGACATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAGGGGGTCTAGCTGTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCGCCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTGGCTGTAATTACAGGGGTGTGCCACCGTGCCCGGATAATTTTTTGTATTTTTGTAGAGATGGGGTTTCACCGTGATAGCCAGGATGGTAAGCTCGACATTTAAGTAGTGGGTAATGCCTGACTCAATGATAAGAGTGTTGTTTTACTAAAACCGTAATACTATTTGCATCAAGAAAATTAAAAATAATAATGTTATCTAATATTTACTATGTATAATAAATGAAAATTCTCCAAATTCTTCTAAAATATAACGGAATGTTTTTGGATCTGAGCTCTATTCAAGATTTTTTTTTTTTGAGAGTTTTTTTGAGGCAGGATGTTGCCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCGGTGGCATGATATTGGCTCACTGCAACCACCGCTTACCACGCCCAACTTTGTGTTTCTGTGCCTGGTTTATTTCACTTAACGTACTGTCCTCCAGTTCTATCTACGTTGTTGAAAATGACAGGATTTCATTCTATTTTTTTTTTGAGACACAGTCTCGTTCTGTCGCCAGGGTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCGACTTACTGCAACCTCTGCCTCCCTGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTTTTGAGTAGCTGGGATTTCAGGCACGTGCCACCTCGCCCAGCTAATTTTTGTATTTGTAGTGGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGATGGTCTTGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAATGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCTGGCCAGGATCTTCTTTGTTGTCTTTTGTTTTTCTTGCCTTCCTCCCTGTCCCCCCCACCCCCACCTTTTTTTTTTCCAAGTTCAGCTTTTTATTGAACACATTTCAGAAGAGGTTTAGTCAAAAAGACCAAAGCCAGGCCTGGTGCGGTGTCTCACGCCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGTAGTTCTCTACCAACCTGGCCAAGATGGTGAATCCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAATACAAAAATATATATATATTTGCGGGGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTGAGATTCATTTTGTCGCCCAGGGTGGAGTGCAGTGTCACGATCCTAGCTCACTGCAGCCTTGAACTACTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAATCTCAGAAAATGTTGGGATTACAAGCATGAGCCACCATCCCTTGCAGGACGCCCAGAATATCTTGTTCCCCGGCAACGTTCCTACTAATTATTTTAGCATCCATGAGTAAGCTGCAGTAAATGAACTTCTTTATATGTAGTTAACATTTTTATAAGTGTATTACTAGGTTAAACCTTTAATATTGGACTTTAGGTCAGAGGACAAATATACATTTAATTTTGCTGGATATTATAAATTCCCATCCATAGGTCTTGTACCATTTGGCAGTTTCTGAATGGATGTATTGTAAAGTGTAAAAATTATTCTGGAGAGAAATAAGGAACAGACTTTAGTTTGTTTTTTGTTTGTTTTTTCTGTTTGTTTGTTTTACTGTTGCTACATCTGAAAATAGATTTTAGTTTTAACTGAAAGCCACTTGTTTTCAAAAAGAAAGTCAGTGTCTTGTTCAGTTTCATCCTGAATAAGAATACTCAAATATATTTTCAGAAGTATAGTGTTCTTTCTTTCTTTTCTTTCTTTCCCCGCCCCCGACTTTTTGAGACAGATTCTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCCATCTGAATACACTGCACCCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCATGCCTCAGCCTCCCAAGTAGATGGGATTACAGGCATGCACCACCACGCCTGGCTAATTTTGGTATTTTTTTGTAGAGATGCGGTATCATCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACACCTGGCATCAAGTGATTGGCCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTGCAGCCGTGAGCTACTACTGTGGCTGGCCAGAAGTGTAGTGTTTTGGTTTATATTTTATGTGTGAGACATTTTATATGAGTGTTGTTTAATTCTTGTGTTGTATATTCTATTTCTTTTTTAAAAATAAATATCCTATTTATTCAGTGTATCACTCCAGCCTGTGGCAGTAATTTTGAATCCAGTTCTATCAGTCATCAAATTCTATAGTCCATTTACAAATTTGATAAGCATGCTGTGTCTTGTTTAATTGCCTTAGCTGAAACCTACAGTAGAATTTTATTATTATTTATTTTTATTTATTTTTTTTTGGTGATAGAGTCTTGCTCTGTTGCTCTGGCTAGAGTGCGGTGGTGCAACCTCGGCTTGCTCCAACCTCTGCCTATAACAGAATGTATTTCCACACTCAGTCAATAGGCAAAATTCATTTCCTTGCAGTTATAGGACTTGTTGCTGGCTGTTGCTAGAGGCTGTGCTCAGCTCCTAGAATCTACCAGCAGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTCACTCTTATTGCTGTCTGGAGTGCAGTGGTGTGACCTTGGCTCACCACAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTTTTGCCTCAGCCTACTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATTCGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACGGAGTTTTGCTCTTGTCGCCCAGGGTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCATCTTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCACCTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGTGACAGGGTTTCGCCATGTTGGGTAGGCTGGTCTCGAACTCCTCACATCAGGTGATCCACCCACGTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGGGTGAGCCCCTGCACCTGGCCTCCCTCCCATCTTTTAATGCAACATGATAAAGCTTAACATGTTCCATTAAAAGATAAATGCTTAAGGAATGCAGCCCTTTGTTCCTAGCAGATATGATCGTGAATTTGGAGCTGAGATGGATAACTTGGTAACTGGCATGTTCACAGTTTTGCCTAGTCAGCATCCACATGTGCCCATCTATACACACTTTGATTCTCTTATAATGGTTAAGTCTGCATTTCCACTTAACAAGATTGAAGGGAGAATTTCTCACCCCTAAGTGAGAATGTGCACAGCCCCTCATCACAGGCCATATTAATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCACTCTTTCGCCCAGGCTGGGAGTGGTGGTGTGATCTCAGCTCTCTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCTTCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGCACACCACCACGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGTGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTGATGTGCCCACCTCGGCCTTCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCATGCCTGAAGCCATGTTAATTTCTACTGAAATTTAGTCATATTCTCCTTGAATATTCTGTTACCTGAAGACTAAATTAAAAATTTAACCTCTAGTAACTTATATACAAAATAGAAATAGAAAAGAGACAGAAGTGAATGATTGGTTTATGTAAATACATGCTTAGAAACTAACATGTATACGTAACAATCAAAGAGAAAACCTGGGGCTGGGTGTGGTGGCTAACACCTGTAATCCCGGCACTTTGGGAGGCGGGTGGATCACTTGACGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAACCCCTGTCTCTACTGAAAATACAAAAATTAGTTGGGCGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCTTGAATCTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATGGCACAACTGCACTCCTGCCTGGGCAACAGAGTGAGATTCCGTCTCAAAAAAGCAAAAACAGAAAACCTGCCAGACTACTGCAGTTGTTGTTTCTGTCATTGATCTTGAAGTTATAGTTGCTATCCATGGTTTTACTTTTTCGATGAACATTTTTTGTATTTTCCTTGCCCTCAGCCAGAATCAGCAGCTCTGGGCTCTGTACCTGATGGAGTGACTCAAACCTTCCTTCTGAAGGGATCTTGGTCCTCCATTTTCCTGCCTTTTTTCTACGGTAATTTTTTGTTAACCTTTCTAAGTGGT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Seq C2 exon
GTCTTTCTAGGAACCCAATCTGCCTTCATGAAGAAAAGACAGAGGCAGAAAGGAAGATGGCTTACTGCCTGACAAATTGTTATCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000198028-ZNF560:NM_152476:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)